四川盆地6个地方鸡群体遗传关系研究

随着交通便利与市场化杂交利用,我国地方鸡遗传资源面临血液混杂、品种来源和品种间的遗传关系不清晰的问题。为了给第三次全国畜禽遗传资源普查工作提供依据。本研究对位于中国大巴山脉和乌蒙山区的6个地方鸡群体（每个群体公、母各10只）共118个个体进行了简化基因组GBS测序,分析了核酸多态性（Pi）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）、观测等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、遗传分化（Fst）、遗传距离（DR）和基因流（Nm）等指标。研究发现,岩水鸡黑羽群体的遗传多样性较低（He=0.154;PIC=0.125）,大宁河鸡遗传多样性最为丰富（He=0.197,PIC=0.162）。城口山地鸡和大宁河鸡之间的遗传分化最低（Fst=0.053）,基因流最高（Nm=4.50）,丰岩乌骨鸡和岩水鸡黑羽群体之间的遗传分化最高（Fst=0.183）,对应的基因流最低（Nm=1.12）。系统发生树和主成分分析显示,岩水鸡白羽群体和黑羽群体聚为一类,城口山地鸡、大宁河鸡和旧院黑鸡聚为一类,丰岩乌骨鸡单独为一类。Structure分析表明,城口山地鸡与岩水鸡白羽群体血缘混杂。本研究探明了邻近区域地方品种的遗传关系,位于乌蒙山区的丰岩乌骨鸡与大巴山脉的旧院黑鸡、城口山地鸡、大宁河鸡、岩水鸡黑羽和白羽具有较远的遗传距离。本研究为地方品种的保护和开发利用提供了依据。