川、渝、黔地区猪圆环病毒3型PCR检测及全基因组序列分析

为了解川、渝、黔地区猪圆环病毒3型(PCV3)的感染现状及流行毒株的分子遗传特征,本试验对2020年1月至2021年1月期间3省市共30个区县639份临床样本进行了检测,对阳性样本进行全基因组测序并与国内外毒株比对分析。结果显示,共检测到7份阳性样本,整体阳性率1.10%。5份阳性样本(重庆3份、四川1份、贵州1份)经过测序拼接,发现病毒全基因组长度均为2 000 bp, GenBank登录号分别为OK334614～OK334618,同源性比对显示与国内外毒株的相似性在98.2%～99.2%之间,与PCV2和PCV4的同源性较低,分别为44.9%～45.5%和46.3%～46.9%。通过对Cap蛋白的氨基酸序列分析,发现重庆和四川地区4份样本感染毒株的基因型均属于PCV3a型,而贵州地区样本感染毒株的第24和27位氨基酸分别为亮氨酸(L)和赖氨酸(K),为一种新的变异基因型,不属于目前分类标准下的任何一种。该结果为进一步了解PCV3的遗传变异及其在我国西南部分省份的分子流行特征提供了依据。