甜菜组蛋白乙酰转移酶(HAT)超家族成员的鉴定与表达模式分析

组蛋白乙酰转移酶(Histone acetyltransferase,HAT)催化的组蛋白乙酰化修饰能够通过改变染色质结构调控植物的生长发育和胁迫应答.但是,关于甜菜HAT家族成员的信息及其参与非生物胁迫应答的情况尚未有明确报道.本研究利用生物信息学方法对甜菜HAT基因家族进行系统进化、基因结构、功能结构域、非生物胁迫...     

甜菜组蛋白去乙酰化酶(HDACs)基因家族鉴定及功能预测

为了鉴定甜菜基因组中春化作用相关的组蛋白去乙酰化酶(HDACs)。本研究利用HMMsearch和Blastp鉴定BvHDACs基因家族成员,并采用iqtree程序构建最大似然进化树。利用TBtools分析BvHDACs染色体定位、基因结构。通过转录组测序分析春化过程中BvHDACs表达模式。结果表明,甜菜共有16个的BvHDACs基因分别位于5条染色体。它们可分为RPD3/HDA1、SIR2、HD2三个亚家族,亚家族内各成员功能结构域高度相似。转录组测序表明多个RPD3/HDA1、SIR2和HD2成员在春化过程中发生显著变化。尤其是,BvHDT1和BvHDT2变化趋势与抽薹表型变化具有相关性。蛋白互作预测表明BvHDT1、BvHDT2具有与BvFLD、BvJMJ11、BvJMJ12等抽薹开花相关蛋白相互作用的潜力。综上,推测BvHDT1和BvHDT2可能参与甜菜春化作用。