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【目的】通过筛选对大肠杆菌(E.coli)F17菌毛非腹泻型与腹泻型的绵羊脾脏中差异表达的lncRNA,来探究lncRNA对绵羊抗腹泻的作用。【方法】本研究通过对湖羊羔羊口服E.coli F17菌株获得非腹泻和腹泻型个体,利用羔羊肠道细菌计数、病理组织切片验证攻毒成功性;构建非腹泻组和腹泻组羔羊脾脏的cDNA文库,使用Illumina HiSeq 2500平台进行配对测序;通过Gene Ontology(GO)和KEGG Pathway富集分析对差异表达转录本功能描述和细胞通路分析,利用FPKM法估计lncRNA和mRNA转录物的表达水平,并用高通量测序技术RNA-seq筛选出非腹泻和腹泻个体脾脏中的差异表达lncRNA;然后利用荧光定量PCR技术检测了非腹泻组和腹泻组羔羊脾脏组织中DE lncRNA和DE mRNA的表达水平,来验证筛选的DE lncRNA在非腹泻组过程中发挥作用。【结果】羔羊口服E.coli F17菌株后,出现非腹泻和腹泻两种表型,腹泻组羔羊肠道中的细菌数量显著高于非腹泻组(P<0.05),同时腹泻组羔羊空肠黏膜组织出现不同程度的损伤,色泽暗沉,小肠绒毛部分脱落。笔者利用RNA-seq在非腹泻和腹泻羔羊脾脏中筛选出34个差异表达的(DE)lncRNA,703个的DE mRNA,随机选择一共12个DE lncRNA和DE mRNA,用q-PCR验证它们在非腹泻型和腹泻型羔羊体内的相对表达水平,发现与RNA-seq结果一致。通过Gene Ontology(GO)和KEGG Pathway富集分析,将DE lncRNA与GO 数据库进行比对的结果表明一共有34条lncRNA被注释和分类到302个功能亚类中,绵羊蛋白质结合(GO:0005515),细胞核(GO:0005634),poly(A)RNA结合(GO:0044822),细胞质(GO:0005737),组织重塑(GO:0048771),内肽酶活性的调节(GO:0052548)),6-磷酸果糖-2-激酶/果糖-2,6-双磷酸酶复合物(GO:0043540),磷脂酰肌醇磷酸化(GO:0046854),果糖-2,6-二磷酸2-磷酸酶活性(GO:0004331),钙依赖性磷脂酶C活性(GO:0050429)等10 个功能亚类的lncRNA较多,而其余的功能亚类的lncRNA分布较少。将DE lncRNA与KEGG 通路数据库进行比对的结果表明,一共有34条lncRNA被注释和归类到149个KEGG 通路中,绵羊甲状腺激素信号通路(路径:ko04919),Spliceosome(路径:ko03040),白细胞跨内皮迁移(路径:ko04670),神经营养因子信号通路(路径:ko04722),溶酶体(路径:ko04142),MAPK信号通路 - 途径(路径: ko04011),鞘脂信号通路(路径:ko04071),吞噬体(路径:ko04145),氧化磷酸化(路径:ko00190)等9 个KEGG 通路的lncRNA较多,而其余的KEGG 通路的lncRNA分布较少。 通过lncRNA-mRNA相互作用网络分析,发现6个共表达基因:MYO1G、TIMM29、CARM1、ADGRB1、SEPT4、DESI2。【结论】探究了对于腹泻产生非腹泻和腹泻型羔羊脾脏中lncRNA的表达谱,发现了非腹泻和腹泻羔羊脾脏中差异表达的lncRNA,有助于找出羔羊如何抵抗腹泻的发生机制,为羔羊抵抗腹泻提供科学的依据。 相似文献
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基于深度相机的玉米株型参数提取方法研究 总被引:1,自引:0,他引:1
提出了一种基于骨架提取的改进算法,可实现在大田环境下,使用PMD深度相机快速、无损测量玉米株型参数。首先利用深度图像RGB伪彩色和深度距离信息,提取深度图像的骨架,排除复杂背景干扰,得到单株玉米的二值骨架图像;然后利用基于角点检测的改进归类算法提取骨架图像特征点;最后建立骨架图像中特征点与深度图像的对应关系,利用空间几何数学方法,结合特征点计算出玉米的3种株型参数,即株高、茎粗、叶倾角。农田实验对比分析表明,所提方法的株高测量结果与人工测量结果的相关系数 r 为0.986,最大相对误差小于2 cm,农田作物育种抗逆性分析还表明玉米株型参数与抗倒伏性具有显著相关性。 相似文献
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以河北地区蔬菜大棚秸秆生物反应堆土壤为原型,结合土壤材料MAT147模型、SPH算法和边界条件,利用ANSYS/LS_DYNA对纵向开沟过程进行数值模拟。在前进速度2 km/h、旋转速度540 r/min、耕深350 mm、刀辊倾斜角度45°参数条件下,前后处理软件LS_PREPOST仿真结果显示,SPH算法可以直观模拟纵向开沟刀辊切削土壤的整个过程,最大等效应力为43. 21 MPa,主要集中在与刀辊接触的土壤上;刀辊切削过程显示,在螺旋板及刀片螺旋布置的旋转刀辊作用下,土壤去向主要分为轴向升土和周向抛土,开沟效果明显;刀辊切削应力云图显示,土壤所受的等效应力变化小且整个过程切削比较平稳;切削稳定时的功耗为8. 23 kW,与试验中的纵向开沟装置功耗接近,验证了模拟的可靠性,为新型纵向旋转开沟装置及零部件的优化设计提供可靠依据。 相似文献
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生态家园中沼气发酵产物的综合利用 总被引:9,自引:0,他引:9
根据我国农业结构调整、农场城镇化建设、农业增效、职工增收和生态环境建设这一战略重点,沿着生态家园富民计划这条主线,提高沼气在农村能源结构中的比重,把实施沼气综合利用技术作为解决"三农"问题的重要措施.为此,对沼气、沼液、沼渣的综合利用进行了分析. 相似文献
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新疆阿拉尔垦区棉花精量播种技术现状及应用 总被引:1,自引:0,他引:1
推广棉花精量播种技术不仅可以大大提高农业劳动生产效率、减少棉农的劳动强度、实现农业节本增效,而且对促进棉花品种、品质的提高,实现棉花增产增收、优质高效都具有十分重要的意义。为此,阐述了阿拉尔垦区的棉花精量播种技术现状及技术要点,分析了精量播种技术在棉花作业的综合应用效果,指出推广棉花精量播种技术需要注意的主要环节。 相似文献