基于RNA-Seq鉴定黑羽番鸭肉质风味差异的候选基因

为挖掘黑羽番鸭肉质风味相关候选基因,通过对黑羽番鸭胸肌、腿肌中挥发性风味物质进行测定,并通过Illumina HiSeq2500高通量测序进行转录组对比分析,结合参考基因组对所获得的序列进行序列比对、基因注释和差异表达等分析,筛选出差异表达基因并进行GO富集分析。通过荧光定量PCR(Real-time PCR,qRT-PCR)方法检测4个差异候选基因表达水平,验证测序结果的可靠性。结果表明,黑羽番鸭胸肌中挥发性风味物质辛醛、2,3-辛二酮含量显著高于腿肌,3-羟基-2-丁酮含量显著低于腿肌(P<0.05)。通过参考基因组比对和差异表达分析,初步获得614个差异表达基因,171个差异基因在黑羽番鸭腿肌组织上调表达,443个差异基因在黑羽番鸭腿肌组织下调表达。结合GO分析和KEGG富集分析,最终获得了20个候选功能基因,它们分别参与机体氨基酸形成、糖代谢以及脂肪代谢等生物过程,其中10个差异候选基因在黑羽番鸭胸肌中参与肌内脂肪代谢过程,这些基因可能通过形成肌内挥发性风味物质进而影响肌肉风味。qRT-PCR验证结果表明,筛选出的差异候选基因表达趋势与转录组测序中表达的趋势相似,说明测序...     

SLC家族成员对黑羽番鸭羽色性状的作用初探

为进一步丰富番鸭羽色性状遗传机制的研究，运用Illumina高通量测序技术对不同性别的黑羽及白羽番鸭皮肤组织进行转录组测序，经GO富集分析和KEGG通路注释对差异表达基因功能进行解析，利用qRT-PCR对部分RNA-Seq数据进行验证。结果显示，公黑羽番鸭皮肤（HFPF.G）vs母黑羽番鸭皮肤（HFPF.M）获得差异基因2 131个，公白羽番鸭皮肤（BFPF.G）vs母白羽番鸭皮肤（BFPF.M）获得差异基因780个，黑羽番鸭皮肤（HFPF）vs白羽番鸭皮肤（BFPF）获得差异基因684个，通过上述三组韦恩分析，以黑、白羽番鸭皮肤对比组（HFPF vs BFPF）504个差异基因为番鸭羽色候选基因，进一步筛选获得番鸭羽色性状相关前10个差异表达，其溶质转运蛋白（Solute carrier,SLC）家族成员SLC7A11和SLC25A4可能对番鸭黑、白羽色性状遗传起重要调控作用。同时发现细胞色素P450对外源物质的代谢作用信号通路、谷胱甘肽代谢信号通路、cAMP信号通路等可能参与番鸭黑白羽色性状遗传的调控过程。研究表明，SLC7A11和SLC25A4可用于黑羽番鸭的羽毛分子辅助选育。