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猪CTSD全长cDNA的克隆和表达分析 总被引:1,自引:0,他引:1
以人CTSD mRNA全长序列为基序,在db EST库中搜索同源性大于80%、重叠大于40个碱基的猪EST下载经Seqman软件装配后,利用RT-PCR扩增到猪CTSD基因部分cDNA序列,进一步通过RACE技术获得cDNA全长(GenBank登录号为DQ018727),猪CTSD基因cDNA全长2032 bp包括93 bp 5′UTR区、706 bp 3′UTR区和1 233bp ORF,编码410个氨基酸残基。其编码区与人、鼠、牛、羊CTSD编码区同源性分别为87.9%、78.2%、86.6%和85.0%,其氨基酸序列与人、鼠、牛、羊氨基酸序列同源性分别为86.6%、80.1%、86.0%和84.7%。疏水性分析和信号肽预测发现猪CTSD氨基酸序列存在至少7个疏水性区域,信号肽位点为第1-20个氨基酸残基。在NCBI进行Blast P搜索结果显示猪CTSD氨基酸结构中含有Asn(Asparagine,天门冬酰胺)结构域,与天冬氨酸蛋白酶3D结构同源性高达99.7%,具有真核生物天冬氨酸蛋白酶的典型结构。以猪多组织RNA池为模板,以1026 bp部分cDNA序列作为杂交探针进行Northern杂交,得到一条2000 bp左右特异条带,从而验证了RACE产物为全长cDNA并揭示该基因只有一个转录本。为了研究猪CTSD基因在体内不同组织内表达的特点,采用半定量RT-PCR对CTSD基因在猪10个组织中的表达进行研究,结果表明在10个组织中均有表达,且表达量与-βactin内参接近。 相似文献
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猪场废水是一种较为复杂的有机复合体,对规模猪场废水经过MBR组合处理后的水样进行水质检测,并进行数据分析后作为肥水配比依据,在农田需肥和灌溉期间,通过农田施用管网进行旱地作物施肥,实施水肥一体化。试验结果表明,规模化猪场废水经MBR组合处理效果较好,是将猪场废水变废为宝的较好的处理模式。 相似文献
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为了了解蓝塘猪与大约克猪TPM3基因编码序列(coding sequence, CDS)的多态性,试验选择健康肥育蓝塘猪30头和大约克猪35头作为试验动物,采用PCR方法扩增两个猪群的TPM3基因cDNA序列,测序分析其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNP)。结果表明:在猪TPM3基因cDNA序列中查找到6个SNPs位点,涵盖猪TPM3基因5′非编码区(UTR)和CDS区;在5′UTR仅存在U-45 SNP位点,为单碱基缺失;在CDS区存在E3-440、E3-452、E4-565、E6-650、E6-658共5个SNPs位点,包括3个单碱基转换,1个单碱基颠换,1个单碱基缺失。E3-440由丙氨酸变为甘氨酸,E3-452由谷氨酸变为甘氨酸,E4-565由异亮氨酸变为缬氨酸,E6-650由异亮氨酸变为苏氨酸,E6-658由亮氨酸变为色氨酸;E3-452与谷氨酸含量关联,谷氨酸作为影响猪肉的主要鲜味物质之一对猪肉风味有影响。说明E3-452可作为影响猪... 相似文献
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