杜梨根茎叶特异表达基因的RNA-Seq分析

利用RNA-Seq技术,对杜梨根、茎、叶中特异表达的基因进行了筛选和分析,为探讨梨属植物生长发育及组织间功能差异的分子机制提供理论依据。研究结果表明,杜梨根、茎、叶中分别获得了19 443、19 567、17 876个表达基因,分别注释得到110、110、110个GO功能分类和56、55、65条KEGG代谢途径,主要涉及能量代谢、物质代谢和运输、激素调控、信号转导等多种生物学功能;其中在根、茎、叶中特异表达的基因分别有1 245、971、846个,涉及8、8、11条显著富集的代谢通路,主要集中在亚麻酸、脂肪酸类、糖类等生物大分子物质和各种次生物质的代谢过程以及其他氧化还原、激素信号转导等途径;根、茎、叶中分别有10、6、20个特异表达基因参与调控激素信号转导途径,叶片中特异表达的15个编码合成SAUR蛋白基因,大部分在幼叶中表达较高,并伴随叶片衰老表达量下调;同时,在根、茎、叶中分别得到1 353、1 150、1 232个转录因子,较多WRKY、MYB、AP2-EREBP等家族的转录因子在根中特异表达。选出8个特异表达基因进行qRT-PCR验证,结果与RNA-Seq数据基本一致,表明了RNA-Seq分析是可靠的;综合上述结果,认为特异表达基因可能对维持组织器官的特定功能起重要作用。     

杉木ClSAUR25基因5'侧翼序列的克隆与生物信息学分析

S4UR(Small auxin-up RNA)基因作为生长素信号早期响应基因,在调控植物生长发育以及对逆境胁迫的应答中扮演着关键角色.本研究通过染色体步移法从杉木基因组DNA中获得了ClSAUR25基因5'侧翼序列,并对其进行了生物信息学分析.结果表明,克隆获得ClSAUR25基因上游5'侧翼序列1 471 bp,该...