汶川地震对岷江柏林土壤微生物群落及养分的影响

为了探索地震灾害对森林土壤肥力和微生物多样性的影响,以四川理县地震灾区不同受灾程度的岷江柏林土壤养分及细菌、古菌群落为调查对象,在受灾区选择2个典型土壤类型、7个人工岷江柏(Cupressus chenginana)林为调查对象,其中,在熊尔山调查点(山地褐土)选择1个受地震影响小的林分作为对照,3个受灾林分,在蒲溪沟调查点(山地棕壤)选择1个对照和2个受灾林分。结果表明:受地震影响,熊尔山和蒲溪沟两个研究区的p H平均值显著升高了11.5%。与对照相比,土壤有机质、全氮、碱解氮、速效磷、速效钾、有效铁、有效锰和有效铜的含量都出现显著下降(P0.05)。以干土计的细菌和古菌的基因拷贝数范围分别为2.42×10~7~5.81×10~7copies g~(-1)和1.77×10~6~5.66×10~6copies g~(-1),比对照降低了1~2个数量级。细菌数量高于古菌数量,而细菌和古菌均与土壤养分因子(土壤有机质,全氮,碱解氮,有效磷,速效钾,有效铁,有效锰)达到显著正相关水平,与土壤p H为极显著负相关,与有效铜含量没有显著相关关系。总之,地震破坏了土壤微生态环境,土壤细菌和古菌数量减少,土壤肥力降低,应进一步明确营养元素对土壤微生物影响的机理。     

茄子单性结实差异表达序列鉴定及分析

利用实时荧光定量PCR技术,研究茄子单性结实SSH-c DNA文库中的96条EST序列在单性结实自交系和非单性结实自交系果实发育过程中的表达模式。分析表明,在低温条件下,相对表达量有显著差异的EST序列有31条,总体上调表达的EST序列有17条,总体下调表达的EST序列有14条。通过NCBI对EST序列进行Blastx比对,得到与其同源性高的序列信息。其中5条EST与抵御低温相关,6条EST与植物激素代谢相关,多条EST与植物代谢过程中的蛋白质和碳水化合物合成相关,1条EST无比对结果,可能为新基因。差异表达序列可作为研究茄子单性结实和耐低温的候选基因。     

Rapid screening of genetically modified ingredients in soybean and cotton processing by-product and waste using direct qPCR

To develop a simple and fast method for screening genetically modified ingredients from processing by-product and waste, direct quantitative PCR (qPCR) kit-Taqman which omitting multi genomic DNA preparing steps was developed in this study. A total of 18 oil crop processing by-products and wastes including 10 soybean and 8 cotton materials were collected from food processing factories. Compared with 2 commercial direct qPCR kits, conditions of DNA releasing procedure and PCR amplification were optimized. Element screening was performed at the initial step of genetically modified (GM) ingredient testing procedure via direct qPCR. GM event identification was carried out in positive samples by initial screening. Totally 5 screening elements (P–35S, T-NOS, Cp4-epsps, bar and pat) for soybean materials and 6 screening elements (P–35S, T-NOS, NPTII, Cry1Ac, bar and pat) for cotton samples were detected. In GM event identification, MON531 and MON1445 were found in cotton materials. Results were further confirmed by real-time PCR with DNA extraction and purification. The direct qPCR system proposed by this research was convenient for rapid screening and identification of GM ingredients in oil crop primary by-product and waste.     

珠三角地区杂交鳢（乌鳢♂ × 斑鳢♀）弹状病毒感染状况调查

【目的】杂交鳢（ Hybrid snakehead）为我国重要的特种水产鱼类,为摸清杂交鳢弹状病毒 (Hybrid snakehead rhabdovirus, HSHRV) 的感染状况,2021 年 3 月至 2022 年 2 月对珠三角地区养殖的杂交鳢弹状病毒病展开调查。【方法】对繁育阶段的杂交鳢 亲本、鱼苗、水样进行随机采样;养殖阶段则选择固定时间进行随机采样,并在病害暴发时采样。监测周期内共采集 333 份样品,每尾鱼经无菌解剖后,取绿豆大小肝脏、脾脏和肾脏组织混样,保存于液氮中,用于提取 RNA;以反转录的 cDNA 为模板,采用 qPCR 技术进行 HSHRV 检测。【结果】感染 HSHRV 的鱼体主要临床症状为不规则游动、打转,体表无明显症状,解剖可见肝脏、脾脏、肾脏、肠道和鱼鳔充血发红或肿大;qPCR 检测结果显示,333 份样品的 HSHRV 平均阳性率为 13.21%,阳性样品主要集中在4 － 11 月,其中,8 月份的样品阳性率高达 23.91% ;养殖阶段的 HSHRV 平均阳性率（17.01%）显著高于繁育阶段的平均阳性率（3.26%）;从鱼体规格来看,HSHRV 最易感 10 cm 以内的鱼,阳性率高达 32.20%,主要在 3 －9 月检出;HSHRV 最不易感 20 cm 以上的鱼,阳性率低至 9.52%。【结论】明确了繁育阶段和养殖阶段以及不同养殖规格杂交鳢的 HSHRV 阳性率,为深入了解杂交鳢弹状病毒病的流行规律提供参考,以期为养殖过程中杂交鳢弹状病毒病的预防与控制提供数据支撑。     

