果子狸的240天

从2003年5月13日至2004年1月5日这1200多天里，果子狸的命运大起大落。     

西尼罗热病毒RT-PCR检测方法的建立

参考Genebank发表的西尼罗热病毒(West Nile virus，WNV)E糖蛋白基因序列，自行设计合成一对引物，对WNV进行RT—PCR扩增，产物经琼脂糖电泳分析，呈现一条约400bp的条带，将其克隆入pMD18-T—Vector载体中，并进行序列测定，与已发表的WNV基因比较发现，核苷酸的同源性为99．7％，证实为WNV的E基因，通过对样品多次检测，都能扩增出一条约400bp的条带，表明该方法比较稳定。     

鸭流感病毒4/2004-H6N2亚型毒株的血凝素基因全序列克隆与分析

2004初从正常鸭群中分离到一株鸭源禽流感病毒，命名为A／Duck／HN／4／2004(H6N2)。经对血凝素基因(HA)序列分析发现HA基因全长为1744bp，共编码566个氨基酸，在裂解位点仅含一个碱性氨基酸-精氨酸(R)，符合LPAIV的标准。将所得基因序列与已发表的同一亚型参考序列分析表明，与H6亚型流感HA基因同源性为89．2％-97．1％，经分子遗传演化分析表明本次分离株与香港分离株A／Duck／Hong Kong／3600／99(H6N2)、A／Duck／Hong Kong／3600／99(H6N2)最近。     

绵羊肺腺瘤病毒NM株前病毒gag基因的克隆与序列分析

参照GenBank中已发表的绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)的全基因序列，设计合成3对引物，对JSRVNM株的gag基因分3段进行PCR扩增，经琼脂糖凝胶电泳分析，分别呈3条531、888和949 bp的特异条带，将其分别克隆人pMD-18T载体中，进行序列测定并拼接序列，得到完整的gag基因序列。分析结果表明，与南非代表株(基因序列号NC-001494)的gag基因序列比较，核苷酸同源性为89．0%，推导出的氨基酸同源性为90％。与美国代表株(基因序列号AF105220)的gag基因序列比较，核苷酸同源性为86．3％，氨基酸同源性为87％。     

角蝇各龄期幼虫体内斯氏副柔线虫的分子生物学鉴定

确定角蝇各龄期幼虫体内的斯氏副柔线虫(Parabronema skrjabini)幼虫。通过大量剖检角蝇各龄期幼虫,收集其体内的线虫幼虫,经扩增测序获得ITS基因序列,利用DNAStar 5.0软件,将其与斯氏副柔线虫成虫的ITS基因序列进行同源性比较。结果表明,角蝇Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ期幼虫体内的线虫幼虫确为斯氏副柔线虫幼虫。该研究结果不但为鉴定角蝇各龄期幼虫体内的斯氏副柔线虫幼虫提供了简易准确的方法,而且也为弄清斯氏副柔线虫在其传播媒介角蝇体内的发育过程奠定了基础。     

鳚亚目(Blennioidei)鱼类的线粒体COI基因序列比较

应用生物信息学方法对12种鳚亚目鱼类线粒体COI基因序列片段进行了比较分析。结果表明:COI基因碱基组成偏倚明显,A+T含量(54.40%)明显高于G+C含量(45.60%)。转换和颠换位点数分别为59和42个。应用Kimura双参数法计算鳚亚目鱼类COI基因序列的种间遗传距离,结果表明:种间平均遗传距离为0.232 4,是种内遗传距离的9.62倍。应用MP和NJ法构建了分子系统发生树,结果显示,方氏云鳚、云鳚和六线鳚聚在一起,然后与颈鳍脂鳚聚在一起,再与巴西拟隆胎鳚、巴哈马拟隆胎鳚聚类,最后与疣眼吉氏指鰧聚类;粗头岩游鳚、环项副鳚和横带斯氏脂胎鳚聚为另一分支;背叉触角鳚并没有聚成一个单系分支,而是与旗鳚科和三鳍鳚科的鱼类交叉。此外,分子系统发生树的构建结果大部分与形态学分类结果相一致,相比之下,NJ法较MP法构建的分子系统发生树与鳚亚目鱼类形态学分类结果更接近。     

