广东省屠宰场猪群PRRSV感染状况调查及基因测序分析

为了解广东省育肥猪群猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)携带情况,2019年在广东省43个生猪屠宰场,采集临床健康生猪淋巴结样品840份,运用商品化荧光定量RT-PCR试剂盒进行PRRSV核酸检测。设计PRRSV ORF5基因引物,选取部分阳性样品进行RT-PCR,测序后进行基因序列分析。结果显示:840份样品的PRRSV阳性率为17.02%,其中美洲型为14.29%,欧洲型为2.73%;成功获得15份样品的ORF5基因序列,其中12株为美洲型,3株为欧洲型;美洲型毒株中包含:JXA1-like毒株5株,GM2-like毒株3株,NADC30-like和VR2332毒株各2株;美洲型毒株基因相似度为87.5%～99.6%,欧洲型为90.2%～90.4%。对美洲型毒株的ORF5基因编码的氨基酸进行分析,发现检测到的不同亚群毒株各个功能区存在广泛的、显著的变异。结果表明,广东省屠宰场猪群的PRRSV隐性带毒率较高,且毒株复杂多样,以美洲型毒株为主,且已存在欧洲型毒株。建议落实并强化规模化猪场生物安全措施,加强流行病学监测,继续推动PRRSV净化工作。     

2017—2018年广东省H9亚型禽流感病毒HA基因序列分析

为了解广东省H9亚型禽流感病毒HA基因变异情况,对2017—2018年从广东省活禽市场获得的13株H9亚型禽流感病毒HA基因进行序列分析,发现13个毒株均属于h9.4.2.5分支;潜在的糖基化位点均为8个,主要变异表现在218～220 aa处1个位点缺失和313～315 aa处1个位点增加;受体结合位点主要表现为K149N、A150T、V198T、Q234L和Q235M突变,其中234～236 aa位点突变为LMG,与人源受体相同,具有可感染人的分子特征;抗原性相关位点除201 aa位点较为保守外,其余6个位点主要表现为G90E、S145D、D153G、N167G、A168N、T200R位点的突变,此外168 aa由天冬氨酸(D)突变为天冬酰胺(N),并成为主要氨基酸。以上基因突变提示,当前流行毒株的抗原性可能发生了较大变异,现有疫苗株可能对流行毒株不能提供有效的保护,需要研发新的疫苗毒株。     

不同年份2.3.4.4分支H5亚型禽流感病毒HA基因的序列分析

H5亚型禽流感2.3.4.4分支病毒作为我国优势流行毒株已流行多年,流行毒株是否会因变异而导致免疫失败引起关注。本研究对2014-2017年流行毒株进行测序,比较分析了其抗原位点的变异情况,结果发现2017年的流行毒株已发生较大的变异,形成了一个独立的分支,与其之前的毒株HA核苷酸序列的差异达4.4%-5.4%。其最大特征是HA蛋白的142位E(按A/Goose/Guangdong/1/96毒株排序)发生缺失,导致该处增加了1个糖基化位点;同时受体结合位点的口袋右缘发生L145S的变异,而这一位点的变异在2016年的毒株就已产生;2017的毒株另有12个aa发生了较为一致的变异。故推测当前毒株的抗原性已发生了较大变化。但238位(H3排序226位)匀为Q,保持禽源毒株的特征。就当前而言需改用Re-11或rFJ56株疫苗才能起到好的效果。     

不同厂家非洲猪瘟病毒荧光PCR检测试剂盒比对

为评价不同厂家非洲猪瘟病毒荧光PCR检测试剂盒的效果,选择当前市场上6个厂家的商品化试剂盒,检测不同类型样品,结合统计学方法对试剂盒的特异性、敏感性和重复性等性能指标进行比对分析。结果显示：6个厂家的试剂盒ROC曲线下区域面积(AUC)为0.826～0.951,Youden指数为0.76～0.90,说明试剂盒的排他性和包含性等特异性指标总体表现较好;最低检出限(LOD)等敏感性数据显示,6个厂家试剂盒的LOD为10^-1～10² copies/μL,说明各试剂盒的敏感性均较理想;用高、低浓度样品对试剂盒分别进行批内、批间重复性试验,发现高浓度样品的批内、批间变异系数(CV)为0.10%～1.28%,说明重复性较好,仅有2个厂家的试剂盒在检测低浓度样品时表现较好,批内CV为2.25%～6.12%,批间CV为2.93%和4.93%,说明不同试剂盒检测低浓度样品时稳定性较差。本研究为商品化荧光PCR检测试剂盒的评价提供了参考。