基于qPCR和LAMP技术的马铃薯晚疫病菌快速检测方法

马铃薯晚疫病菌（Phytophthora infestans）能侵染多种茄科植物,它引起的马铃薯晚疫病,是马铃薯生产中的第一大病害。为了开发能在田间快速检测马铃薯晚疫病病原的方法,利用P. infestans T30-4基因组测序数据的contig 1.18131,设计qPCR和LAMP引物,优化扩增条件后得到引物的特异性和灵敏度,最后通过检测田间收获薯块,比较形态学传统方法、qPCR及LAMP的差异。特异性检测结果发现,qPCR和LAMP仅在含有P. infestans DNA模板的体系有阳性扩增,在寄主和其他微生物DNA中均无扩增;在优化的条件下,qPCR和LAMP的检测下限可达1×10 ^-6ng/μL,在有寄主和其他微生物DNA存在的条件下,引物的灵敏度没有显著差异。利用两种快速方法对在大理、丽江及昆明3个地区田间收获薯块上检测发现,qPCR和LAMP方法得到的检出率差异极为不显著（P=0.420）,两种快速检测方法和形态学鉴定方法检出率差异极显著（P=0.009）。在大理、丽江及昆明3个地区的薯块中,两种分子检测方法检出率均比形态学方法高。其中,qPCR检测方法比形态学方法分别提高了12.00%、2.00%、8.70%;LAMP检测方法比形态学方法分别提高了11.30%、2.00%、8.70%。     

马银花愈伤组织RoWUS基因及其启动子的克隆与表达分析

WUSCHEL(WUS)基因是植物干细胞的标志基因。采用同源克隆法结合RACE技术从马银花愈伤组织中克隆得到Ro WUS c DNA全长序列,采用染色体步移法克隆得到该基因的启动子序列,登录号分别为KF365488、KF861578。马银花Ro WUS c DNA全长1 123 bp,编码302个氨基酸;DNA序列2 001 bp,包含2个内含子和3个外显子;启动子序列3 122 bp。生物信息学分析表明:Ro WUS亚细胞定位于细胞核,是不稳定的亲水蛋白,无信号肽,具有跨膜结构,包含homeodomain功能位点。系统进化树分析结果表明:Ro WUS单独形成一个分支,与葡萄、大豆和苜蓿的亲缘关系最近。对Ro WUS的启动子进行分析表明,该启动子除了含有丰富的TATA-box和CAAT-box等基本元件以外,还含有多个光响应元件、逆境胁迫响应元件、激素应答元件和其他功能元件。q PCR结果表明:Ro WUS基因在马银花愈伤组织不同生长时期中呈先上升后下降的趋势,在第5个继代周期时表达量最高。外源赤霉素和脱落酸浓度为15 mg/L时表达量最高,说明Ro WUS基因在该浓度时对赤霉素和脱落酸的响应最强。     

甘蔗基因表达定量PCR分析中内参基因的选择

以甘蔗接种黑穗病菌后0、6、12、24、48、60和72 h时间点的材料为研究对象,应用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR Real-time qPCR)技术,探讨25S rRNA、GAPDH、β-actin和β-tubulin4个内参基因mRNA水平的表达情况.经geNorm程序统计学分析,4种内参基因的表达稳定性各异,25S rRNA>GAPDH>β-actin>-tubulin,其中以25S rRNA表达稳定性最好,且根据该基因设计的两对定量PCR引物都是可行的.同时,甘蔗PPO基因表达特性的定量PCR分析也显示,甘蔗PPO基因与植物的抗病性相关.结果显示,研究中所筛选的内参基因是合适的.