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1.
大花君子兰叶绿体基因组及其特征 总被引:3,自引:0,他引:3
采用Illumina MiSeq测序平台对大花君子兰(Clivia miniata)叶片总DNA进行测序,通过组装获得了其叶绿体基因组(cpDNA)全长序列(158 114 bp)。对其cpDNA注释得到135个基因,包含87个蛋白编码基因、40个tRNA基因和8个rRNA基因。采用生物信息学方法对获得的cpDNA进行简单序列重复(SSR)分析和密码子偏好性分析。结果显示:①大花君子兰cpDNA中共有61个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复数分别为38、9、2、8、3和1个,多数SSR分布在基因间隔区;②大花君子兰cpDNA密码子偏爱以A或U(T)结尾,亮氨酸使用频率最高,半胱氨酸使用频率最低。基于24种植物的cpDNA全长和23种植物的叶绿体ycf2基因序列进行系统发育分析,结果显示大花君子兰与石蒜科植物在同一分支,显示最近的亲缘关系,支持大花君子兰属于石蒜科。基于叶绿体ycf2的系统发育分析结果与基于cpDNA全长的系统发育分析研究结果大部分相同,支持ycf2基因可以代替cpDNA全长用于植物系统发育分析。 相似文献
3.
6株牛传染性鼻气管炎病毒BICP4基因序列的同源性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
牛传染性鼻气管炎病毒的立即早期启动基因IER4.2编码感染细胞蛋白BICP4基因。各种疱疹病毒的BICP4基因的Ⅰ,Ⅲ,Ⅴ区变异性较大,并为其特征区。为了比较分离自不同牛种,不同部位的5种病毒株BICP4蛋白I区基因的差异性,本文根据已发表的IBBV K22毒株重复序列IRs中BICP4的基因序列设计了一特异性引物,对各毒株进行PCR扩增,均得到约540bp的片段,将其克隆,测序并连同K22株进行同源性比较。结果表明,6株病毒的核苷酸序列及氨基酸序列同源性均在98%以上,说明这些毒株重复序列中的早期基因高度保守,在一定程度上也显示出IBRV的高度保守性。 相似文献
4.
5.
亚洲各国家玉米育种的主要重点一直是改良霜霉病抗性,因为此种病会引起显著的减产。本研究为了测定多样性并调查对霜霉病抗性的选择效果,用76个简单序列重复(SSR)标记来分析了总共102个自交系,这些自交系来自亚洲育种方案、墨西哥、USA和德国的育种方案。观察到的平均多态性信息含量为0.59,其变幅为0.14~0.83。基因水平上的多样性显示出每个位点平均有5.4个等位基因, 相似文献
6.
7.
根据数理统计原理,从林业试验的特点及要求,讨论随机化区组设计用于林业科学试验的方案制定及相应的数据分析方法。实践证明,正确确定重复数,合理进行局部控制,能有效的消除环境差异对试验的影响,显著提高分析精确度。 相似文献
8.
9.
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