利用Illumina MiSeq测序平台分析肉鸡盲肠微生物多样性

为对肉鸡盲肠微生物的多样性进行探索,选取15只饲养在相同条件下的科宝-500肉鸡,利用Illumina MiSeq测序平台与Qiime等16srRNA序列分析工具在22日龄时采集盲肠内容物进行研究。结果显示:1)测序共获得359 158条有效序列与3 210个OTU,并且由稀释曲线可以证明此次测序结果比较全面的覆盖了肉鸡盲肠微生物群落。2)各样品菌群之间存在差异,得到序列的数量以及菌群多样性差别较大。3)通过核心菌群分析可知,4个共享菌群在门水平上分别为:拟杆菌门Bacteroidetes(70.0%±12.1%)、厚壁菌门Firmicutes(25.4%±11.2%)、变形菌门Proteobacteria(4.3%±3.7%)和蓝菌门Cyanobacteria(0.3%±0.5%)。4)有益菌群如乳酸杆菌属Lactobacillus、双歧杆菌属Bifidobacterium虽然存在于盲肠微生物中,但相对丰度不高。5)PICRUSt分析盲肠菌群对应的基因功能发现:功能转运、嘌呤代谢、DNA修复重组蛋白、氧化磷酸化和甲烷代谢等基因功能丰度最高。由此可见,个体差异虽然对肉鸡盲肠微生物结构影响较大,但是仍然存在不少共性。     

聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术分析1只死亡野生川金丝猴胃肠道菌群多样性

本试验旨在对1只死亡野生川金丝猴的胃肠道菌群多样性及其克隆测序条带的系统进化树进行分析。取死亡野生川金丝猴胃肠道内容物,进行聚合酶链式反应(PCR)-变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析,结合条带的克隆测序、聚类分析和主成分分析(PCA)检测菌群多样性并构建系统进化树。结果显示:1)野生川金丝猴整个胃肠道栖息着大量细菌,且来自胃、小肠的样品聚为一大簇,来自大肠的样品聚为一簇,而来自粪便的样品单独聚为一簇。2)从DGGE图谱上共回收18个条带,细菌种类鉴定主要是5个菌门,分别为变形菌门(Proteobacteria,38.89%)、厚壁菌门(Firmicutes,22.22%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,5.56%)、放线菌门(Actinobacteria,5.56%)、疣微菌门(Verrucomicrobia,5.56%)和不可培养菌(uncultured bacterium,22.22%)。其中,变形菌门和厚壁菌门分布于整个胃肠道。3)菌群的系统进化树分析表明,仅有1种不可培养菌与已鉴定的粪肠球菌进化分类相似,而其他不可培养菌与已知的菌种进化分支差异较大,说明在野生川金丝猴的胃肠道中仍有大量的菌群信息未被鉴定。结果提示,本试验测定的1只死亡野生川金丝猴的胃肠道优势菌群为变形菌门,菌群多样性随着胃肠道由前至后的顺序呈现高—低—高的趋势。