BBTV两个株系DNA组分1的克隆及序列分析

 对在生物学特性特别是寄主范围上存在明显差异的NSP株系和NS株系的代表分离物(广州天河分离物和高州分离物)的DNA组分1进行了克隆和序列分析,结果表明:2个代表分离物的DNA组分1全序列、ORF及其编码的氨基酸序列的变异率分别为3.2%、3.1%和2.8%,从而进一步确证了可以用寄主范围来作上述2个株系的鉴定。此外,这2个株系的DNA组分1、ORF及其编码的氨基酸序列分别与肖火根等报道的中国(广东)分离物、以及亚洲组和南太平洋组各分离物进行比较,结果表明:NS株系与肖火根等报道的中国(广东)分离物的亲缘关系很密切;这2个株系与亚洲组各分离物的差异均较小,而与南太平洋组各分离物的差异均较大,它们应属亚洲组。     

茄子资源苗期田间青枯病抗性鉴定

采用浸根接种法对23份茄子资源进行苗期田间青枯病抗性鉴定,结果有3份资源对青枯病表现为高抗,3份资源表现为抗病。这些抗病资源具有较好的农艺性状,可以作为今后茄子抗青枯病新品种选育的抗源加以利用。     

作物青枯病研究进展

茄科雷尔氏菌侵染引起的青枯病是世界性、毁灭性的作物细菌病害,该病害是典型的土传病害。茄科雷尔氏菌属薄壁菌门β- 变形菌纲雷尔氏菌属,为革兰氏阴性、好氧棒状杆菌,可侵染50 多科200 余种植物。该病原菌在无寄主植物存在时可在土壤、水体中存活5 年以上,一旦有合适的寄主植物,即可通过寄主植物的根部侵染维管束系统,引起寄主植物整株性、不可逆的萎蔫枯死。茄科雷尔氏菌是一个复合种,具有明显的生理分化与遗传多样性,已发现有5 个生理小种、5 个生化变种、4 个演化型和57 个序列变种。作物青枯病在广东省多种作物上发生十分严重,是广东省重要的植物细菌病害之一。目前,至少发现有35 种植物受到茄科雷尔氏菌的侵染与为害,其中桑、桉树、甘薯、沙姜、南瓜、空心菜、菊花、向日葵、广藿香、胜红蓟和人参果等作物青枯病被首次发现与报道,每年均造成巨大的经济损失。对国内外茄科雷尔氏菌及青枯病主要研究进展进行综述,并总结了本团队近20 年来在青枯病研究方面取得的主要成效。     

基于小RNA深度测序技术鉴定侵染广东辣椒的病毒种类

【目的】病毒病是广东省辣椒生产上主要病害之一,田间病株率一般为5%—30%,严重时可达100%。本研究旨在探明危害广东辣椒的病毒种类,为辣椒病毒病的防控提供理论依据。【方法】2013—2016年,从广东省广州、佛山、惠州、江门、梅州、湛江、茂名和韶关8市辣椒主要种植区采集疑似病毒病辣椒样品125份,分别提取每份辣椒病样总RNA,对从茂名、梅州、韶关3市采集的病样按地点和症状混合成7份混合病样进行小RNA深度测序分析,根据小RNA深度测序分析结果,对每种病毒分别根据小RNA深度测序拼接的基因片段序列和GenBank数据库中与该拼接序列同源性最高的病毒基因组序列保守区设计2对特异性引物,以小RNA深度测序的病样RNA为模板进行RT-PCR扩增,根据扩增效果对引物进行筛选,进一步应用筛选出的引物,对采集于广东省的125份辣椒病样分别进行RT-PCR检测,根据检测结果明确危害广东辣椒的病毒种类。【结果】从采集于广东省8市的辣椒主要种植区的125份病样中检测到14种病毒,按照检出率从高到低依次为辣椒轻斑驳病毒（Pepper mild mottle virus,PMMoV）(44.0%）、甜椒内源RNA病毒（Bell pepper endornavirus,BPEV）（32.8%）、烟草轻型绿花叶病毒（Tobacco mild green mosaic virus,TMGMV）（31.2%）、辣椒脉斑驳病毒（Chilli veinal mottle virus,ChiVMV）（29.6%）、辣椒黄脉病毒1（Pepper vein yellow virus 1,PeVYV-1）（26.4%）、甜椒斑驳病毒（Pepper veinal mottle virus,PVMV）（25.6%）、黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus,CMV）（18.4%）、辣椒环斑病毒（Chilli ringspot virus,ChiRSV）（16.8%）、辣椒黄脉病毒6（Pepper vein yellow virus 6,PeVYV-6）（16.8%）、马铃薯 Y 病毒（Potato virus Y,PVY）（15.2%）、辣椒褪绿病毒（Capsicum chlorosis virus,CaCV）（14.4%）、蚕豆萎蔫病毒2号（Broad bean wilt virus 2,BBWV-2）（9.6%）、辣椒隐症病毒1（Pepper cryptic virus 1,PCV1）（8.8%）、烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus,TMV）（4.0%）。其中,PMMoV、BPEV、TMGMV、ChiVMV、PeVYV-1和PVMV 6种病毒的检出率在25%以上,但PMMoV、ChiVMV和PVMV分布广泛,PMMoV除了茂名外,ChiVMV除了韶关外,其他7市辣椒产区均有分布;PVMV广泛分布于8市辣椒产区,根据检出率和分布范围,得出PMMoV、ChiVMV和PVMV是危害广东辣椒的优势病毒。同时发现,广东辣椒上多种病毒复合侵染现象普遍,在本研究125份病样中病毒复合侵染率达到88.0%,其中2种、3种、4种、5种、6种、7种和8种病毒复合侵染检出率分别为28.0%、25.6%、12.0%、9.6%、6.4%、1.6%和2.4%,由此可知,2种和3种病毒复合侵染是主要侵染形式。【结论】危害广东辣椒的病毒有14种,其中PMMoV、ChiVMV和PVMV为优势病毒,且复合侵染普遍,2种和3种病毒复合侵染是主要侵染形式。     

