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中国野生柑橘上衰退病毒分离株分子特征分析 总被引:3,自引:0,他引:3
【目的】了解中国野生柑橘上携带柑橘衰退病毒(CTV)分离株的CP/HinfⅠRFLP组群构成和分子特征。【方法】运用RT-PCR对采自中国云南、广西、四川、湖南、江西等省11个野生柑橘上CTV分离株的病毒衣壳蛋白基因(CPG)进行扩增,利用RFLP和SSCP对CPG进行分析,并将测定的CPG序列进行同源性比较和聚类分析。【结果】发现野生柑橘上11个CTV分离株以单一组群感染为主;这些CTV分离株CPG的核苷酸序列和相应的氨基酸序列同源性分别为92.5%~99.5%和95.0%~100%;与GenBank收录的9个全基因组CTV分离株的相应基因序列进行聚类分析,其核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为92.1%~98.8%和94.6%~100%。【结论】序列同源性比较说明CTV CPG具有高度保守性,同时系统进化分析表明收集到的野生CTV分离株与国外分离株分属5大类群,具有较复杂的亲缘关系。 相似文献
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重庆地区柑桔衰退病毒组群分析 总被引:4,自引:1,他引:4
柑桔衰退病毒(CTV)存在着许多生物学特性不同的株系。通过铲除感染强毒株植株或利用弱毒株交叉保护的方式来防治柑桔衰退病都需要对CTV株系进行准确、可靠的鉴定。根据对CTV衣壳蛋白基因(CPGs)的限制性片段长度多态性(RFLP)和单链构象多态性(SSCP)分析,发现在重庆地区CTV主要以CP/HinfⅠRFLP第1,3和6组群为主,并且在田间以多株系混合感染为主? 相似文献
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针对柑橘老熟组织中富含多糖、多酚、色素和其它次生代谢产物的特点,以柑橘老叶老皮为试材,在传统CTAB提取法的基础上通过添加增效剂并优化配方,建立了一种快速、简便的提取植物老熟组织及其内部病原总核酸的CTAB-Triton提取法。新的提取液对细胞的裂解能力更强,且解决了传统CTAB溶液因低温析出而致DNA得率损失的弊端。比较了该法和微量葡聚糖柱纯化法制备模板时韧皮部杆菌的检出率,并用该法制备模板,分析了韧皮部杆菌在柚子叶片中的分布情况,及对其它几种柑橘病原菌进行PCR/RT-PCR检测。结果表明,CTAB-Triton方法能有效提取柑橘老熟叶片的DNA,所得DNA质量高,产量比商品化试剂盒大,提高了韧皮部杆菌的检出率,且可用于柑橘其他病原真菌、细菌,以及DNA或RNA病毒病害的PCR/RT-PCR检测,也可用于定量PCR检测和病原种群多态性分析。 相似文献
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基于SSR标记的中国亚洲韧皮杆菌种群结构研究 总被引:1,自引:1,他引:0
【目的】亚洲韧皮部杆菌是柑橘黄龙病病原。通过筛选SSR(Simple sequence repeat)位点,分析中国境内亚洲韧皮部杆菌(‘Candidatus Liberibacter asiaticus’)的群体结构。【方法】根据已报道亚洲韧皮部杆菌基因组上的25个SSR位点,使用中国不同地理来源的样品,对报道的SSR位点进行筛选,找出其中适宜进行中国样品群体结构分析的位点。应用PCR的方法,对收集的中国境内的285个亚洲韧皮部杆菌相应SSR位点进行扩增,聚丙烯酰胺凝胶电泳。所得电泳图导入软件Quantity One 4.5.0读取产物的碱基数。通过PopGen version 1.31软件评估选出的位点和不同地理来源的样品的多态性,分别使用软件Powermarker 3.25和structure 2.3.4进行聚类分析。【结果】共选出5个SSR位点可用于中国种群结构研究,Nei's多样性指数0.1542-0.9556。其中LasA位点多态性最高,有效等位基因数NE=22.5,Nei's多样性指数H=0.9556。通过这5个位点分析中国境内8个不同地理来源的样品,发现云南省样品存在较高多态性,NE=5.7,H=0.6580。8个地理种群间的遗传距离0.0236-0.5786,遗传相似度0.5607-0.9767,广西和四川遗传距离最大,遗传相似度最小。Powermarker软件以UPGMA方法进行聚类分析的结果显示,所有样品分为两个组群,四川和云南为一个组群;福建、浙江、贵州、广东、广西和江西为一个组群。Structure软件分析也得出了相似的结果,云南和四川样品的种群构成较为单一,90%以上个体为同一组群,而其他6个地理来源不同程度的为两个组群的混合。【结论】基于5个SSR位点分析中国境内的Ca. L. asiaticus表明其可能存在两种不同的群体结构,为进一步研究中国柑橘黄龙病的发生和流行规律提供了有价值的线索。 相似文献
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从采自贵州感染了啤酒花矮化类病毒(Hop stunt viroid, HSVd)的柑桔植株中抽提总核酸,通过一对鉴别引物,经RT-PCR扩增初步筛选出柑桔木质陷孔病类病毒(Citrus cachexia viroid, CCaVd)。扩增该类病毒的全长核苷酸片段,通过克隆和测序,结果发现,该片段全长298bp,与GenBank中报道的木质陷孔病类病毒分离物同源性达到96%以上。这是中国发生的木质陷孔病类病毒的分子生物学特征的首次报道。 相似文献
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柑橘裂皮病类病毒的一步RT-PCR法检测及其在甜橙体内的分布 总被引:3,自引:0,他引:3
柑橘裂皮病是由柑橘裂皮病类病毒(Citrusexocortisviroid,CEVd)引起的一种重要的柑橘病害。分别采用快速微量核酸提取法和SDS-KAc抽提法在表现症状的Etrog香橼中提取核酸,采用一步RT-PCR法对CEVd进行检测,结果显示SDS-KAc法可以消除带毒样品中非特异性条带。从嫁接接毒的铜水72-1锦橙植株的接穗部取嫩叶、老叶、皮,从砧木部茎杆上取老皮以及根皮分别提取总核酸进行RT-PCR检测,分析CEVd在甜橙体内的分布情况。初步检测结果表明在接穗的嫩叶、老叶、皮,砧木部茎杆的老皮和根皮上都可以检测到CEVd,以接穗部叶和皮检出稳定性高。 相似文献
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柚新老枝叶中柑橘衰退病毒的DTBIA检测 总被引:1,自引:0,他引:1
应用直接组织印迹免疫法(Direct Tissue Blot Immuno-Assay,DTBIA)检测了中国农业科学院柑橘研究所品种资源圃的212株柚植株,呈柑橘衰退病毒阳性的有94株,占样品总量的44.3%.进一步对85株DTBIA阳性柚植株的新老枝叶进行检测,结果初步明确CTV在柚植株中存在不均匀分布现象,其中,新茎的平均CTV检出率最高,为77.9%,其次为新叶的77.1%;老叶和老茎的CTV检出率相对较低,分别为40.5%和38.7%. 相似文献