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【目的】基于重测序数据开发一种快速筛选样品间SSR标记多态性的方法。【方法】通过基因组重测序技术对2个砂梨品种'早生新水’和'秋水’、1个西洋梨栽培品种'早红考密斯’以及3个梨属野生种豆梨、川梨和杜梨进行重测序,对已报道的446对梨SSR引物和新开发16对引物进行多态性测试,使用Magicblast匹配测序产生的Reads到上述SSR位点序列,获得SSR两侧保守序列之间的长度,筛选出多态性的引物。使用荧光PCR对部分筛选出的多态性引物进行验证。【结果】单个SSR位点在不同样品间获得匹配的平均Reads数能够超过16条,每个样品均获得了220个以上位点的信息,380对引物在不同样品间能够获得多态性的片段。精确分析了梨LG3早熟候选区域29个SSR位点在'早生新水’和'秋水’中的扩增情况,共鉴定出9个多态性表现好的位点。荧光PCR验证结果显示,通过预备筛选的引物表现出良好的多态性。【结论】本研究的方法一次能够筛选多对SSR引物,在常规PCR前可以预先获得不同引物的多态性信息,从而提高引物筛选效率。本方法不仅能应用于梨重测序数据快速筛选SSR引物,对其他动植物上的类似研究同样适用。 相似文献
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基于生物信息学方法,对‘砀山酥梨’基因组中Ty1-copia类型的GAG开放阅读框进行预测,共获得315条GAG序列。通过系统聚类,梨基因组中GAG序列可分为7个支系,第一和第三支系成员较多且保守性高。序列比对结果显示,不同支系GAG序列具有较高的异质性。在‘美人酥’梨的套袋和摘袋后的果皮中发现了34个gag成员,其中有6个(Ppgag16、Ppgag19、Ppgag23、Ppgag27、Ppgag29和Ppgag30)为高丰度表达成员。遮光条件下,‘美人酥’果皮中有部分gag成员发生表达,说明copia类反转座子不仅仅受光照影响发生表达。在摘袋后,‘美人酥’果皮中有2个成员(Ppgag5和Ppgag23)发生明显上调表达,说明梨中部分反转录转座子的转录受到光照的调控。 相似文献
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基于生物信息学方法对‘酥梨’基因组中不同类型的逆转录酶进行预测,共获得345条copia类和99条gypsy类逆转录酶。通过系统聚类,copia类逆转录酶可分为Ivana、Ale、TAR、Angela、Maximus和Bianca等6类;gypsy类逆转录酶可分为Athila、Tat、CRM、Reina和Tekay等5类。序列比对结果显示梨中逆转录酶具有较高的异质性,copia类逆转录酶序列分歧度为0.44,gypsy类为0.38。挑选出8类逆转录酶设计引物,并对梨属其它植物进行PCR扩增,结果显示这8类逆转录酶广泛存在于梨属植物中。在砂梨品种‘圆黄’的叶片、种子和果实中均发现该8类逆转录酶存在一定的转录水平,这是首次发现在梨属植物正常生长组织中逆转录酶发生转录。 相似文献
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以大棚、露地‘早生新水’梨露白期花枝为材料,分别在25℃、35℃处理2 h、4 h和6 h,以及40℃处理1 h、2 h和3 h,模拟高温对梨花粉活力的影响。结果表明:大棚‘早生新水’梨露白期花蕾耐高温低于35℃,尽管花粉量较多,但花粉萌发率低,花粉有效数量低;露地‘早生新水’梨露白期花蕾也不耐35℃高温。35℃高温持续时间越长,花粉萌发率越低,40℃高温显著降低花粉萌发率。35℃高温处理后,露地‘早生新水’梨花粉活力较大棚梨的修复能力强,但不耐受40℃长时间高温。高温对花粉管长度影响小。可见,温度对花粉萌发率影响大,对花粉活力起关键作用,大棚栽培应避免35℃以上的高温长时间出现。 相似文献
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在已知梨褐皮关联的SLAF标签(Marker286117)序列上存在4个SNP位点,共有4个基因型(a~d)的基础上,使用PCR加混池重测序技术鉴定该SLAF标签在64个梨品种中的多态性。共获得7.1 Gb原始数据,通过编译的SNP-rseq和Calculate程序对数据进行处理,64个梨样品获得的平均read数量为117 642条,满足分析需求。在该SLAF标签上新发现2个基因型(e和f)。6个基因型中c为原始类型,在栽培种砂梨和白梨中鉴定到b、d和e基因型;a和f基因型则出现在拥有西方梨血统的样品中。对基因型和表型统计后发现,c基因型存在时,梨果皮为褐色,不含c基因型时为绿色。该规律不仅适用于东方梨,在西方梨的一些样品中也适用。混池重测序技术降低了测序成本,相关技术手段能够应用于简化重测序后续的验证和标记辅助育种。 相似文献
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基于国外及我国梨产业发展的现状,采用文献调研的方法分析比较了国内外梨相关现行标准的颁布情况。从国际组织及各国现行梨相关标准情况、国内各地方梨标准颁布情况看,我国现行的梨标准不论是在总数量上还是分类细化程度都远超国际组织、美国、土耳其以及欧洲其他国家颁布的标准;我国梨全产业链各环节颁布的国家标准、行业标准以及地方标准主要涉及产前、产中、产后3个环节7个技术领域,但标准体系的建立仍处于起步阶段,并且梨产业后端的果品商品化处理与国外相关标准相比尚存在一定的差距。通过对上海梨产业发展的分析,提出构建上海梨产业标准综合体的设想,指出建立适宜本地区的梨高品质全产业链标准体系、提升产业组织化程度、打造新型梨产业联盟是上海立足长三角、辐射全国的发展方向,以期为我国梨产业发展提供实用性及前瞻性的指引。 相似文献
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