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两种SNP分型方法的比较及其在柚品种鉴定中的应用 总被引:3,自引:0,他引:3
用两种常用的SNP分型方法,等位基因特异性PCR法(Allele-specific PCR,AS-PCR)和高分辨率熔解曲线分析(High resolution melting analysis,HRMA),对16个柚栽培品种和8个柚杂种后代材料进行了7个SNP位点的分型研究。结果表明这两种方法所得的分型结果相同,都将24个样本分成了22种基因型。值得一提的是,样本‘八朔’与‘红八朔’,‘红甘夏’与‘川野夏橙’之间在所测位点无差别,表明其应当是同一来源的无性系变异。‘早熟真龙柚’和‘中熟真龙柚’的分型结果表明它们的基因型不同,看来并非是起源同一基因型的不同芽变品种,也不存在亲子关系。可见,AS-PCR和HRMA均适用于柚类品种的区分和鉴定。AS-PCR法是一种准确、低成本的SNP分型方法,适合普通实验室使用,惟对PCR反应体系要求严格。HRMA分型法具有准确、快速、简便、分析量大的特点,但需要专门的设备,试剂成本也高。 相似文献
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宽皮柑橘单核苷酸多态性的高分辨率熔解曲线分型 总被引:4,自引:1,他引:3
高分辨率熔解曲线分析(High resolution melting analysis,HRM)可以检测单碱基改变引起的DNA双链熔解温度(Tm)值变化,从而可以对样本在单核苷酸多态性分子标记(Single nucleotide polymor- phism,SNP)上进行基因分型。通过分析NCBI数据库中宽皮柑橘的表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)数据鉴别SNP位点,并用小片段扩增法高分辨率熔解曲线分型技术(High resolution melting analysis of small amplicons)分析11个宽皮柑橘(Citrus reticulata)品种以及柳橙(Citrus sinensis Osbeck var.‘Liucheng’)的5个SNP位点的基因型。结果显示,小片段扩增法高分辨率熔解曲线分型可以快速、清楚地分辨纯合与杂合基因型,在校正温度差异后也可以很好地分辨同一个SNP位点不同的纯合型。统计分析表明样本在所有SNP位点上均存在多态性,5个SNP位点的平均多态性信息含量(PIC)为0.3190,显示样本在这组SNP位点上具有较高的杂合率。 相似文献
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