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本研究采用罗氏、天隆、赛默飞世尔等公司生产的5种核酸提取试剂盒,对新城疫病毒RNA的提取效率进行比较,以优选出提取效率高、耗时短、成本低的核酸提取方法,为各级实验室开展新城疫病毒核酸检测提供技术参考。采用5种商品化核酸提取试剂盒,对不同浓度(稀释度10~0~10~(-8)/EID50 10~(8.3))的新城疫病毒标准样品进行RNA提取,通过实时定量荧光RT-PCR进行检测,以Ct值评价5种试剂盒的RNA提取效率,并对试剂盒的RNA提取时间和价格等进行综合比较分析。结果显示:High Pure Viral RNA Kit(罗氏)、动物疫病病毒RNA核酸提取试剂盒(天隆)和Lab Serv Viral Total NA Kit(赛默飞世尔)的RNA提取效率较高。其中,Lab Serv Viral Total NA Kit对低浓度样本的RNA提取效率最高,价格最便宜;Tian Long的RNA提取所需时间也较短,但操作最为简便。综合提取效率、时间及成本等因素,分析认为Lab Serv Viral Total NA Kit(赛默飞世尔)性价比最高,适用于大批量临床样品的集中检测。 相似文献
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为了分析我国新出现的Ⅰ类新城疫病毒的分布和分子特性,对2016年分离到的4株Ⅰ类新城疫病毒进行F基因序列分析和遗传进化分析。结果显示:4株Ⅰ类新城疫病毒F基因编码长度均为1 662nt,共编码553个氨基酸,分离株之间氨基酸相似性为97.9%~100%。4株分离株F蛋白裂解位点的氨基酸组成均为112 ERQERL117,符合新城疫病毒弱毒株的分子特征。F基因高变区(47—420nt)遗传进化分析结果显示这4株病毒为国内新出现的基因型,利用F基因编码区全长序列构建系统进化树显示4株病毒属于基因1c亚型,与北美分离株高度同源,而与国内基因1c亚型分离株(Duck/Guangxi/1261/2015)相似性仅为95.5%~97%。监测数据表明这种新出现的Ⅰ类新城疫病毒具有在国内进一步流行和扩散的风险。 相似文献
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为了解我国基因VII型新城疫病毒的分子生物学特性,对2014—2018年分离的5株基因VII型新城疫病毒代表株进行了基因组测序和生物信息学分析。序列分析显示:5株病毒F蛋白裂解位点为112RRQKR/F117或112RRRKR/F117,具有强毒株的典型特征;病毒基因组长度均为15 192 nt,其F蛋白融合肽、七肽重复区和跨膜区,以及HN蛋白跨膜区、中和抗原表位等功能区有多处氨基酸变异。病毒F基因遗传进化分析显示:2014—2015年分离的2株病毒属于基因VII.1.1亚型;2016—2018年分离的3株病毒属于基因VII.2亚型,暗示此亚型毒株可能已逐步取代基因VII.1.1亚型,成为家禽中的优势流行毒株。本研究进一步掌握了我国基因VII型新城疫病毒的遗传特性,从而为科学防控该病提供了参考。 相似文献
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2010—2012年在全国新城疫主动监测中分离并鉴定出6株基因XII型新城疫病毒。这是我国首次发现该基因型病毒。分离到的XII型新城疫病毒全部分布在我国南方地区,多为水禽分离株,仅有1株为鸡源分离株。脑内接种致病指数(ICPI)和分离株F蛋白裂解位点的氨基酸组成证实分离株均为新城疫强毒。进一步的遗传进化分析表明,这6株分离株属于基因XIIb亚型,与南美地区的XII型分离株基因型不同(XIIa亚型)。对于国内新出现的基因XIIb新城疫病毒的来源,仍需要更多的监测数据来证实。目前的监测数据表明,这种在我国新出现的XII型新城疫病毒具有在当地造成地方流行和进一步扩散的风险。 相似文献
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