PTD-FNK蛋白影响猪睾丸支持细胞抗热应激能力的转录组学分析

旨在通过转录组测序和生物信息学分析评价PTD-FNK蛋白对猪睾丸支持细胞抵抗热应激能力的作用机制。将原代培养的睾丸支持细胞分为对照组、热应激(HS)组和热应激+PTD-FNK蛋白(HS+PR)组,HS+PR组添加0.1 nmol/L的PTD-FNK蛋白溶液作用1 h,对照组和HS组分别用等体积的PBS作用1 h,而后HS组和HS+PR组43℃热处理1 h,对照组37℃处理1 h。分别提取3组细胞总RNA,通过转录组测序进行分析,共获得76.75 Gb的有效数据(clean reads),各样品有效数据均达到7.11 Gb以上,测序质量较好。对照组与HS组相比共有270个差异表达基因(DEGs),其中上调基因193个,下调基因77个;HS组与HS+PR组相比共有3 649个DEGs,其中上调基因1 430个,下调基因2 219个。基因本体(GO)注释结果显示,对照组与HS组相比以及HS组与HS+PR组相比,DEGs主要富集在细胞过程、细胞成分、结合、生物调节、代谢过程上,京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路主要富集在磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、丝裂原...     

细胞保护蛋白PTD-FNK生物信息学分析

PTD-FNK蛋白是人工形成的重组蛋白质,已被证明在细胞凋亡、精子冷冻保存过程中对细胞有一定的保护作用,虽然在实践中应用普遍,但国内未见其机理分析和通过蛋白结合参与调控的报道。结合Protparam、ProtScale等相关在线软件预测和分析PTD-FNK蛋白的理化性质、亲水性、二、三级结构等;分离培养猪睾丸支持细胞,采用HIS pulldown技术拉下PTD-FNK未知的互作蛋白,得到的数据用UniProt数据库对比。生物信息学结果表明,PTD-FNK蛋白编码295个氨基酸,蛋白质分子量33.195 ku,分子式为C_{1 456}H_{2 225}N₄₃₇O₄₃₉S₁₀;该蛋白含有PKC、PKA特异性磷酸化的结合位点。得到的互作蛋白有葡萄糖调节蛋白78、波形蛋白-1、组蛋白等。预测PTD-FNK蛋白可能通过PKA、PKC特异性磷酸化结合位点或者与蛋白互作的方式参与细胞凋亡、精子发生等过程。