多枝赖草高分子量核DNA的有效制备

以多枝赖草Leymus multicaulis黄化苗幼嫩叶片为材料,在液氮中研磨成粉末,加入冰冷的细胞核抽提缓冲液,经一系列钢制细胞筛过滤,离心分离细胞核,相差显微镜镜检后,用低熔点琼脂糖包埋,蛋白酶K原位裂解,经脉冲场电泳分离,用1%低熔点琼脂糖回收获得了较纯净的分子量大于2 Mb的核DNA,Southern杂交显示没有叶绿体和线粒体DNA的污染.利用该方法制备的高分子量核DNA,可用于后续可转化人工染色体(TAC)文库的构建和基因组分析.     

多枝赖草基因组Mb级DNA制备和酶切方法的优化

Mb级DNA的制备和酶切是构建YAC,PAC,BAC,BIBAC和TAC文库与大尺度物理图谱的基础。以浓度0.4%(m/m)NaCl人工模拟盐池中生长的多枝赖草再生叶为材料提取细胞核,经钢丝细胞筛过滤,多次回收滤渣和离心上清中的细胞核,相差显微镜调浓度达108个/mL后,经LMP包埋,蛋白酶K降解核蛋白,脉冲电泳纯化回收后,在LMP胶块中2 Mb以上DNA的浓度约为250 ng/μL。在胶中经Hind III部分酶切再用脉冲电泳回收不同大小范围的DNA,电洗脱浓缩除盐后浓度约为25 ng/μL。用此方法得到的核DNA不但无细胞器DNA等的污染,而且浓度高,可直接用于各种人工染色体文库的构建。     

载有抗逆性基因的多枝赖草染色体连锁群的特定TAC克隆的鉴定

分别以耐黄矮病耐蚜虫小赖麦附加系Line24、耐盐耐旱小赖麦附加系Line15、耐盐小赖麦易位附加系Line14为材料,以它们各自所附加的含有相应抗逆基因的多枝赖草染色体(简称为抗逆染色体)的6个特定SSR分子标记为探针,通过两轮菌落杂交法筛选多枝赖草基因组可转化人工染色体(TAC)文库,最终得到经过验证的阳性克隆77个,它们分别对应于3个(易位)附加系中所附加抗逆染色体(臂)连锁群的6个特定SSR标记,每一标记所对应的TAC克隆数目变化在5～19个,平均约13个.进一步从来自Line24的抗逆染色体连锁群的同一个探针筛选到的阳性克隆中抽查2个TAC克隆15J18和09I02,通过双色荧光原位杂交技术(Double-color FISH)进行初步定位,直观地证明了文库筛选结果的准确性.为各条抗逆染色体的识别鉴定和相关抗逆基因的精细定位奠定了基础.