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利用转录组测序技术(RNA-sequencing, RNA-seq)进行转录组分析是了解病原体入侵宿主分子变化的重要工具,在同时分析病原体与宿主转录组时,RNA-seq技术需要分别构建病原体及宿主的cDNA文库,再将其各自映射到病原体及宿主参考基因组中,而互作转录组测序技术(Dual RNA-seq)无需分离两物种,只需构建一个转录组文库,便能同时对两个(或多个)研究对象进行测序和分析,可以直观地揭示病原体和宿主相互作用过程中转录组学动态变化,因此Dual RNA-seq技术被广泛应用到人类疾病和生物感染模型的相互作用研究中。为了解Dual RNA-seq技术及其在宿主-病原体相互作用研究中的前景,就Dual RNA-seq技术概述以及近年来该技术在原核生物、真核生物以及病毒研究中的应用现状及发展前景进行综述。Dual RNA-seq技术可为病原体与宿主相互作用的研究提供新视角,有助于更好地识别和理解感染过程中病原体和宿主的转录组学变化,从而揭示潜在的新靶点或生物标记物。 相似文献
5.
猪瘟伪狂犬病重组病毒SA215(A)疫苗株的构建(初报) 总被引:2,自引:0,他引:2
采用磷酸钙转染系统 ,将伪狂犬病三基因缺失疫苗SA2 15株DNA与PP6 3LacZE2DNA共转染Vero细胞 ,获得SA2 15 (A) 1、SA2 15 (A) 2和SA2 15 (A) 3等 12个重组病毒株。以光生物素标记的HCVE2基因为探针进行初步鉴定后 ,挑选SA2 15 (A) 1株作BamHⅠ酶切和southern转印杂交鉴定 ,结果表明构建是成功的 ,将其命名为SA2 15(A)。直接荧光抗体检测、SDS -PAGE电泳和western免疫印迹检测结果表明HCVE2基因在重组病毒内获得表达 ,产生大小约 5 1kd的蛋白。对SA2 15 (A)株进行部分生物学特性研究 ,培养特性观察试验表明该毒株可适应Vero、BHK2 1和鸡胚成纤维细胞等多种细胞 ,但对不同细胞系表现有一定的差异。 相似文献
6.
基于全基因组数据,确定生防菌株PF-1的分类地位,验证其对植物病原菌的拮抗作用以及挖掘其潜在的生防功能。通过全基因组中16S rRNA基因序列的系统发育分析及基因组分析方法确定生防菌株PF-1的分类地位,通过平板对峙方法研究其对马铃薯枯萎病菌和棉花黄萎病菌的拮抗能力;利用antiSMASH软件分析和预测菌株PF-1的抗生素相关基因并挖掘其生防潜力。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析及基因组分析结果,PF-1被鉴定为防御假单胞菌(Pseudomonas protegens),同时发现PF-1基因组中存在15种次生代谢产物基因簇,具有良好的抑制病原菌生长和提高植物抗病性的能力,在农业中具有良好的应用前景。 相似文献
7.
干旱胁迫对4个杂交鹅掌楸无性系叶绿素荧光特性的影响 总被引:2,自引:0,他引:2
以抗旱性强的杂交鹅掌楸无性系NE25和NE78、抗旱性差的无性系NE04和NE23的1 a生扦插苗为试材,研究了干旱胁迫条件下各无性系叶绿素荧光参数的变化。结果表明:各无性系随着胁迫程度的加剧,实际光量子产量(Yield)、PSⅡ最大光化学效率(Fv/Fm)和光化学猝灭系数(qP)逐渐下降,而初始荧光(Fo)和非光化学猝灭系数(qN)明显增加。但各参数变化幅度因无性系不同而异,抗性强的无性系叶绿素荧光参数变幅小,光合机构受破坏较轻,干旱胁迫对各无性系叶绿素荧光参数的影响与其抗旱性密切相关。 相似文献
8.
为建立一种利用逆转录环介导等温核酸扩增(RT-LAMP)快速检测A型塞内卡病毒(SVA)的方法,从SVA细胞培养液中提取总RNA,根据SVA VP1基因序列,设计一套对应目的片段6个区域的4条特异性引物进行核酸扩增,建立RT-LAMP检测方法。利用建立的RT-LAMP检测方法对口蹄疫病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病病毒与塞内卡病毒进行特异性试验。将SVA VP1质粒10倍梯度稀释液作为模板(1×10~0~1×10~7拷贝)进行RT-LAMP和RT-PCR反应,测试RT-LAMP检测方法的灵敏性。采集疑似发病猪的鼻腔拭子和水疱液共126份样品,应用RT-LAMP和RT-PCR检测,加入SYBR GreenⅠ进行可视化鉴定。结果表明,与传统RT-PCR相比,RT-LAMP检测方法灵敏度高1 000倍,且与其他病毒无交叉反应,具有高度敏感性和特异性。临床样品检测结果显示,鼻腔拭子样本SVA阳性率为29.6%,水疱液样本SVA阳性率为100.0%,2种方法检测结果一致,符合率为100%。综上所述,本研究建立的RT-LAMP检测方法准确、简便、经济有效,尤其适用于现场和基层实验室对SVA的快速诊断。 相似文献
9.
采用资料法结合调查数据,对江西省爬行动物物种多样性进行统计,共计4目15科51属90种。游蛇科种类最多,地理分布型中南中国型比例最高。对各保护区的统计结果显示官山爬行动物种类最多,丰富度指数最高,其次为赣江源和九岭山。对保护区面积、最高峰海拔以及温度和降水2个气候因子与物种数和丰富度指数的相关性检验结果显示多数组间无明显关系,但物种数随最高峰海拔增大而增大,呈显著正相关,丰富度指数与降水呈显著正相关。采用聚类分析方法对江西两爬动物进行了分区,结合地形和行政区划特点,将江西省重新划分为3个地理区:中部平原山地区、西北山地区和东南山地区。 相似文献
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