基于高深度基因组重测序的‘铁观音’茶树无性繁殖后代遗传变异研究

对茶树[Camelliasinensis(L.)O.Kuntze]‘铁观音’母树及其连续3代无性繁殖后代和3个经多代无性繁殖的生产茶园叶片进行超过50×的高深度基因组重测序。通过SNP和InDel检测与注释，发现大部分变异位于基因间区，只有1.09%～1.13%的SNP和0.51%～0.61%的InDel位于基因编码区。在全基因组和编码区范围内，连续3代无性繁殖后代的样本之间总变异位点数均差别不大，各样本中涉及突变的基因数基本一致，推测‘铁观音’品种的种性在无性繁殖过程中总体保持稳定。与母树间差异基因的KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集结果表明，生产茶园样本在嘌呤类和糖类代谢通路中显著富集，并在咖啡碱代谢通路中呈极显著富集，推测‘铁观音’品种在长时间无性繁殖过程中，部分与品质相关的代谢通路基因发生变化。与前3代样本相比，FAR1、WAT1和MYB等3个与生长发育相关，PP2A、BTB/POZ、BAT2、RPP13和Lr10等5个与逆境响应相关的基因序列在生产茶园样本中发生了变异。     

三代测序PacBio在转录组研究中的应用

本文介绍了PacBio测序在转录组学研究中的一些应用及PacBio测序数据分析常用的方法流程,根据PacBio测序的发展综述了PacBio测序经常遇到的一些问题及相应解决方案,并就PacBio测序技术所面临的挑战和未来的发展进行讨论.     

茶树基因组与测序技术的研究进展

茶树具有高度杂合、基因组庞大及高度重复等特点,这导致茶树基因组的前期研究进展缓慢。基因组测序技术的迅速发展有力推动茶树基因组的解析与完善。综述了基因组测序技术的发展,将近年来茶树基因组的组装与研究进展按照草图水平、染色体水平和单体型水平进行分类,探讨茶树基因组未来的应用与发展方向,为茶树功能基因组学研究和精确分子育种提供参考。