高温胁迫下2个棉花品种转录组可变剪切差异分析

棉花(Gossypium hirsutum L.)是一种重要的经济作物，是世界上第二大的天然纺织纤维来源和重要的食用油来源。棉花对生物和非生物胁迫高度敏感，尤其是高温胁迫极易影响花粉的活力和花药的开裂。为了解析棉花在高温胁迫下基因转录水平的相应变化机制，开展了热敏和耐热2个棉花品种的全长转录组响应高温胁迫处理变化的研究。通过转录本的可变剪切分析发现，2个棉花品种在高温胁迫下可变剪切的总数显著增加。热敏品种Che61-72中发现了2 900个差异表达基因，并且差异基因在加热前样本(R0)和加热12 h后的样本(R12)中分别识别到了13 251个和25 296个可变剪切事件，其中内含子保留事件增加得最多，有3 837个。耐热品种新陆早36号中发现了2 437个差异表达基因，在加热前样本(T0)和加热12 h后的样本(T12)中鉴定到了11 248个和13 769个可变剪切事件，外显子跳跃事件变化得最大，增加了4 144个。富集分析发现，2个品种的差异基因都显著富集到了光系统Ⅰ的光捕获、叶绿体类囊体膜和光合作用-天线蛋白通路中，并筛选出5个关键基因(CPB3、A0A1U8IZF2、A0A1...     

猪繁殖与呼吸综合征病毒缺失变异株的基因组特征

对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)分离株HB2(sh)／2002的全基因组序列进行了测定与分析。该毒株基因组全长为15373nt(不包括PolyA尾)，与国内外美洲型PRRSV分离株全序列相似性介于88．7％～95．1％之间。序列分析表明，该毒株是1个天然存在缺失的变异毒株，其ORFla的Nsp2存在编码12个氨基酸的连续36个核苷酸的缺失，ORF、3存在编码1个氨基酸的3个核苷酸的缺失。这是国内外首次发现PRRSV存在缺失变异现象，研究结果补充和丰富了PRRSV毒株的基因组信息数据，为深入研究该毒株的遗传与变异及其与生物学特性的关系奠定了基础。     

鸭流感病毒4/2004-H6N2亚型毒株的血凝素基因全序列克隆与分析

2004初从正常鸭群中分离到一株鸭源禽流感病毒，命名为A／Duck／HN／4／2004(H6N2)。经对血凝素基因(HA)序列分析发现HA基因全长为1744bp，共编码566个氨基酸，在裂解位点仅含一个碱性氨基酸-精氨酸(R)，符合LPAIV的标准。将所得基因序列与已发表的同一亚型参考序列分析表明，与H6亚型流感HA基因同源性为89．2％-97．1％，经分子遗传演化分析表明本次分离株与香港分离株A／Duck／Hong Kong／3600／99(H6N2)、A／Duck／Hong Kong／3600／99(H6N2)最近。     

猪瘟病毒及其全长cDNA在猪肾细胞中增殖表达特性的比较研究

以猪瘟C-株弱毒疫苗株、经典强毒石门株和C-株全长cDNA为试验材料，以免疫荧光技术为主；结合ELISA和RT-PCR检测技术，对其在培养细胞中的增殖特性和表达规律进行了比较研究。同时筛选猪瘟病毒及其全长cDNA的敏感细胞，探索其增殖表达规律，以便为猪瘟病毒反向遗传操作提供技术方法和可操作的条件。     

