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1.
为了解云南省鸡传染性贫血病毒(chicken anemia virus,CAV)的流行及其VP2基因变异情况,2017—2020年,在昆明市、楚雄州、大理州、红河州、玉溪市等家禽养殖密集区的89个鸡场,采集422份疑似病鸡肝脏样品,通过PCR方法检测CAV核酸。结果显示,检出阳性245份,平均阳性率为58.06%;不同年份的CAV核酸阳性率为53.61%~60.91%,不同区域核酸阳性率为51.68%~63.52%。对3份CAV阳性样品进行VP2基因序列分析,发现核苷酸序列同源性为99.6%~99.8%,与参考毒株1852TW和N7的核苷酸同源性为99.6%~99.8%,均属于GroupA分支。结果表明:云南省普遍存在CAV感染,且感染较严重;VP2基因仍可作为PCR病毒核酸检测的首选目标基因。通过加强鸡群CAV监测,淘汰阳性鸡群和结合疫苗免疫,可减少该病造成的损失。 相似文献
2.
通过对采自甘肃甘南藏区的16株野生羊肚菌菌株进行分子生物学分析,对rDNA基因内转录间隔区(ITS)片段进行PCR扩增并测序,测序结果在GenBank中进行BLAST比对,鉴定得知,16株供试羊肚菌共归纳为5种,分别为黑脉羊肚菌(Morchella angusticeps)、羊肚菌(Morchella esculenta)、高羊肚菌(Morchella elata)、粗腿羊肚菌(Morchella crapssipes)和尖顶羊肚菌(Morchella conica)。根据采用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建的分子进化树得知,2种分子进化树拓扑结构相似,并且Bootstrap验证显示,系统发育树各分支都有很高的支持率,说明其系统关系有很高的可信度。结果可为该地区羊肚菌(Morchella spp.)的系统分类提供较为准确的分子性状依据。 相似文献
4.
大花君子兰叶绿体基因组及其特征 总被引:3,自引:0,他引:3
采用Illumina MiSeq测序平台对大花君子兰(Clivia miniata)叶片总DNA进行测序,通过组装获得了其叶绿体基因组(cpDNA)全长序列(158 114 bp)。对其cpDNA注释得到135个基因,包含87个蛋白编码基因、40个tRNA基因和8个rRNA基因。采用生物信息学方法对获得的cpDNA进行简单序列重复(SSR)分析和密码子偏好性分析。结果显示:①大花君子兰cpDNA中共有61个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复数分别为38、9、2、8、3和1个,多数SSR分布在基因间隔区;②大花君子兰cpDNA密码子偏爱以A或U(T)结尾,亮氨酸使用频率最高,半胱氨酸使用频率最低。基于24种植物的cpDNA全长和23种植物的叶绿体ycf2基因序列进行系统发育分析,结果显示大花君子兰与石蒜科植物在同一分支,显示最近的亲缘关系,支持大花君子兰属于石蒜科。基于叶绿体ycf2的系统发育分析结果与基于cpDNA全长的系统发育分析研究结果大部分相同,支持ycf2基因可以代替cpDNA全长用于植物系统发育分析。 相似文献
5.
为了解新疆马疱疹病毒1型(EHV-1)主要毒力基因遗传进化情况并构建TK基因缺失株,本研究以EHV-1 XJ2015株DNA为模板,对其主要毒力基因TK、gI和gE全长进行克隆、测序及生物信息学分析,并扩增TK基因左右重组臂TKL和TKR,构建质粒pUC-TKLR,将扩增后的增强绿色荧光蛋白(EGFP,含有CMV+polyA)插入pUC-TKLR质粒,构建TK基因缺失打靶质粒。TK、gI和gE基因同源性分析结果显示,XJ2015株与国外EHV-1分离株TK、gI和gE基因同源性均较高,分别为99.8%~100.0%、99.6%~100.0%和99.9%~100.0%;与EHV-3分离株同源性均最低,分别为72.9%、59.4%和62.1%;遗传进化分析显示,3个基因均与国外EHV-1同属于一个遗传进化分支,与EHV-9和EHV-4进化关系较近,但与EHV-3进化关系较远,表明XJ2015毒株与国外EHV-1毒株TK、gI、gE基因核苷酸上差异不明显,没有明显的地域性特征,功能基因保守且进化缓慢,同源基因功能相同或相近;经PCR扩增、酶切、测序及转染鉴定,本试验成功构建了用于TK基因缺失的打靶质粒pUC-TKLR-EGFP。通过对EHV-1主要毒力基因的分析及TK基因缺失打靶载体的构建,为新疆地区马鼻肺炎流行病学调查分析、TK基因缺失株的构建提供理论依据。 相似文献
7.
