糜子PmNAC1的克隆及生物信息学分析

糜子为禾本科草本植物，抗旱、耐盐碱、耐瘠、生育期短。为了给糜子抗逆分子育种提供候选基因，试验在前期转录组测序注释基因的基础上，利用糜子基因组染色体16上注释的NAC蛋白结构域比对得到PmNAC1基因的gDNA序列，通过PCR扩增、基因克隆获得糜子的核苷酸序列，使用在线软件ORF Finder Blast对糜子NAC编码蛋白的理化特性及结构等进行生物信息学分析。结果表明，PmNAC1基因全长1 634 bp，编码423个氨基酸，无信号肽和跨膜结构；二级结构中氨基酸主要由8个α-螺旋和14个β-折叠组成，为亲水性蛋白，保守位点在第73～211位氨基酸，共有59个磷酸化位点；超出水平线0.5的是糖基化位点；构建了糜子转录因子NAC氨基酸序列系统发育进化树，PmNAC1蛋白与柳枝稷CUC2的亲缘关系最近，二者的遗传变异系数为0.06。