普通羊肚菌密码子偏好性分析

采用CodonW1.4.2软件和CUSP程序,以普通羊肚菌(Morchella conica)全基因组蛋白质编码序列(coding sequence,CDS)为对象,解析了该菌的有效密码子数(effective number of codon,ENC)、密码子3个位点的 GC含量、相对同义密码子使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)和高表达优越密码子。结果表明：普通羊肚菌全基因组密码子第2位密码子的 GC含量明显低于第1位和第3位,第3位密码子与第1位含量差异不大,分别为57.8%和56.8%,RSCU 值大于等于1的密码子总共35个,其中以 G 或 C 结尾的25个,占71.4%,确定了25个高表达优越密码子。     

藏猪与大约克夏猪Mx1基因CDS区多态性及生物信息学分析

为了解藏猪与大约克夏猪Mx1基因编码序列(coding sequence, CDS)多态性,试验选择健康的成年(180日龄以上)大约克夏猪20头和藏猪30头为试验动物,采用PCR法扩增两个猪群的Mx1基因CDS区,测序分析其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs),采用生物信息学方法分析Mx1基因CDS区编码蛋白质的理化性质、疏水性、磷酸化位点、二级结构、三级结构和与其他蛋白质的相互作用,分析SNPs位点对Mx1基因编码蛋白的上述指标的影响。结果表明：在藏猪Mx1基因CDS区存在C867G、A923C、A1241G和C1324A 4个SNP位点,在大约克夏猪中存在A1241G和C1324A 2个SNP位点;其中C867G、A923C和A1241G位点属于错义突变,分别使第289位由天冬氨酸变为谷氨酸,第308位由谷氨酸变为丙氨酸,第414位由赖氨酸变为精氨酸;C1324A为同义突变。Mx1基因CDS区共编码663个氨基酸,编码蛋白质呈酸性、亲水性,二级结构以α螺旋为主;共有55个磷酸化位点,其中有37个丝氨酸(Ser)磷酸化位点,13...     

鸭多巴胺受体D1基因CDS区多态性与生长性状的关联性分析简

本研究采用PCR-SSCP法与DNA直接测序技术相结合对兴义鸭和樱桃谷鸭多巴胺受体D1 (dopamine receptor D1,DRD1)基因编码序列(coding sequence,CDS)区130－587 bp区域的多态性进行检测,并分析其多态性对樱桃谷鸭生长性状的影响。结果表明,在樱桃谷鸭和兴义鸭DRD1基因编码区130－587 bp区域内均检测到3种基因型：AA、BB和AB,2个等位基因：A和B;AA基因型均为优势基因型,频率分别为0.7416和0.5643,等位基因A均为优势等位基因,频率分别是0.8539和0.7204;多态信息含量分别为0.2184和0.3217,分别处于低度多态和中度多态位点,樱桃谷鸭群体中该座位基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）,兴义鸭群体则偏离了Hardy-Weinberg平衡（P<0.05）;序列比对发现2个SNPs位点,其中c.189 T＞C为同义突变,c.507 T＞A为错义突变,导致丝氨酸（S）变成精氨酸（R）。关联分析结果显示,BB基因型樱桃谷鸭个体的8周龄重和12周龄体斜长显著高于AB基因型（P<0.05）,10周龄重、12周龄重和12周龄胸深显著高于AA和AB基因型（P<0.05）。研究结果揭示该多态座位可能是影响鸭生长性状的一个标记辅助选择位点。     

基于柑橘及其近缘属植物DNA条形码的叶绿体编码序列筛选

 【目的】通过对柑橘及其近缘属植物叶绿体4种编码序列的测定分析,获得能进行DNA条形编码的特征序列,为进一步研究叶绿体非编码区序列奠定基础。【方法】对柑橘及其近缘属植物59份样品进行matK、rpoB、rpoC1、rbcL测序,序列比对与人工校正,计算属间、种间、种内的遗传距离,比较序列间的差异,建立系统发育树。【结果】4种序列中,matK序列在属间、种间差异最大,与其它序列相比具有显著性差异,rbcL序列次之,而rpoB、rpoC1序列两者间没有显著性差异。【结论】matK序列是柑橘及其近缘属植物DNA条形码的未来研究中一个重要的候选片段。     