8.
以湘西州2000年和2015年两个年份采集的土壤样品有效铜数据为研究对象,其中2000年土壤样品为446个,2015年为1 242个,采用经典统计学和地统计学的方法分析了湘西州烟区土壤有效铜的描述性统计特征、时空变异格局。结果表明,从基本统计特征和分布频率来看,15年间湘西州植烟土壤有效铜含量均值由1.05 mg/kg上升到1.89 mg/kg,上升幅度达80%,不同等级的土壤样品有效铜分布频率变化较大,与2000年相比,2015年土壤有效铜适宜等级的样品比例减少了32.35个百分点。同时,极低、低、高和极高等级的样品比例分别增加了1.93、1.49、12.00和16.93个百分点,表明烟区土壤有效铜含量增加的同时,呈现出两极分化的特点。从时空变异来看,15年间,土壤有效铜块金效应增大,随机性因素对土壤有效铜空间变异影响增强,土壤有效铜分形维数减小,表明有效铜呈现出更多较大尺度上的变异特点。从时空分布的变化来看,2015年土壤有效铜含量高和极高等级的面积增加明显,分别增加了33.94%和10.94%;而适宜等级则大幅下降,比2000年下降了45.01%。 相似文献
9.
前期研究中通过对秀珍菇经低温诱导后不同发育阶段样本进行转录组测序及差异表达基因分析发现,ID为Cluster-6377.64510的基因(命名为PpFBD1)在原基形成前期的样本中高表达。为进一步了解分析其表达特性及功能,根据转录组测序结果设计特异性引物,利用RT-PCR技术从秀珍菇中克隆获得了该基因的cDNA全长。该基因由342个核苷酸组成,编码一个由113个氨基酸组成的蛋白,蛋白相对分子质量约11 ku。进化树分析显示,PpFBD1编码蛋白与糙皮侧耳hydrophobin1编码的疏水蛋白亲缘关系最近。Gene Ontology功能分析表明,PpFBD1主要参与真菌类细胞壁的合成。荧光定量RT-PCR检测显示,该基因在菌丝体经低温诱导后恢复至室温阶段(原基形成前期)表达量最高,这表明其可能参与调控秀珍菇原基形成过程。本研究结果为阐明秀珍菇原基形成机制提供参考。 相似文献
10.
6株牛传染性鼻气管炎病毒BICP4基因序列的同源性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
牛传染性鼻气管炎病毒的立即早期启动基因IER4.2编码感染细胞蛋白BICP4基因。各种疱疹病毒的BICP4基因的Ⅰ,Ⅲ,Ⅴ区变异性较大,并为其特征区。为了比较分离自不同牛种,不同部位的5种病毒株BICP4蛋白I区基因的差异性,本文根据已发表的IBBV K22毒株重复序列IRs中BICP4的基因序列设计了一特异性引物,对各毒株进行PCR扩增,均得到约540bp的片段,将其克隆,测序并连同K22株进行同源性比较。结果表明,6株病毒的核苷酸序列及氨基酸序列同源性均在98%以上,说明这些毒株重复序列中的早期基因高度保守,在一定程度上也显示出IBRV的高度保守性。 相似文献