应用锚定高通量测序技术对家畜粪便中线虫进行检测的初步探索

本研究对青海省内采集的牦牛和藏羊粪便样本中线虫进行了锚定高通量测序检测和PCR检测验证。结果表明,锚定高通量测序结果显示有效物种OTU共156条。物种数据库注释的有33种生物,包括已知动植物线虫(37.34%)、已知细菌(10.44%)和未知生物种(2.61%)。其中已知的动物线虫以钩口属为主,其次是血矛属。针对钩虫,PCR检测结果显示：海晏县阳性率最高(25%),其次是泽库县(8.82%)和河南县(6.9%),贵南县样本中钩虫阳性率为0。结果提示本研究中的锚定高通量测序方法的检测结果中尽管存在细菌,但客观上起到了缩小被检物种范围的作用,这为开展群体性高通量寄生虫检测的深入研究提供了参考资料。     

青海部分县区放牧动物粪便中的ARGs调查及PCR检测

随着有机牧场的发展和国家减药行动的开展,相应地区兽用抗生素使用量显著减少,但这是否对该地区放牧动物机体中的抗生素耐药基因(ARGs)产生了影响尚不清楚。为了解青海地区放牧动物体内的ARGs状况,本研究以205份牦牛、藏羊和马的粪便为材料,采用宏基因组测序分析了样本中的ARGs,再从宏基因组分析结果中选择10种ARGs进行了PCR检测。结果显示,祁连县和河南县的牦牛粪便及祁连县的藏羊粪便中检出ARGs 5种;河南、泽库两县的藏羊粪便与海晏县牦牛粪便中检出4种;贵南县牦牛粪便与海晏县藏羊粪便中检出3种;贵南县藏羊中检出2种,在5县区中ARGs检出率最少。结果可能提示被检ARGs在这5县区间存在地区和动物间差异,但需要更多的研究来验证。5种被检出阳性的ARGs中,多重耐药基因OprA在全部粪便样本中的检出率显著高于其它ARGs(P<0.01),可能提示类似OprA的多重ARGs是5县区内的牦牛和藏羊间需要重点关注的耐药基因污染问题,有必要进一步坚持减药行动并采取强化措施。