基于网络药理学及分子对接技术研究黄芪调控仔猪肠道菌群失调性腹泻的作用

【目的】基于网络药理学及分子对接技术研究黄芪调控仔猪肠道菌群失调性腹泻的有效活性成分及其作用机制。【方法】从TCMSP数据库搜集黄芪中药化合物成分,并获取其潜在靶点。利用GeneCards和OMIM数据库搜集肠道菌群失调性腹泻(flora imbalance diarrhea)的作用靶点,将两者预测的潜在作用靶点进行映射,获得共同作用靶点。运用STRING数据库构建靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)关系,用Cytoscape_3.8.0软件对其网络进行拓扑分析,用DAVID数据库对共同作用靶点进行富集分析,用AutoDuck_4.2.6软件对其核心成分与核心靶点进行分子对接。【结果】黄芪含有11个调控仔猪肠道菌群失调性腹泻核心成分,其对应靶点基因65个,疾病靶点854个,交集靶点25个。PPI网络中显示肿瘤坏死因子(TNF)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸蛋白酶-3(CASP3)、白细胞介素-6(IL6)、NF-κB抑制剂α(NFKBIA)、IL1B、IL10、细胞肿瘤抗原p53(TP53)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)、C-C基序趋化因子2(CCL2)为关键靶点。GO功能和KEGG通路富集分析发现,黄芪有效成分主要通过美国锥虫病、炎症性肠病、阿米巴病、细胞因子-细胞因子受体相互作用、A型流感、疟疾、T细胞受体信号通路、沙门菌感染等信号通路参与转录调控、免疫反应、细胞对脂多糖的反应等生物过程。分子对接结果显示,槲皮素、山奈酚、芒柄花素等核心成分与TNF、IL1B等关键靶点结合紧密,亲和力较好。【结论】黄芪可能通过槲皮素、山奈酚、芒柄花素等主要活性成分作用于TNF、IL1B等靶点,通过参与美国锥虫病、炎症性肠病、疟疾、T细胞受体信号通路、沙门菌感染等信号通路进而治疗仔猪肠道菌群失调性腹泻。     

不同玉米秸秆NDF消化率的瘘管牛瘤胃微生物差异性研究

试验旨在对饲喂不同NDF消化率的玉米秸秆的牛瘤胃微生物进行差异分析.试验选取装有永久性瘘管的草原红牛6头,利用尼龙袋法进行瘤胃有效降解率的评价.试验牛随机分为2组,分别饲喂发酵玉米秸秆(添加复合菌剂)和青贮玉米秸秆(不添加复合菌剂),在饲喂第0、7、21 d采集瘤胃液,命名为青贮组(CSS0、CSS7、CSS21)和发...     

基于生物网络功能模块整合组方规律分析四黄止痢颗粒治疗仔猪腹泻的作用机制

从功能模块水平研究中药复方四黄止痢颗粒治疗仔猪腹泻的分子作用机制，并阐释其配伍规律。使用TCMSP、TCMID、HERB数据库筛选方中黄连、黄柏、大黄、黄芩、板蓝根、甘草6味中药的有效成分，收集相关药物靶点；使用GeneCards、NCBI、OMIM数据库获取仔猪腹泻的疾病靶点；比较分析药物靶点和疾病靶点的交集并用韦恩图表示，将其上传至STRING数据库进行蛋白相互作用分析；采用Cytoscape软件绘制靶点蛋白相互作用网络图(protein-protein interaction network, PPI);应用MCODE插件对PPI网络进行功能模块识别；运用David数据库对功能模块进行KEGG通路富集分析。结果表明：1)网络分析筛选活性成分180个，主要包括生物碱、黄酮、蒽醌、苷类成分；药物靶点蛋白88个，猪腹泻相关靶点470个，二者的交集靶点35个。2)蛋白互作网络分析表明，由17个靶点蛋白组成的模块1是中药复方四黄止痢颗粒的功能模块。3)KEGG富集分析表明，模块1主要涉及的通路包括TNF、IL-17以及NF-κB等17个信号通路。4)归经分析表明，四黄止痢颗粒主要作用于脾、...     

基于网络药理学和分子对接探究山楂调节氧化应激的作用机制

【目的】运用网络药理学和分子对接方法研究山楂调节氧化应激的活性成分及潜在作用机制。【方法】通过TCMSP数据库检索山楂的化学成分及其作用靶点;在Uniprot数据库中对所得靶点进行标准基因名转化。利用GeneCards和OMIM数据库筛选氧化应激相关靶点。通过Venny 2.1.0软件获得山楂和氧化应激的交集靶点;借助STRING数据库和Cytoscape 3.8.0软件构建山楂-主要活性成分-靶点网络和蛋白-蛋白互作网络,筛选核心靶点,随后利用AutoDockTools 1.5.7和AutoDock Vina 1.1.2软件进行分子对接。应用DAVID数据库进行GO功能富集和KEGG通路注释分析,结果由Pymol软件进行可视化作图。【结果】筛选获得槲皮素、山奈酚、异鼠李素、豆甾醇、谷甾醇、表儿茶素等山楂的主要活性成分。基于主要活性成分和氧化应激分别筛选获得185和9 647个靶点,其中山楂与氧化应激交集靶点共171个,如丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶AKT(serine/threonine-protein kinase AKT,AKT1)、细胞肿瘤抗原p53(cellular tumor a...     

复合菌剂对干谷草发酵品质及营养价值的影响

本试验以干谷草为原料,研究枯草芽孢杆菌F-1、2N-14和魏斯氏菌X-2复合菌剂对其发酵品质及营养价值的影响。试验设对照组和复合菌剂组2个处理,每个处理60个重复,每个重复50 kg。发酵60 d后取样,测定含水量、pH、有机酸等物质含量,并采用瘤胃体内、体外法测定养分利用率及产气量。结果表明：添加复合菌剂的乳酸、乙酸含量分别为5.42%、1.80%,较对照组分别提高431.37%（P < 0.05）、63.64%（P > 0.05）|pH为3.98,较对照组降低了23.46%（P < 0.05）|含水量为49.87%,较对照组降低了0.85%（P > 0.05）|干物质（DM）、粗蛋白质（CP）含量分别为60.34%、13.04%,较对照组分别提高了0.13%（P > 0.05）、61.19%（P < 0.05）| 中性洗涤纤维（NDF）、酸性洗涤纤维（ADF）、酸性洗涤木质素（ADL）含量分别为65.95%、7.47%、43.59%,较对照组分别降低了9.06%、12.28%、14.92%（P < 0.05）。瘤胃体内试验表明,添加复合菌剂后谷草DM、CP、NDF、ADF有效降解率较对照组分别提高了11.55%、9.29%、26.85%、17.74%（P < 0.05）。体外试验表明,试验组总产气量较对照组提高了4.28%（P < 0.05）,产甲烷量较对照组降低了5.92%（P < 0.05）。综合考虑,添加枯草芽孢杆菌F-1、2N-14和魏斯氏菌X-2复合菌剂,能够有效改善干谷草发酵品质,显著提高其营养价值。 [关键词] 干谷草|发酵|发酵品质|营养价值|体内法|体外法