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旨在分析一株牦牛源植物乳杆菌SWUN5815的全基因组序列测序,并对该菌株的功能特性基因进行挖掘.基于PacBio RSII测序平台对乳杆菌SWUN5815进行全基因组测序分析和GO、KEGG、COG和NR数据库进行基因组基本功能注释.结果 表明:1)植物乳杆菌SWUN5815的基因组大小为3.27 Mb,GC含量44... 相似文献
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本研究旨在了解近年来我国四川、贵州地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行病学及遗传变异情况,对该地区2016—2018年间采集的8份PRRSV阳性样品进行病毒分离鉴定和全基因组测序,进一步使用RDP4和Simplot生物软件对全基因序列进行重组分析。结果显示,8个PRRSV毒株全基组全长为15 010~15 321 nt,毒株间相似性为80.9%~91.7%。NSP2氨基酸分析结果显示,4个毒株表现出与HP-PRRSV毒株一致的30 aa缺失,另外4株表现出与NADC30毒株一致的131 aa缺失。其中,GZgy17表现为“1+19+29 aa”新型缺失模式。ORF5氨基酸分析显示,3个毒株在33位点出现新型的1 aa缺失。遗传重组分析显示,8个毒株表现出PRRSV-2毒株6种不同谱系(Lineage)间的重组方式,分别如下:1) SCnj16:L8+L1;2) SCxyz17:L1+L5;3) SCya18:L1+L3;4) GZgy17:L8+L3;5) SCcd17和SCN17:L1+L8+L5;6) SCcd16和SCya17:L1+L8+L3。本研究结果表明,我国四川、贵州地区不仅有多种谱系PRRSV毒株并存,其基因组还出现了复杂的遗传重组现象,具有上述复杂基因组的PRRSV毒株在我国的流行状况值得高度关注。 相似文献
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【目的】确定四川省甘孜藏族自治州发病藏猪的病原菌,探究各菌株之间的亲缘关系及耐药性,为对其进行有效防控提供科学依据。【方法】从病死猪肺脏中分离出1株可疑病原菌,通过细菌分离培养、16S rRNA PCR扩增测序、遗传演化分析、药敏试验、耐药基因与23S rRNA突变位点检测、生物被膜试验、小鼠致病试验对分离菌株进行鉴定和分析。【结果】经16S rRNA PCR扩增与遗传进化分析显示,该菌与西班牙菌株CR-18、LG6-7g、AR-5A、GM5-1的核苷酸序列相似性均为100%,并与猪源莫拉菌聚为一个遗传分支,表明该病原菌为Moraxella pluranimalium,命名为KD-4。形态学观察显示该菌为双肾型革兰阴性双球菌。生物被膜试验测定显示,该菌可形成生物被膜,使动物病变痊愈后仍有细菌定植在体内,长期成为该病原菌的宿主。药敏试验结果显示,该菌对抗菌药物复达欣、磺胺异噁唑高度敏感;对盐酸大观霉素、美罗培南中度敏感;对氨苄青霉素、庆大霉素、阿莫西林、头孢噻呋钠、氟苯尼考、四环素、恩诺沙星耐药。其中,复达欣、磺胺异噁唑、盐酸大观霉素和美罗培南对该菌的最小抑菌浓度(MIC)分别为2、12... 相似文献
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试验旨在建立简易、快速、高效的鸡传染性喉气管炎病毒(infectious laryngotracheitis virus,ILTV)检测和诊断方法。根据GenBank上公布的ILTV TK基因序列,设计检测ILTV的特异性环介导的等温扩增(loop media-ted isothermal amplification,LAMP)技术反应引物,通过对LAMP反应体系和反应条件的优化,以及特异性、敏感性和临床样品的检测,建立了ILTV LAMP检测方法。结果显示,以内引物ILT9-FIP和ILT9-BIP、外引物ILT9-F3和ILT9-B3、环引物ILT9-LB和ILT9-LF为LAMP反应引物,反应温度为66℃时,所建立的LAMP检测方法反应效率最高;所建立的LAMP检测方法能够特异性地检测ILTV(匈牙利株和王岗株),不与新城疫病毒(NDV,B株)、鸡传染性支气管炎病毒(IBV,H52株和H120株)、大肠杆菌、鸡副嗜血杆菌、巴氏杆菌等发生交叉反应,且能够检测到的病毒最低浓度达到0.06pg/μL,其灵敏度是普通PCR方法的100倍;采用建立LAMP方法对50个临床样本进行检测,阳性率为14%,且与PCR检测结果的符合率达96%。本研究建立了特异性强、灵敏度高、操作简单的LAMP检测方法,适用于临床上ILTV的快速检测和诊断。 相似文献
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为了解我国川西高原地区藏猪呼吸道疾病综合征(porcine respiratory disease complex, PRDC)相关病毒的种类和流行情况,本研究从四川省甘孜藏族自治州地区采集藏猪呼吸道样本共计119份,其中健康藏猪鼻拭子66份(来自6个猪场),PRDC明显症状的藏猪鼻拭子、肺组织及肺泡灌洗液53份(11个猪场)。将健康组和发病组样本制成两个pool样提取总核酸反转录成cDNA,建库后使用Illunima novaseq测序。经序列分析表明,健康藏猪呼吸道样品主要以细菌噬菌体为主,动物相关病毒仅检测到疱疹病毒科(Herpesviridae)的mardivirus。发病组样本的病毒种群包括14个病毒科的16种病毒,可引起PRDC的病毒有猪圆环病毒2型(PCV-2)、细环病毒(TTSuV)、猪细胞巨化病毒(PCMV)和非洲猪瘟病毒(ASFV)等。使用SOAPdenovo软件组装出两株PCV-2,三株TTSuV和一株Porprismacovirus的全基因组。遗传演化分析结果显示,两株PCV-2属于PCV-2d亚型,三株TTSuV均属于k2型,其中SCgz-1属于k2b亚型,S... 相似文献