番茄黄化曲叶病毒侵染危害海南番茄及其分子特征

[目的]明确引起海南三亚、东方和陵水番茄黄化曲叶病的病毒分子特征,为防控该病害提供科学依据.[方法]以2019年2月从海南三亚、东方和陵水采集的15份疑似番茄黄化曲叶病样本为材料,采用菜豆金色花叶病毒属病毒的通用简并引物AV494/CoPR对15份样本进行PCR检测,并对PCR检测为阳性的样本进行滚环扩增(RCA)及基因克隆,获得侵染海南三亚、陵水和东方番茄的病毒基因组全序列,进而在GenBank数据库BLASTh程序进行相似性比对,利用SDT 1.2的MUSCLE alignment进行序列相似性比较分析,采用MEGA 6.0的邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育进化树,明确所获得病毒分离物与已报道分离物的亲缘关系.[结果]获得侵染海南三亚、陵水和东方番茄的3个番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)分离物基因组全序列,其大小均为2781 nt,编码6个开放阅读框(ORF),其中病毒链上AV1和AV2基因,互补链上AC1、AC2、AC3和AC4基因.相似性比对分析结果表明,TYLCV海南分离物与墨西哥和美国分离物的相似性在99.0%以上,与来自我国不同省(市)的14个TYLCV分离物的相似性在98.0%以上.系统发育进化分析显示,海南三亚、陵水和东方3个分离物与墨西哥、美国及我国北京和江苏分离物聚集在一个小分支,进一步与来自我国其他12个省(市)、韩国、哥斯达黎加和澳大利亚的分离物形成一个分支.[结论]侵染海南番茄的TYLCV可能来自我国大陆的番茄等种苗和烟粉虱带毒传入,也有可能来自墨西哥和美国等其他国家.     

中国台湾番茄曲叶病毒侵染引起广东番茄黄化曲叶病

广东汕头番茄(Lycopersicon eseulentum)上发生的黄化曲叶病毒病,田间症状表现为病株明显矮化、病叶褪绿黄化、叶小且卷曲和叶质较脆硬。对该病毒代表分离物(BS)基因组DNA-A克隆和测定结果表明,其全长为2740nt(GenBank acces-sion No.DQ237918),具有菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus)病毒基因组典型特征,为闭合环状单链DNA,有6个ORFs,分别位于病毒链上的AV1、AV2及位于互补链上的AC1、AC2、AC3和AC4;在基因AV2与AC1之间有269nt的非编码区。BLAST结果显示,BSDNA-A与Begomovirus中来自亚洲的病毒同源性较高,而与美洲、非洲等地的相对较低;其中与中国台湾番茄曲叶病毒(Tomato leaf curl Taiwan virus,ToLCTWV)DNA-A全序列同源性最高,为97.7%,而二者的AV1、AV2、AC1、AC2、AC3和AC4基因及IR的同源性分别为98.6%、98.0%、98.0%、97.5%、96.3%、98.6%和96.6%,推导编码的6个蛋白的氨基酸序列同源性分别为97.7%、99.1%、97.5%、95.6%、91.8%和99.0%%。全序列系统进化关系树显示,BS与ToLCTWV的亲缘关系最近,并形成一个独立分支,再与广东番茄曲叶病毒G2(Tomato leaf curl Guangdong virus G2,ToLCGDV-[G2]和广东番茄曲叶病毒G3(Tomato leaf curl Guangdong virus G3,ToLCGDV-[G3]形成一个大的分支,而与其它33种Begomovirus病毒的亲缘关系均相对较远。这些结果表明,BS应是ToLCTWV的一个分离物。     

