Gene genealogies support Fusarium oxysporum f. sp. ciceris as a monophyletic group

Fusarium oxysporum f. sp. ciceris (Foc), the causal agent of fusarium wilt of chickpea, consists of two pathotypes (yellowing and wilting) and eight races (races 0, 1B/C, 1A and 2–6) of diverse geographical distribution. Six Foc isolates, one each of races 0, 1B/C, 1A, 4, 5 and 6, representing the two pathotypes and the geographical range of the pathogen, showed identical sequences in introns of the genes for translation elongation factor 1α ( EF1 α), β-tubulin, histone 3, actin and calmodulin. Eleven additional Foc isolates representative of all races, pathotypes and geographical range, and three isolates of F. oxysporum (Fo) nonpathogenic to chickpea were further analysed for sequence variation in the EF1 α gene. All isolates pathogenic to chickpeas shared an identical EF1 α gene sequence, which differed from that shared by the three Fo isolates nonpathogenic to chickpea. EF1 α gene sequences from the 17 Foc isolates and the three Fo isolates were compared with 24 EF1 α gene sequences in GenBank from isolates of 11 formae speciales of F. oxysporum by parsimony analysis. Foc isolates formed a grouping distinct from other formae speciales and nonpathogenic isolates. These results indicate that F. oxysporum f. sp. ciceris is monophyletic.     

马立克氏病病毒pp38基因启动子和增强子的克隆和序列分析

参考GeneBank发表的马立克氏病病毒(MDV)国际标准强毒株GA的基因序列，设计合成一对引物，分别以RBIB，814，GD2(广东分离株)，J-1-E(北京分离株)，Md11，Md5，CV1988等不同毒株的MDV基因组DNA为模板，通过PCR扩增，获得了预期大小的PCR产物。该产物经pGEM-T-easy克隆后测序，将所得序列进行比较分析。结果发现：不同毒株间pp38基因的启动子和增强子序列间有缺失突变，序列的同源性大于95．9％，其中大多数的突变发生在MDV复制的原点附近。     

The complete mitochondrial genome and molecular phylogeny of Lueyang black-bone chicken

ABSTRACT

1. The objectives of the current study were to investigate the mitochondrial genome and molecular phylogeny of Lueyang black-bone chicken, and provide molecule base to preserve and explore the specific chicken strain.

2. Based on sequencing and clustering, the complete mitochondrial DNA map and sequences of Lueyang black-bone chicken were revealed, and two phylogenetic trees of Lueyang black-bone chickens based on D-loop sequences and the mitochondrial genome were constructed.

3. The results showed that the complete mitochondrial genome of Lueyang black-bone chickens is 16,784bp in size, consisting of 22 transfer RNA genes, two ribosomal RNA genes, 13 protein-coding genes, and one non-coding control region. The base composition of the complete mtDNA sequence is 30.28% for A, 23.78% for T, 32.42% for C, 13.52% for G. Additionally, 10 haplotypes of D-loop sequences in 32 Lueyang black-bone chickens were detected, which were distributed into 4 clades (A, B, C and E).

4. It was concluded that genetic diversity is wide in Lueyang black-bone chickens, and this strain has multiple maternal origins from different regions in China and neighbouring regions.     

马鹿的起源进化与遗传多样性研究进展

马鹿是非常重要的物种资源,由于栖息地的流失和人为干扰进行近亲繁殖等导致野生马鹿数量急剧减少,而家养马鹿多经过改良,因此马鹿的纯种数量锐减。对马鹿进行分子遗传学研究不仅可以加深人们对马鹿起源和物种形成的认识,还能帮助开展遗传多样性保护研究。随着高通量测序技术、分子生物学和生物信息学的迅速发展,马鹿的起源进化研究已发展到全基因组水平,并取得了一定的成果。马鹿的起源进化研究从最初对体态外貌和染色体核型的研究逐渐发展到对DNA序列与生理指标的研究。文章回顾了近年来国内外对马鹿起源进化和遗传多样性方面的研究,从起源时间、起源地和迁徙路线等方面揭示了马鹿的演化历史,介绍了父系、母系和常染色体研究方面分析了马鹿遗传多样性选取的不同分子标记,为进一步揭示马鹿种群的遗传变异、分化情况、迁徙路线和系统发育关系等提供基础信息,同时为马鹿遗传资源的利用和保护以及马鹿产业的良性发展提供重要的借鉴与参考。     

中美动物源微生物耐药性监测对比研究

抗微生物药物在保障动物健康和食品安全方面发挥了重要作用,为了应对日益严峻的微生物耐药性问题,动物源微生物耐药性监测是应对微生物耐药性风险的重要防控策略。在“同一健康体系”工作框架下,中国和美国积极进行动物源微生物耐药性监测。本文通过对比研究中美动物源微生物耐药性系统的监测设计、监测对象和监测数据应用情况,结合我国畜牧兽医行业现状,立足我国动物源微生物耐药性监测客观需求,旨在为我国动物源微生物耐药性监测工作提供参考。     

