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为全面了解白桦类甜蛋白(thaumatin-like protein, TLP)基因家族成员的结构、功能和表达特性,本研究采用同源序列比对法,从白桦基因组数据库中筛选并鉴定到41个类甜蛋白基因家族成员,分别命名为BpTLP1~BpTLP41,对其进行生物信息学分析,并通过半定量对白桦TLP家族成员的组织表达特异性进行了分析。结果表明,41个白桦类甜蛋白家族成员分别定位在11条染色体上,其中8号染色体分布最多,包括14个家族成员。该家族成员的氨基酸数量在336~975 aa之间,分子量在28 054.11~81 966.03 kD之间,理论等电点在5.01~5.21之间,偏酸性。基因半定量结果表明,41个白桦TLP家族成员在根、茎、叶中均有不同程度的表达,其中,BpTLP35、BpTLP39在叶片中表达量较高,Bp TLP14、BpTLP35、BpTLP36在茎中表达量较高,BpTLP41、BpTLP3在根中表达量较高。 相似文献
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TGA转录因子是bZIP转录因子(basic region-leucine zippers)家族成员,是植物中最早鉴定得到的一类转录因子,可以结合基因启动子的TGACG序列,调节靶基因的转录水平,在植物防御反应及花器官发育中发挥重要作用。本研究从白桦的基因组数据库中筛选出6条TGA基因,分别命名为BpTGA1~BpTGA6。生物信息分析结果表明:白桦TGA家族蛋白主要富含酸性氨基酸,亚细胞定位在细胞核,无信号肽结构,二级结构以α-螺旋为主,均属于亲水性蛋白,无跨膜结构。白桦TGA家族基因启动子区存在10~40个不等的增强启动元件(CAAT-box)和核心启动子元件(TATA-box),还具有非生物胁迫和逆境胁迫响应相关元件。系统进化分析结果表明:白桦TGA家族基因与拟南芥TGA家族基因亲缘关系较近。RT-qPCR结果表明,白桦TGA家族基因在根、茎、叶中的表达各有不同,BpTGA3在根中的表达量较高;BpTGA1、BpTGA2、BpTGA4和BpTGA6在茎中的表达量较高;BpTGA5在叶片中表达量较高。该家族成员中BpTGA2、BpTGA4、BpTGA5响应链格孢霉菌和立枯丝核菌侵染... 相似文献
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