四川白三叶根瘤菌遗传多样性及系统发育研究

为阐明四川部分地区野生白三叶根瘤菌的遗传多样性及系统发育地位,对分离自四川雅安、康定、泸定、西昌、成都和乐山6个地区白三叶根瘤的69株菌进行系统研究。采用16S rDNA限制性片段长度多态性分析(restriction fragment length polymorphism, RFLP)和16S rDNA基因、持家基因(recA、atpD、glnII)、结瘤基因(nodC)、固氮基因(nifH)系统发育分析的方法进行了研究。结果表明,16S rDNA PCR-RFLP中所有供试菌株产生了4种酶切图谱类型,表现出较为丰富的遗传多样性。持家基因与16S rDNA基因系统发育分析结果基本一致,9株代表菌株主要分布在α-变形菌纲(Alpha-Proteobacteria)的根瘤菌属(Rhizobium),并与豌豆根瘤菌三叶草生物型(R. leguminosarum bv. trifolii) ATCC 14480^T的亲缘关系较近。PCR可扩增出nodC和nifH基因片段,但从属于土壤杆菌属(Agrobacterium)的菌株LS1105中则扩增不出这两个基因。所有供试菌株被鉴定到了种的水平,证实了68株为白三叶根瘤菌,并通过不同采样地点菌株之间的比较,发现白三叶与根瘤菌的共生关系因地理分布不同而具有多样性,对于丰富白三叶根瘤菌资源及其开发利用具有重要意义。     

正阳县花生根瘤菌遗传多样性及其共生特性研究

从河南省正阳县土壤中捕捉67株根瘤菌,根据IGS-RFLP结果分成9个基因内间隔区(intergenic spacer,IGS)类型,通过16S rRNA基因序列系统发育分析鉴定菌株为慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium),并依据持家基因多位点序列分析(multilocus sequence analysis,M...     

落叶松实时定量PCR内参基因的筛选

本研究针对日本落叶松(Larix kaempferi (Lamb.) Carr.)体细胞胚胎发育过程中原胚团时期到胚胎成熟时期、种子萌发过程、植株幼年生长阶段和成年生长阶段等生长发育过程中的31份材料,应用实时荧光定量PCR(qPCR)技术,分析了12个持家基因(ACT 4、APm、Chc、Gapc、RPL1、RPL2、EF1、EF2、eIF、E3UL、UBQ和UPL2) 在这31份材料中的表达情况。经geNorm和NormFinder两种分析软件对这12个持家基因进行表达稳定性分析,结果表明:APm在不同器官、体细胞胚胎发育和种子萌发过程中表达均最为稳定;EF1 在不同生长年龄植株的顶梢中表达最为稳定;eIF在不同年龄植株的针叶中表达最为稳定。分析结果表明,针对不同的研究材料和发育阶段应选择适合的持家基因做内参基因使用。进行基因表达细微差异研究时,可根据需要使用2个或2个以上内参组合。     

葡萄果实发育后期半定量RT-PCR内参基因的优选

葡萄果实发育后期基因表达水平的变化对果实品质形成具有重要影响,内参基因的选择是基因表达定量分析的关键影响因素.本试验以雷司令葡萄品种花后50、75和95 d的果实为材料,通过半定量RT-PCR,研究了常用持家基因Actin、Tubulin,GAPDH、18S rRNA的表达变化,探讨其作为葡萄果实发育后期基因表达半定量分析内参基因的可行性.结果表明:18S rRNA的表达水平高,且最稳定,其次是Actin,而Tubulin和GADPH的相对表达水平较低;对VvTLP、GHF17P和VvASR 3个功能基因在不同果实材料中的表达水平进行半定量RT-PCR,VvTLP和VVSR的相对表达水平较高,GHF17P的表达水平较低,整体上均呈现递增的趋势;以Actin和18S rRNA为内参得到的归一化结果基本一致,在4个持家基因中18S rRNA和Tubulin是优选的葡萄果实发育后期基因表达研究的内参基因.     

椰纤果产生菌株分离鉴定和小型菌种库的建立

从海南省内外的椰纤果生产企业代表性的布点采样、分离以及交换等方式共获得145株细菌纤维素产生菌,对其中93株采用持家基因、16Sr DNA基因等序列分析结合形态特征进行鉴定,引入近缘的7株不同种的模式菌株作为参照。结果显示,这些菌株被鉴定为驹形氏杆菌属(Komagataeibacter),其中79株分别鉴定为3个已知种:K.nataicola、K.europaeus、K.hansenii,另14株为未知种。采用持家基因dna K、rpo B和gro EL对14株未知菌进行鉴定,发现它们两两序列相似度均大于种间差异的临界值99.0%、98.8%和99.2%,推测该14株菌可能为驹形氏杆菌属的同一个新种。实验室目前的细菌纤维素产生菌包含模式种在内至少有9个已知种、还有至少1个疑似新种。小型菌种库还在持续建设中,这为保护我国椰纤果生产的菌种资源、优良菌株的遗传选育、椰纤果发酵生产的技术升级以及细菌纤维素的相关理论研究等奠定了基础。     

一种植物总RNA的快速提取方法

为验证NaAc/无水乙醇沉淀法提取植物总RNA的质量,本研究对小麦不同组织及其他不同种属植物花的总RNA进行提取和检验,结果表明,该方法提取的植物总RNA完整性好、纯度高。以Tubulin为参照对其余4个持家基因GAPDH、Actin、Rubisco和Ubiquitin的表达情况进行分析。扩增结果表明,选定的各持家基因在叶锈菌侵染不同时间的小麦叶片中的表达量并不一致,且各基因在小麦叶片中的丰度也存在差异。通过对几种基因的扩增,进一步证实该方法能够满足一般分子生物学下游操作的要求,是一种理想的植物总RNA提取方法。