稳定同位素指纹分析在蚕茧产地溯源中的应用研究

蚕茧产地溯源是丝绸原产地溯源的基础.本研究为了探究蚕茧产地溯源最适方法,以不同产地的蚕茧为研究对象,利用不同产区蚕茧的13C、15N、18O和2H同位素组成,通过单因素方差分析、多重比较分析、Fisher线性判别分析留一法交叉验证,最后建立蚕茧产地溯源模型.单因素方差分析结果表明,不同产地蚕茧的δ13C、δ15N、δ1...     

江汉平原不同土地利用和起源下农田土壤有机碳组分变化

调查采集了江汉平原不同土地利用和起源农田土壤表土样品,分析总有机碳(SOC)、热水溶性有机碳(HWEC)、易氧化有机碳(LOC)及其有机碳键合组分含量特征,并探讨有机碳量和与之影响的主要土壤因素的关系。结果表明:不同土地利用和起源均会影响土壤有机碳水平,表现为湿地起源水田有机碳含量(18.34±5.78)g/kg显著高于旱地(11.18±3.39)g/kg,而红壤水田有机碳含量(16.21±4.13)g/kg与旱地(14.54±3.41)g/kg之间差异不显著;不同起源水田下无显著差异,而红壤起源旱地显著高于湿地起源旱地。HWEC和LOC及其占SOC比例均表现为湿地起源水田显著高于红壤水田。不同土地利用和起源下土壤有机碳的稳定机制不同,粘粒保护在湿地起源土壤中具有显著作用,而水田条件下,土壤有机碳的化学结合稳定显得与游离氧化铁的保护有关,红壤起源水田土壤中由于游离氧化铁的大量存在,这种保护作用对于土壤有机碳的稳定具有显著的贡献。     

稻米中同位素与多元素特征及其产地溯源PCA-LDA判别

通过探究谷物中同位素与多元素的地域特色及其产地溯源的可能性,本研究采用稳定同位素质谱和等离子发射光谱质谱法测定稻米中同位素比率和多元素含量,并结合化学计量学中主成分分析(PCA)和线性判别分析(LDA)法建立模型,对不同省份的稻米进行产地溯源判定。结果表明,各地产的稻米中稳定同位素δ15N、δ13C、δD、δ18O数值范围不同,而且Li、Be和Na等其他矿物元素的含量变化较大,Pb、Sr同位素比率也各不相同,具有一定的地域特征。PCA法能够初步辨别各稻米地产,本研究进一步采用PCA-LDA法能够对大区域(黑龙江省、江苏省和辽宁省)的稻米进行产地判别,通过对23个样本进行判别验证,正确率为91%。对于黑龙江省4个地产的稻米样品,由于地理差异性比较小,同时样本数比较少,故只对其中2个产地稻米进行判别。通过同位素比率和多元素的含量的测定再结合化学计量学分析,一定程度上能够区分不同产地的稻米,为稻米产地溯源的可行性提供了方法依据。     

基于近红外光谱技术的茶油原产地快速鉴别

为研究茶油原产地溯源问题,维护其市场秩序,促进公平竞争。该文利用近红外光谱技术采集湖南、江西、安徽和浙江4个不同产地茶油的光谱数据,并运用 Savitzky-Golay 平滑（savitzky-golay, SG）、多元散射校正（multiplicative scatter correction, MSC）、一阶导数（first derivation, FD）和矢量归一化（vector normalization, VN）等4种方法对其进行预处理。采用偏最小二乘法（partial least squares, PLS）提取最佳主成分,构建 PLS 回归模型;同时,采用主成分分析（principal component analysis, PCA）和 PLS 算法提取最佳主成分,作为 BP 人工神经网络（BP artificial neural network, BPANN）输入变量,构建 PCA-BPANN 和 PLS-BPANN 模型。以验证集相关系数 RP 和验证集均方根误差 RMSEP 为模型的评价指标,分别优选最佳 PLS 和 BPANN 模型。试验结果表明,SG-PLS-DA 和 SG-PLS-BPANN-DA 模型对未知样本的整体分类准确率均大于90%。其中,SG-PLS-BPANN-DA 的鉴别效果优于前者,其建模集相关系数 RC、均方根误差 RMSEC 分别为0.974、0.170,验证集相关系数 RP、均方根误差 RMSEP 分别为0.972、0.172,对上述两类样本集的总体分类准确率分别为98.15%、95.83%,该模型能较准确鉴别茶油原产地。研究结果可为快速辨别茶油原产地提供参考。