随机扩增多态DNA技术在食用菌研究中的应用

RAPD(Bandom Amplified Polymorphic DNA)，即随机扩增多态DNA，是1990年由威兰斯(Willams)和韦尔什(Welsh)两个研究小组几乎同时建立和发展起来的一种新型遗传标记技术。由于其具有独特的检测DNA多态性的方式及快速、简捷、高效等优点，因而在短短的时间内RAPD技术已渗透到有关基因研究的各个领域。本文简单介绍RAPD技术在食用菌研究中的应用。     

草原红牛MSTN基因第一外显子SNPs多态性分析

根据牛的肌肉生长抑制素基因（myostatin,简写为MSTN）外显子1的序列设计引物,用PCR—SSCP方法对草原红牛和利木赞与草原红牛的杂交牛进行了单核苷酸多态性分析,并检测到了多态性,表现为从、BB和AB3种基因型。对两种纯合子进行测序,结果发现282位碱基发生突变,由C突变为A,导致编码的氨基酸由苯丙氨酸变为亮氨酸。经独立性检验发现基因频率和基因型频率的分布与含利木赞血液的多少有关;并通过不同性状在该位点不同基因型间的显著性检验表明,等位基因B可以显著的提高草原红牛的日增重、屠宰率、净肉率和肉骨比。     

基于重测序的不同生态型油梨的全基因组变异及进化分析

为揭示不同生态型油梨间的差异,对4份不同生态型油梨进行全基因组重测序,平均测序深度为26×,平均覆盖度为89.39%。通过与参考基因组比对,4份不同生态型油梨平均杂合率为64.26%。除了西印度群岛生态型油梨品种Donnie的杂合率最低（为35.34%）外,剩下3份油梨品种的杂合率均超过70%。单核苷酸多态位点（SNP）数量为3 854 384～6 290 629个,小片段插入与缺失（Small InDel）总数为1 432 406～1 707 608个,这些突变导致了13 864～18 143个基因的变异。KEGG分析表明,淀粉和蔗糖的代谢通路在4份不同生态型油梨中均存在最多的变异基因。聚类分析表明,相对于西印度群岛生态型,危地马拉和墨西哥生态型油梨品种亲缘关系更近。研究结果在一定程度上反映了不同生态型油梨在基因组水平的差异,为分子标记辅助选择育种提供了科学依据。     

畜牧

中国科学家发现鸡肉品质相关基因 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所文杰科研团队在鸡肉品质候选基因挖掘研究上取得新进展。该团队在这一领域率先应用高通量单核苷酸多态性（SNP）芯片．利用全基因关联分析（GWAS）和基因时空表达等前沿技术．筛选得到影响肉鸡肌内脂肪含量、肌肉干物质含量及肉色等性状相关的候选基因14个．得到影响胸肌率重要调控基因1个．     

水貂生长激素基因多态性与体质量性状的关联分析

以水貂的生长激素基因(GH)作为候选基因,采用单链构象多态性和DNA测序的方法检测GH基因单核苷酸多态性(SNPs),并针对该群体特点建立合适的统计分析模型,探讨GH基因多态性与体质量性状的相关性。结果表明,C→A突变产生的3种基因型间的水貂个体体质量存在一定的差异(P0.05),BB基因型个体与AA基因型个体之间有一定的差异(P0.05)。T→A和C→G突变没有导致氨基酸的变化,DD基因型个体体质量平均值要高于CC基因型,但产生的3种基因型对水貂体质量的影响没有显著性差异(P0.05)。统计各基因型之间的组合给水貂体质量带来的影响时,发现不同基因型之间的组合对所检测水貂样本的体质量有影响(P0.05)。     

猪ECH1基因部分序列的遗传变异分析

为了进一步研究烯脂酰辅酶A水解酶1(enoyl CoA hydratase,ECH1)基因的生物学功能,研究采用克隆测序结合PCR-RFLP的方法分析了民猪ECH1基因的部分DNA序列,并对其中的1个点突变进行了3个猪种内的基因型频率和基因频率计算。结果表明:研究所检测的ECH1基因序列与网上已有序列相比存在8个单核苷酸多态性(SNPs)位点,其中有2个造成酶切位点的改变;民猪和大白猪在PCR-RFLP-BamHⅠ位点的A、B基因频率均接近0.5,而长白猪B为优势等位基因。     

SNPs在荷斯坦青年公牛选育中的应用研究

本试验以25头荷斯坦青年种公牛为研究对象,以8头验证种公牛的各8头女儿共计64头中国荷斯坦牛为参照群体,利用DNA测序方法检测κ-CN基因、leptin基因、DGAT1基因、DGAT2基因的SNP位点,结果共发现7个SNP位点,并利用7个SNP的标记效应对25头青年荷斯坦种公牛生产性能进行了基因组育种值估测。结果发现s1、s2、s3、s4、s5、s6、s7、s10、s11、s13、s16、s18、s19、s20、s21、s22、s23和s24青年公牛生产性能高,s8、s9、s12、s14、s15、s17、s25公牛生产性能低。     

多倍体同源区段二代测序生物信息学分析关键参数优化

[目的]多倍体植物同源区段单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记分型挑战颇大.本研究以四倍体陆地棉同源区段聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)靶向扩增子数据集为例,观测同源区段的影响并优化生物信息学分析方案.[方法]首先扩增并测...     

基于乌金猪深度发掘的优质高效新品种选育

目的揭示宣和猪PRKAG3基因外显子5多态性及其与肉质性状的关联。方法采用PCR产物直接测序法检测了120头宣和猪PRKAG3基因外显子5区域的SNP位点,借助最小二乘模型分析了各位点不同基因型及合并基因型对6个肉质性状的影响。结果宣和猪PRKAG3基因外显子5区域检出3个SNP位点,包括2个同义突变位点(T579C、T580C)和1个错义突变位点(G595A),分别以TT、TT、GA基因型和T、T、G等位基因的频率最高,且都处于Hardy-Weinberg平衡状态。T579C、T580C位点的TT和TC基因型可显著提高大理石纹(P<0.05)和降低失水率(P<0.01),分别呈显著的加性效应及加性—显性效应(P<0.05或P<0.01);G595A位点的AA基因型失水率最低(P<0.05)、熟肉率最高(P<0.05),呈显著的加性效应(P<0.05);3个位点的合并基因型TTTTGG、TCTCGG和TTTTAA分别具有最高的大理石纹、pH₁和最低的失水率(P<0.05或P<0.01),CCCCGG基因型的大理石纹和pH₁最低、失水率最高(P<0.05或P<0.01)。结论研究结果进一步确认宣和猪PRKAG3基因外显子5多态性与肌肉大理石纹、pH值和失水率显著关联,T579C、T580C位点的CC基因型和G595A位点的GG基因型具有协同降低猪肉品质的效应。