山东栒子全长转录组测序数据组装及功能注释

山东栒子是中国山东省的特有种,现已处于极度濒危状态。目前,山东栒子的分子生物学研究较少,基因数据库资源极度缺乏,急需探究其生物学遗传信息,以加快对山东栒子的保护遗传学工作。本研究以山东栒子叶片、花、成熟果实为实验材料,利用PacBio Sequel测序平台对其转录组进行全长转录组测序。共得到高质量去冗余的转录本53932个,作为最终转录本序列。预测到的CDS区共52490个;对其SSR位点进行分析,对测序得到Unigenes进行单核苷酸至六核苷酸重复的SSR位点搜索,共搜索到26796个SSR位点。对非冗余转录本利用BLAST软件与NR、Swissprot、GO、COG、KOG、KEGG 6个数据库进行比对,一共成功注释了53319个Unigenes,其中与NR数据库进行比对中注释为苹果的的相关基因数量最多,其次是白梨和桃;在GO数据库中有33305条山东栒子Unigenes被注释分类,由生物学过程、细胞成分和分子功能三部分组成;在与COG数据库比对中,共有23910条比对到了同源序列,且一共被分为25类;在与KEGG数据库的一系列比对中,可将Unigenes映射到126条代谢通路中。本研究在高通量全长转录组水平对山东栒子进行了系统研究,这为进一步开展山东栒子的分子标记开发和挖掘优良基因提供了科学依据,从而推动山东栒子的保护与利用。     

三种去除非全长 cDNA 片段方法的比较研究

以小桐子的雌花为材料，用胶回收法、CHROMA －SPIN 400柱离心法和CHROMA －SPIN 400柱自流法分别去除全长cDNA文库构建中非全长cDNA小片段，从去除效果、回收率、成本、实验时长、一次处理量这5个方面对3种方法进行了综合比较与评价。结果表明：CHROMA －SPIN 400柱自流法在回收率方面有明显优势；胶回收法与 CHROMA －SPIN 400柱离心法的回收率接近，但胶回收法成本低于CHROMA －SPIN 400柱法，且对非全长片段去除更彻底。反倒是最新的CHROMA －SPIN 400柱离心法在关键方面都不及另两种方法，不提倡使用，结论为胶回收法是去除全长cD N A溶液中非全长片段的理想方法。     

栉孔扇贝Cf-dmrt4-like基因的克隆、序列特征及表达分析

DMRT家族是一类转录因子,在性别决定与分化、器官形成等早期胚胎发育中起重要的作用。本研究采用简并PCR扩增和cDNA末端快速扩增技术(RACE),从栉孔扇贝(Chlamys farreri)精巢中克隆得到1个全长为2312bp的dmrtcDNA序列,其开放阅读框(Open reading frame,ORF)1110bp,编码369个氨基酸,具有dmrt基因家族共有的DM保守结构域。同源比对和系统进化分析结果显示,其为Cf-dmrt4-like基因。半定量RT-PCR结果显示,该基因从受精卵至匍匐幼虫各发育时期均有表达,卵裂期表达量较高;在雄性成体的鳃和精巢以及雌性成体的外套膜、鳃、肾和闭壳肌中表达,但卵巢中未见表达。qRT-PCR检测不同发育时期的精卵巢,以成熟期精巢表达量最高。由此推测,栉孔扇贝Cf-dmrt4-like基因参与个体的早期发育,并在两性成体中发挥着不同的作用。     

斑点叉尾［鱼回］苗种全长与体重的关系

本文运用生物学统计方法对2700尾斑点叉尾［鱼回］苗种全长与体重的关系进行了研究。结果表明,在本试验条件下,斑点叉尾［鱼回］苗种全长主要集中在15．5—17．5cm,体重主要集中在20～35g;体重与全长之间存在极显著相关关系;体重与全长之间的关系主要表现为幂函数关系,其关系式为Y=0．009X2．933。     

循环水养殖条件下鞍带石斑鱼生长特点研究

通过对鞍带石斑鱼(Epinephelus lanceolatus)为期5个月的养殖监测试验,研究循环水养殖条件下鞍带石斑鱼的生长特点。采用线性拟合、指数拟合、乘幂拟合的方法,分析了鞍带石斑鱼全长、体重生长与养殖时间,以及全长与体重的最佳拟合曲线。结果表明:鞍带石斑鱼全长生长与养殖时间以线性回归为佳(y=2.791x-15.716,R2=0.951 2);体重生长与养殖时间以指数回归最佳(y=2.432 3e0.32x,R2=0.996 5);全长与体重以乘幂回归为最佳(y=0.007 3x3.262 8,R2=0.945 3)。对鞍带石斑鱼全长与体重的幂函数关系分析,表明鞍带石斑鱼属正异速生长型(b=3.262 8),说明本研究条件下的循环水养殖模式适用于鞍带石斑鱼的养殖。