沙鞭转录组简单重复序列(SSR)位点特征分析

沙鞭是禾本科、沙鞭属的一种多年生大型根茎类草本植物,主要分布于青海柴达木盆地和内蒙古高原及其毗邻荒漠地区,具有较强的耐旱、耐寒、耐碱、抗风沙和抗病能力。本研究使用MISA(Microsatellite identification tool)软件对沙鞭全长转录组测序获得的184 076条Unigenes的SSR位点进行搜索和特征分析,共获得3 563个SSR重复序列,分布于56 824条Unigenes上,SSR发生和出现频率分别为30.87%和50.83%;重复类型以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复为主。单核苷酸重复中,(A/T)_n基元类型占总SSR位点的42.26%;二核苷酸重复优势基元类型为(AG/CT)_n,占总SSR位点的9.29%。SSR数量随重复次数增加而降低;重复次数类型随基元序列长度增长而减少。此外,本研究还得到沙鞭29 444条和10 864条Unigenes的KOG和GO注释,其主要集中于翻译后修饰、蛋白质周转、催化活性和代谢过程。因此,本研究认为沙鞭转录组SSR序列呈现较高的多态性潜能,具有较大的开发价值,为今后沙鞭分子...     

沙鞭全长转录组测序及生物信息学分析

为了明晰沙鞭(Psammochloa villosa)的转录组特征，本研究利用PacBio Sequel测序平台首次对其进行全长转录组测序和数据分析，结果共获得323 309个clean reads,自我矫正产生环形一致性序列(CCS)673 540个，预测得到蛋白编码区(CDS)序列28 447个；MISA软件共搜索得到沙鞭93 563个简单重复序列(SSR),分布于56 824条unigene上；转录本基因功能注释，共有166 541条序列得到NR注释，结果显示沙鞭与二穗短柄草(Brachypodium distachyon)亲缘最近；KOG数据库比对将97 892个unigene分为25个功能类别，其中注释较多的功能为翻译后修饰、蛋白质周转和分子伴侣；GO数据库比对共注释到87 930个unigene,分为生物过程、细胞组成和分子功能3大类及62个亚类分支；KEGG结果表明碳水化合物代谢、信号转导、能量代谢通路中注释基因较多。本研究结果丰富了沙鞭的遗传信息，为今后沙鞭关键耐旱基因的挖掘提供了理论依据。