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采用实时荧光定量PCR技术对准备配种期和配种期的银黑狐、蓝狐及其杂交后代减数分裂表达基因1(Meiosis expressed gene 1,MEIG1)表达水平进行了比较分析。结果表明:在准备配种期和配种期MEIG1基因在银黑狐、蓝狐、银霜狐(银黑狐♀×蓝狐♂)和蓝霜狐(银黑狐♂×蓝狐♀)睾丸中均有表达。准备配种期和配种期,MEIG1基因在可育的银黑狐、蓝狐睾丸中表达量显著高于不育的银霜狐、蓝霜狐(P0. 01);在可育的银黑狐、蓝狐中,配种期MEIG1基因表达量较准备配种期极显著升高(P0. 01),但是在不育的银霜狐、蓝霜狐中表达量差异不显著(P0. 05)。 相似文献
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基于GBS技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代基因组SNP特征的分析 总被引:1,自引:0,他引:1
旨在利用基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)基因组的SNP特征进行分析。本试验采用GBS技术对梅花鹿(63个)、马鹿(12个)及其杂交后代(F1代112个,F2代38个,未知类型个体1个)共226个个体的血液基因组DNA进行测序,并利用本实验室前期110只梅花鹿、197只马鹿和1只F1代杂交鹿的测序数据,以梅花鹿全基因组为参考序列进行比对分析。结果,226个个体共产生Clean data 322.683 Gb,平均每个样品1 427.802 Mb;将所有样本作为一个群体检测SNP变异,共检测出SNP位点23 943 582个,质控过滤后得到SNP位点31 630个。对31 630个SNPs使用最大似然(maximum likelihood,ML)法构建的分子进化树显示,梅花鹿、马鹿、F1及F2代区分明显。对梅花鹿和马鹿的SNPs进行比对分析,筛选出可用于鉴别马鹿、梅花鹿、F1、F2的物种特异SNP位点1 032个(马鹿特异SNP位点474个,梅花鹿特异SNP位点558个),计算结果显示,F1代个体包含马鹿特异SNPs的比例主要在40%~60%之间,F2代个体含马鹿特异SNPs的比例主要在10%~30%之间,马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs,梅花鹿中55.49%的个体不含马鹿特异SNPs,17.34%的个体含马鹿特异SNPs的比例低于1%,13.29%的个体含马鹿特异SNPs的比例在1%~10%之间,其余个体含马鹿特异SNPs的比例为10%~20%(其中有一个个体含马鹿特异SNPs的比例为33.3%)。该研究为花马杂交鹿后代的鉴定提供了可靠标记,并定量估计了F1和F2代个体含马鹿特异SNPs的比例,马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs,这对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1、F2)的鉴别具有重要意义。 相似文献
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从Gen Bank数据库中获得20种鹿科动物的线粒体DNA序列全长,分析了序列碱基含量和遗传距离关系,并构建系统进化树,探讨了鹿科动物的系统进化关系。序列分析表明:鹿科动物线粒体DNA全长为16 305~16 482 bp,A+T含量约占62.58%,各物种间遗传距离为0.014~0.164。系统进化分析表明:驼鹿在鹿科动物中可能是最古老的;麋鹿与鹿属亲缘关系较近,支持将麋鹿划到鹿属的观点;泽鹿与花鹿属的斑鹿和豚鹿先聚到一起,支持将泽鹿划到花鹿属中;麂亚科中小麂可能是最原始的,赤麂和黑麂亲缘关系较近;獐与狍亲缘关系更近,建议将獐与狍划归到一个亚科。 相似文献
