基于转录组测序技术的黄唇鱼SSR分子标记筛选

[目的]筛选出可用于黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)遗传资源评价及亲缘鉴定的SSR分子标记,为开展其保护遗传学研究打下基础.[方法]利用Illumina HiSeq 4000测序平台对野生黄唇鱼样本进行转录组测序,采用TGICL对转录组数据进行聚类去冗余以获得Unigene,并通过生物信息学方法进行功能注释分类、代谢通路和SSR特征分析等.[结果]黄唇鱼混合组织的转录组测序共获得13.43 Gb数据,经组装并去冗余后获得65047条Unigenes.采用BLAST对组装获得的Unigenes进行七大功能数据库(NR、NT、GO、COG、KEGG、Swissprot和Interpro)注释,结果共有55583条Unigenes被注释(占85.45%).通过MISA对黄唇鱼的Unigene进行SSR搜索,共检测到29797个SSR位点分布于19664条Unigenes中.SSR位点分布类型及其特征分析结果显示,最主要的重复类型为二核苷酸重复基元(11855个,占39.79%),其次是单核苷酸重复基元(9695个,占32.54%)和三核苷酸重复基元(6663个,22.36%),而四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复基元的数量相对较少.二核苷酸重复基元类型中重复最多的基序是AC/GT(8355条),在三核苷酸重复基元类型中重复最多的基序是AGG/CCT(1866条).从随机选取的186对SSR引物中,最终筛选出47对扩增稳定性好且具有多态性的SSR引物,以二核苷酸和四核苷酸重复基元的扩增结果居多.[结论]通过转录组测序能有效筛选出具有多样性的黄唇鱼SSR分子标记,可为黄唇鱼的遗传多样性分析、亲缘鉴定和遗传图谱构建等后续研究提供基础资料.     

黄唇鱼消化系统组织结构及黏液细胞分布特征

利用石蜡切片、HE和阿利新兰-高碘酸雪夫-试剂[AB-PAS (Alician blue and periodic acid Schiff reagent AB, pH 2.5)]染色技术,研究黄唇鱼(Bahaba flavolabiata)消化系统的组织结构和黏液细胞的分布特征。黄唇鱼食道粗而短,胃呈"卜"形,分为贲门部、盲囊部和幽门部,胃与肠的连接处有8条幽门盲囊,肠道在体腔内迂回2个曲折。光镜下观察到消化管管壁由外至内依次为外膜、肌肉层、黏膜下层和黏膜层。食道肌肉层很厚,黏膜层很薄,未见黏液细胞分布。胃部肌肉层和黏膜层均很厚,黏膜固有层分布胃腺,黏膜上皮为单层柱状上皮。幽门盲囊管腔很大,但肌肉层很薄。肠道肌肉层较厚,黏膜皱褶较细长,黏膜上皮细胞间可见圆形的黏液细胞。肝脏内弥散分布胰腺组织,肝小叶内可见大量糖原空泡。AB-PAS染色检测到胃部分布为红色的Ⅰ型黏液细胞;幽门盲囊黏膜上皮分布大量蓝色的黏液细胞,为Ⅱ型黏液细胞;前肠、中肠和后肠检测到大量Ⅱ型黏液细胞,并有少量Ⅰ型黏液细胞。黄唇鱼消化系统的组织结构以及黏液细胞分布特征体现了食性与结构功能相协调的特点。