广东南瓜细菌性叶枯病及其病原鉴定

 在广东省雷州市发生一种南瓜(Cucurbita moschata)叶枯病,病株叶片边缘开始出现水渍状病斑,逐步发展成大病斑,后期病斑焦枯;在叶片上也可形成近圆形水渍状病斑,伴有黄色晕圈,后期病斑联合形成不规则大枯斑;叶柄和匍匐茎被侵染后呈水渍状腐烂。从病斑上分离到一种细菌,在KB培养基上,菌落为椭圆形,乳白色,半透明,边缘参差不齐,紫外灯照射下产生荧光反应。致病性测定结果表明,该病原细菌可侵染6个南瓜品种引起与田间症状相同的叶枯病。生理生化试验结果表明,该病原细菌与丁香假单胞丁香致病变种(Pseudomonas syringae pv. syringae)的特性一致。应用假单胞菌属特异引物Ps-for/Ps-rev和丁香假单胞丁香致病变种组群特异性引物Group III-F/Group III-R,可从该病原细菌中扩增出预期大小分别为1 018 bp和750 bp的目的片段。应用丁香致病变种syrB基因特异性引物B1/B2,可从该病原菌中扩增出预期大小为750 bp的丁香霉素基因片段。基于16S rDNA与gyrB基因序列系统进化分析均表明,南瓜叶枯病菌株与已报道的P. syringae pv. syringae菌株HS191(CP006256)亲缘关系最近,二者聚类在一起形成一个小分支。人工接种条件下,该病原细菌还可侵染西葫芦、丝瓜、茄子、番茄、菜豆、扁豆等植物。这些结果表明,引起广东省南瓜叶枯病的病原为丁香假单胞丁香致病变种(Pseudomonas syringae pv. syringae)。这是首次在中国发现丁香假单胞丁香致病变种引起南瓜叶枯病。     

侵染广东连州葫芦的黄瓜绿斑驳花叶病毒的分子特征及致病性分析

【目的】黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)是侵染瓜类作物的主要病毒之一,对瓜类产业造成巨大的危害。本研究旨在探明侵染广东省连州市葫芦的CGMMV分离物(CGMMV-GDLZ)分子特征及其在系统进化中的地位,并测定其对黄瓜、葫芦和西瓜的致病性,为CGMMV的防控提供理论依据。【方法】从广东省连州市葫芦种植基地采集2个疑似CGMMV侵染的病样以及1个无症状样品,提取总RNA,根据CGMMV参考序列(GenBank登录号:KX883801)设计引物进行RT-PCR检测,引物序列为F:CCACGAGTTGTTTCCTAATGCTG/R:TTTGCTAGGCGTGATCGGATTGT,退火温度53℃,扩增长度890 bp。将CGMMV全长序列分为前后两段,前半段1—3 511 nt,扩增引物序列为F:AAGTTCATTTCATTTGGAGAGGGTTTTAATTTTTATAA TTAAACAAA/R:AGTTCTGCATTAATTGCTATTTGGTAGGCACAGTGGTAG;后半段3 301—6 423 nt,扩增引物序列为...     

广东省蒲瓜病毒种类鉴定及多重RT-PCR检测方法的建立

【目的】探明侵染广东省蒲瓜的病毒种类,建立一种可以同时检测多种蒲瓜病毒的RT-PCR检测方法,提高蒲瓜病毒种类鉴定效率,为蒲瓜病毒病的精准监测与防控提供依据。【方法】2018—2022年间,从广东省广州市、惠州市、清远市、汕头市和湛江市的蒲瓜主要种植区采集蒲瓜病毒病疑似样品78份,对采集的样品按照地区和症状进行分类,提取每份样品的总RNA,将一个地区具有相同症状样品的RNA等量混合后进行小RNA深度测序分析。根据小RNA深度测序分析结果,设计特异引物进行RT-PCR验证,从而明确侵染广东省蒲瓜的病毒种类。挑选6种检出率高、危害严重的蒲瓜病毒,根据GenBank数据库设计多重PCR检测引物,通过优化反应体系和反应条件,建立同时检测6种蒲瓜病毒的多重RT-PCR方法。【结果】从采集的78份蒲瓜疑似病毒病样品中,共检测到12种病毒,按照检出率从高到低分别为葫芦内源RNA病毒（Lagenaria siceraria alphaendornavirus,LSEV）(64.1%)、黄瓜绿斑驳花叶病毒（cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV）(62.8%)、...