PEDV 流行毒株抗体对不同亚型毒株的中和试验

猪流行性腹泻病毒(PEDV)是一种通过小肠感染,引起猪呕吐、腹泻、脱水的急性高度接触性传染病。2010年起在我国迅速暴发,对仔猪的致死率高达80%～100%。PEDV可分为G1 (G1a、G1b)与G2 (G2a、G2b)基因亚型,各亚型病毒纤突(S)蛋白基因序列存在缺失、插入和大量点突变。为进一步研究S蛋白序列的差异是否造成病毒抗原性的差异,本试验采集猪流行性腹泻流行毒感染猪只肛拭子进行PEDV-S蛋白基因序列比对分析,并对感染康复猪只采集血清进行中和试验,研究PEDV流行毒株血清抗体与不同基因亚型毒株中和反应情况。结果显示,流行毒(G2a)感染猪只血清抗体中和PEDV不同亚型病毒株,中和能力存在显着差异。对PEDV-A (G2a)毒株的中和能力最强,均值为1:60,对PEDV-B(G2b)株中和能力次之,均值为1:20,对CV777 (G1a)毒株无中和能力。     

猪源microRNAs靶向非洲猪瘟病毒基因区域分析

为了探讨宿主microRNAs (miRNAs)是否靶向非洲猪瘟病毒(ASFV)基因,以及初步确定miRNAs靶向病毒基因的区域,试验以ASFV感染猪差异表达的miRNAs为研究对象,利用miRanda软件分析miRNAs靶向ASFV基因的具体区域和结合能力,再利用MEGA 7.0软件分析miRNAs所靶向的ASFV基因序列的保守性。结果表明：ssc-miR-122和ssc-miR-125b可同时靶向ASFV CP2475L基因,其中ssc-miR-122靶向该基因4个区域;ssc-miR-181a和ssc-miR-125b可同时靶向ASFV MGF＿300-4L基因,其中ssc-miR-181a靶向该基因2个区域;此外,ssc-miR-181a可靶向ASFV NP1450L、E111R基因,ssc-miR-125b靶向ASFV P1192R基因,ssc-miR-145-5p靶向ASFV NP868R、C717R、MGF＿505-1R等8个基因,ssc-miR-126-3p靶向ASFV G1211R、EP296R、MGF＿110-5L-6L基因,ssc-miR-92a靶向ASFVI32...     

利用肠道菌群的分布和DNA序列对鲤科鱼类系统演化关系的研究

用检测到的肠道微生物菌群的含量对鲤科鱼类的草鱼（Ctenopharyngodon idellus)和青鱼（Mylopharyngodon piceus)、鲢（Hypophthalmichthys molitrix)和鳙（Aristichthys nobilis)、鲤（Cyprinus carpiohaematopterus)和鲫（Carassius auratus)，团头鲂（Megalobrama amblycephala)和三角鲂（Megalopbrama terminalis）8个种进行系统演化分析。所获得的系统演化树中，每个亚科内的物种邻接为1个接点。在亚科间，雅罗鱼亚科与鳇亚科相邻领接1个共同接点。该接点与鲢亚科和鲤亚科连结为1个共同祖选接点。用线粒体基因中的cytb和ND4基因全序列分别构建5个亚科13和11个种的NJ树，这2个树在5个亚科之间的邻接拓扑结构上亦不相同。3种树可推出一个共同的结论是在所分析的亚科中鲤亚科为最原始的类群，而鲫是最原始的类型。     

鲷科鱼类种质资源与利用

近日,中国水产科学研究院南海水产研究所完成了“鲷科鱼类种质资源与利用”科技项目,并通过了由广东省海洋与渔业局组织的鉴定。该项目采用RAPD,AFLP、线粒体控制区序列分析等技术研究了我国近海黄鳍棘鲷、二长棘犁齿鲷、黑棘鲷、黄牙鲷和真赤鲷的遗传多样性和种群遗传结构;采用RAPD技术、线粒体cyt—b基因序列分析等方法研究了我国近海主要鲷科鱼类的亲缘关系和分子系统;