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试验旨在研究梅花鹿SRY基因的遗传多样性及其父系类型。选取东北亚种、北海道亚种、本州亚种、指名亚种、屋久岛亚种5个亚种的144个个体,利用试剂盒和传统酚/仿(1∶1)法进行DNA的提取,采用PCR扩增和直接测序法分析梅花鹿的核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)、遗传距离及系统进化关系。结果显示,试验所获序列长度为1 613bp,在第47、62、602、1 148、1 569、1 604bp处共检测到6个SNPs多态位点,占核苷酸总数的0.3%,碱基替换以碱基转换为主。通过6个SNPs多态位点确立了6种单倍型:Hap-1、Hap-2、Hap-3、Hap-4、Hap-5和Hap-6,其中Hap-4、Hap-5和Hap-6为新发现单倍型。遗传多样性由高至低依次为:指名亚种、屋久岛亚种、东北亚种、本州亚种、北海道亚种。各亚种间遗传距离最小为北海道亚种与本州亚种的距离(0.000056),最大为东北亚种与指名亚种的距离(0.001733)。基于单倍型利用邻接法构建系统进化树,结果显示,与日本梅花鹿相比,东北亚种与马鹿关系更近,东北亚种存在两大分支,日本梅花鹿各亚种间无明显分支,其他单倍型均是由Hap-3进化而来,单倍型最小跨度网络图与系统进化树一致。结果表明,东北梅花鹿存在两大父系类型,日本梅花鹿存在一个父系类型,单倍型Hap-3是日本梅花鹿的原始单倍型。 相似文献
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试验旨在研究梅花鹿SRY基因的遗传多样性及其父系类型。选取东北亚种、北海道亚种、本州亚种、指名亚种、屋久岛亚种5个亚种的144个个体,利用试剂盒和传统酚/仿(1∶1)法进行DNA的提取,采用PCR扩增和直接测序法分析梅花鹿的核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)、遗传距离及系统进化关系。结果显示,试验所获序列长度为1 613bp,在第47、62、602、1 148、1 569、1 604bp处共检测到6个SNPs多态位点,占核苷酸总数的0.3%,碱基替换以碱基转换为主。通过6个SNPs多态位点确立了6种单倍型:Hap-1、Hap-2、Hap-3、Hap-4、Hap-5和Hap-6,其中Hap-4、Hap-5和Hap-6为新发现单倍型。遗传多样性由高至低依次为:指名亚种、屋久岛亚种、东北亚种、本州亚种、北海道亚种。各亚种间遗传距离最小为北海道亚种与本州亚种的距离(0.000056),最大为东北亚种与指名亚种的距离(0.001733)。基于单倍型利用邻接法构建系统进化树,结果显示,与日本梅花鹿相比,东北亚种与马鹿关系更近,东北亚种存在两大分支,日本梅花鹿各亚种间无明显分支,其他单倍型均是由Hap-3进化而来,单倍型最小跨度网络图与系统进化树一致。结果表明,东北梅花鹿存在两大父系类型,日本梅花鹿存在一个父系类型,单倍型Hap-3是日本梅花鹿的原始单倍型。 相似文献
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线粒体和Y染色体作为重要的分子遗传标记,越来越多地被应用于哺乳动物起源进化的研究。基于线粒体DNA的研究,多数研究通过Cytb、D-Loop区、12SrRNA、16SrRNA等单基因分析,少数通过多基因联合分析和全序列分析展开,对哺乳动物母系起源进化进行探讨。基于Y染色体的研究主要通过SRY、AMELY、USP9Y、DBY等单基因分析和多基因联合分析。综述了近年来基于线粒体DNA和Y染色体几个主要基因的鹿科及其他哺乳动物的起源进化研究现状,为动物起源进化研究提供理论依据。 相似文献
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利用Y染色体基因分析梅花鹿种公鹿的遗传多样性和父系起源 总被引:1,自引:0,他引:1
旨在利用Y染色体基因研究梅花鹿种公鹿的遗传多样性和父系起源,为梅花鹿的保种育种工作提供数据支持。对171只双阳、敖东、四平、东丰、兴凯湖、长白山和东大梅花鹿种公鹿Y染色体上的AMELY、DBY、USP9Y、SRY基因的5个片段进行PCR扩增,对PCR产物进行直接测序和生物信息学分析。结果表明,5个基因片段共筛选到8个突变位点,AMELY1、AMELY2、DBY、USP9Y、SRY基因片段分别有3、2、1、1、1个突变位点。利用DNASP5.1软件共定义了10种单倍型,分别为H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10,其中H1是优势单倍型,占梅花鹿种公鹿群体的49.1%,H5和H10为东丰梅花鹿种公鹿独有,H9是最原始的单倍型。171只梅花鹿种公鹿的单倍型多样性为0.696 80,核苷酸多样性为0.000 36。NJ系统进化树和structure群体结构分析结果表明,梅花鹿种公鹿有3个父系类型,分别为Y1、Y2和Y3,除双阳梅花鹿种公鹿和四平梅花鹿种公鹿均来自Y3,其余梅花鹿种公鹿群体均为多父系类型。表明我国梅花鹿种公鹿Y染色体具有较高的单倍型多样性和极低的核苷酸多样性。 相似文献
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