鸡OBR基因g.7851G>A单核苷酸多态性功能性鉴定及分析

瘦蛋白受体(OBR)对脂肪沉积和体重调节有重要影响。基于前期发现鸡(Gallus gallus)OBR基因g.7851G>A单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)与鸡腹脂重极显著相关(P=0.0076)。生物信息学分析显示,该SNP位于多个转录因子结合区域,可能与某个或某些转录因子结合,影响OBR基因转录效率,为功能性SNP。为确定SNP功能性,研究该基因在高、低脂两系肉鸡各组织中差异表达;构建含该SNP位点A和G等位基因荧光素酶报告基因载体,利用双荧光素酶报告系统分析转录因子C/EBPα和PPARα对该SNP位点不同等位基因荧光素酶活性的影响。Real-time RT-PCR结果表明,肝脏和腹部脂肪中,高脂系公鸡OBR基因表达量显著高于低脂系公鸡;在大脑中,高脂系公鸡OBR基因表达量显著低于低脂系公鸡(P<0.05)。报告基因结果表明,A等位基因荧光素酶活性显著高于G等位基因(P<0.05)。此外,转录因子PPAR录对G等位基因荧光素酶活性抑制作用显著强于A等位基因(P<0.05),转录因子C/EBα因对G等位基因荧光素酶活性抑制作用显著弱于A等位基因(P<0.05)。研究表明,OBR基因g.7851G>A可能是功能性SNP位点,确定为优质鸡育种功能性分子标记。研究为深入探讨OBR基因对脂肪代谢分子机制的影响提供试验依据。     

鸡胰岛素样生长因子2基因(IGF2)外显子区功能性SNP预测与分析

旨在采用生物信息学方法筛选鸡IGF2基因中具有潜在生物学功能的非同义单核苷酸多态性（non-synonymous single nucleotide polymorphisms，nsSNPs）位点，为开展标记辅助选择改良鸡重要经济性状提供理论参考。本研究从dbSNP数据库中检索出鸡IGF2基因的12个nsSNPs位点，利用生物信息学软件SIFT、Polyphen-2、PhD-SNP和SNAP预测其中可能的功能性SNP；使用I-Mutant3.0和Mupro方法对突变位点的氨基酸稳定性进行分析；对鸡IGF2基因编码的氨基酸序列进行多序列比对和进化位点保守性预测，并结合MutPred2预测突变可能造成的功能后果；最后使用Sopma预测IGF2野生型和突变型的蛋白质二级结构，运用I-TASSER构建它们的蛋白质三级结构。结果发现，rs740391349（E29G）、rs735633122（T30P）、rs739078786（L31P）、rs736255842（E35G）及rs736800980（V37G）这5个nsSNPs可能影响鸡IGF2的蛋白功能，且所有位点突变都会使IGF2蛋白稳定性降低。多序列比对及保守性分析显示，rs740391349（E29G）、rs735633122（T30P）和rs736255842（E35G）为高度保守并暴露的功能性残基，MutPred2与二级结构分析结果表明，rs735633122（T30P）和rs736255842（E35G）这两个位点上的突变都导致了α螺旋百分比下降。三级结构分析表明，rs735633122（T30P）和rs736255842（E35G）这2个nsSNPs均会导致IGF2的蛋白空间结构发生变化。综上所述，T30P和E35G位点突变严重影响鸡IGF2蛋白质的结构，可能是影响鸡生长和体组成性状的重要功能性SNPs。