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猪繁殖与呼吸综合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome, PRRS)是影响全球养猪业的主要疾病之一。猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的突变率是RNA病毒中最高的。为了解其分子特征和遗传变异,对陕西和河南地区猪场采集的252份疑似样本采用RT-PCR检测技术和生物信息学软件进行了ORF5基因和Nsp2基因序列比对和遗传变异分析。结果显示:252份样本中阳性样品为39份,阳性率为15.6%。对39份阳性样品克隆测序获得10条Nsp2基因阳性样品序列和5条ORF5基因阳性品序列;5株PRRSV ORF5基因毒株与GenBank中26株PRRSV参考毒株的ORF5基因之间的核苷酸序列同源性为79.7%~99.7%,10株PRRSV毒株Nsp2基因的核苷酸序列同源性为38.2%~92.2%,其中5株ORF5基因的GP5-5、GP5-7、GP5-10毒株为PRRSV-2型谱系1的毒株,99L、100L毒株为PRRSV-2型谱系5的毒株,分别与代表株NADC30和VR-2332亲缘关系最近;10株PRRSV毒株Nsp2基因均为PRRSV-2... 相似文献
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细胞致死膨胀毒素(CDT)由CdtA、CdtB和CdtC三个亚基构成,是细菌的一种重要毒力因子.为研究副猪嗜血杆菌(H.parasuis) CDT的CdtC亚基的功能,本研究根据GenBank中cdtC基因序列设计引物,扩增cdtC基因,并克隆到原核表达载体pET-28a(+)中进行诱导表达.SDS-PAGE和western blot检测目的蛋白主要以包涵体形式存在,分子量约为25 ku.将纯化后的重组蛋白复性后进行体外细胞毒性试验.结果表明,CdtC蛋白对Vero细胞和PK-15细胞有较强的细胞毒性作用.本研究为研究细胞致死膨胀毒素CDT的致病机制奠定了基础. 相似文献
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为了探明高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(HP-PRRSV)JXA1分离株感染藏猪、藏梅猪和大约克夏猪后,病毒在猪体内的分布规律,本研究利用荧光定量RT-PCR技术检测3个品种猪感染4×105TCID50/m L的JXA1分离株后0、4、7和14 d体内的15个器官(心、肝、脾、肺、肾、大脑、小肠、颌下腺、颌下淋巴结、甲状腺、胸腺、支气管淋巴结、肠系膜淋巴结、腹股沟淋巴结和扁桃体)的病毒载量。结果表明,在整个感染期间,藏梅猪和大约克夏猪的15个器官中均检测到JXA1分离株,而藏猪的心、肝、脾、肾、小肠、颌下腺和甲状腺以及感染后14 d的脑中未检测到JXA1分离株;在JXA1分离株感染3个品种猪4、7和14 d,藏猪病毒载量最多的器官分别是扁桃体、腹股沟淋巴结和颌下淋巴结,藏梅猪分别是脾、脾和肺,大约克夏猪分别为胸腺、肺和颌下淋巴结。本研究证实了JXA1分离株在3个品种猪体内的分布规律和器官嗜性均存在明显差异。 相似文献
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试验旨在建立简易、快速、高效的鸡传染性喉气管炎病毒(infectious laryngotracheitis virus,ILTV)检测和诊断方法。根据GenBank上公布的ILTV TK基因序列,设计检测ILTV的特异性环介导的等温扩增(loop media-ted isothermal amplification,LAMP)技术反应引物,通过对LAMP反应体系和反应条件的优化,以及特异性、敏感性和临床样品的检测,建立了ILTV LAMP检测方法。结果显示,以内引物ILT9-FIP和ILT9-BIP、外引物ILT9-F3和ILT9-B3、环引物ILT9-LB和ILT9-LF为LAMP反应引物,反应温度为66℃时,所建立的LAMP检测方法反应效率最高;所建立的LAMP检测方法能够特异性地检测ILTV(匈牙利株和王岗株),不与新城疫病毒(NDV,B株)、鸡传染性支气管炎病毒(IBV,H52株和H120株)、大肠杆菌、鸡副嗜血杆菌、巴氏杆菌等发生交叉反应,且能够检测到的病毒最低浓度达到0.06pg/μL,其灵敏度是普通PCR方法的100倍;采用建立LAMP方法对50个临床样本进行检测,阳性率为14%,且与PCR检测结果的符合率达96%。本研究建立了特异性强、灵敏度高、操作简单的LAMP检测方法,适用于临床上ILTV的快速检测和诊断。 相似文献