芽孢杆菌中性植酸酶基因的原核表达及酶学性质分析

植酸酶作为饲料添加剂能够有效提高动物对饲料中磷的利用率及减少粪便中磷排放对环境的污染,并降低植酸的抗营养作用。为了获得性能稳定的高活性植酸酶,采用PCR扩增芽孢杆菌(Bacillus sp.)中性植酸酶基因phyC(GenBank登录号:FJ986327)的成熟肽编码序列,将其克隆进原核表达载体pET-28a(+),并转化E.coli BL21(DE3)进行表达。在37℃条件下以0.5 mmol/L IPTG诱导4 h能够获得大量包涵体蛋白,在25℃条件下以0.5 mmol/L IPTG诱导6 h有利于可溶性蛋白的获得。利用Ni-NTA亲和层析柱纯化重组植酸酶产物,获得的中性植酸酶的部分酶学特性为:耐热性较好,最适反应温度55℃,在70℃处理10 min可保持20%以上的酶活性;耐酸、碱能力较强,最适pH 6.0～7.0,pH 5.5～9.0时能保持80%以上的酶活性,pH 5.0～10.0时处理60 min仍能保持70%以上的酶活性,在pH 2.0～4.0时能保持40%以上的酶活性。利用构建的切除芽孢杆菌中性植酸酶基因phyC信号肽编码序列的原核表达载体及优化的诱导表达条件,能够在大肠杆菌中高量表达性能稳定的芽孢杆菌中性植酸酶。     

传染性法氏囊病病毒A节段编码序列cDNA原克隆和序列分析

对反转录－聚合酶链反应扩增克隆的传染性法氏囊病病毒超强毒Ｈａｒｂｉｎ毒株的Ａ节段编码序列ｃＤＮＡ基因进行了核苷酸序列分析。结果，克隆的Ａ节段基因共３１０ｂｐ，包括两个完整的阅读框架ＯＲＦＡ１和ＯＲＦＡ２分别编码１０１２氨基酸的前体蛋白ＶＰ２－４－３和１４５氨基酸的ＶＰ５，两者有部分重叠。     

猪瘟流行毒E2基因部分编码序列的分析与比较

利用PCT-PCR方法获得16个猪瘟流行毒株、5株弱毒疫苗株和外来的4株猪瘟E2基因部分编码序列的扩增片断，并对其进行测序，获得659bp含E2基因N段A、B、C、D四区域的编码序列。利用DNAstar软件对其中616bp的片段进行序列分析，并与Genebank中的Alfort、Brescia、HCLV、Shimen等毒株进行比较．结果20株病毒所测序列均为猪瘟E2基因序列，所有毒株碱基替换随机分布于整个序列．部分毒株出现碱基缺失现象。序列分析结果表明近期流行的毒株不仅与50年代流行的Shimen株、现用的疫苗株距离较远，而且流行毒株呈不同亚群方向演变。本研究所测的20株流行株E2基因N端6个与C端的2个半胱氨酸(Cys)均未发生变异．但其他位点的核甘酸变异与缺失．引起各区的抗原表位呈现不同程度的变异。     

水产专利索引（七）

专利名称:拦银鱼的链式结构电网专利申请号: 200310110918．3;公开号:CN1541522;申请人:云南大学本发明涉及一种拦银鱼的链式结构电网,属于电能利用技术领域。本发明由脉冲机输和电极阵组成。其中:电极阵中间为输电线,后排电极全为正极,前排电极为正、负极交替排列,排列电极的数量视水面的大小而定;电网电极阵处的水     

西方蜜蜂肌动蛋白基因启动子的克隆与序列分析

为研究适合蜜蜂转基因需要的启动子,利用生物信息学知识和现有的生物信息资源,在NCBI数据库查询了西方蜜蜂肌动蛋白基因的编码序列,与西方蜜蜂基因组对比后,克隆、分析了西方蜜蜂肌动蛋白基因序列,该肌动蛋白基因有起始密码子(strart codon)ATG、开放阅读框(ORF)、终止密码子(stop codon)TAA、TATA框(-32bp)、CAAT框(-69 bp)和ployA( 1396 bp),这些都符合真核生物基因的一般特点,是一个较完整的基因.成功克隆了该启动子.     

小鼠表皮生长因子在Escherichia coli中重组表达

以大肠杆菌（Escherichia coli）BL21为表达宿主，重组表达小鼠表皮生长因子。以pET30a为出发载体，构建了包含mEGF编码序列的重组表达载体pETmEGF，采用低温诱导表达和无破胞程序的冻融法进行纯化，得到了浓度为17．24μg/mL和纯度为57％的mEGF融合蛋白，其活性相当于标准小鼠表皮生长因子的29．16％。