杜梨叶绿体基因组分析

利用高通量测序平台对杜梨(Pyrus betulaefolia)进行测序,并对其叶绿体全基因组序列的结构特征进行分析。结果表明,杜梨叶绿体基因组与大多数高等植物一样,具有典型的环状双链四分体结构。其叶绿体基因组大小为160 058 bp,共检测到61个SSR位点(58个单核苷酸重复和3个二核苷酸重复)和56个RNA编辑位点,这些RNA编辑位点均引起了氨基酸的变化。与砂梨(Pyruspyrifolia)、川梨(Pyrus pashia)和桃叶梨(Pyrus spinosa)的叶绿体基因组比较,其基因种类和数量都比较保守,表明了梨属植物进化的缓慢性。在4个梨属植物中共检测到351个SNP和217个InDel。     

中华金叶榆盆栽苗对干旱胁迫的生理响应与转录组分析

为研究中华金叶榆（Ulmus pumila ‘Zhonghua Jinye’）幼苗在干旱胁迫下的生理响应及分子机制。试验采用盆栽中华金叶榆苗人工模拟控水法进行干旱胁迫处理（对照组、中度和重度干旱胁迫组的土壤含水量分别保持在田间含水量的80%、40%、20%）,分别在胁迫0、10、20、30 d测定中华金叶榆的相对电导率、丙二醛含量、可溶性糖含量、可溶性蛋白含量以及光合指标,并在胁迫30 d时进行转录组测序分析。结果表明：随着干旱胁迫时间的延长,叶片的相对电导率、丙二醛含量、可溶性糖含量逐渐上升,净光合速率、蒸腾速率和气孔导度逐渐下降,可溶性蛋白含量先上升后下降,胞间CO₂浓度先下降后上升。GO功能注释发现,差异表达基因（DEGs）主要富集在分子功能中;KEGG富集分析显示,光合作用是中度胁迫特有的能量代谢通路,核糖体通路在重度胁迫下显著富集。中度、重度胁迫分别有661个、1 945个DEGs,有179个共有DEGs。qRT-PCR验证表明,8个DEGs在不同程度胁迫中的表达情况与转录组分析的结果基本一致,证明转录组数据的可靠性。干旱胁迫下渗透调节物质的积累起到积极...     

国槐不同器官转录组分析及EST−SSR引物开发应用

以国槐品种“青云1号”的根、茎、叶3种不同器官为材料,利用高通量测序技术分别对其进行转录组测序,筛选其根、茎、叶差异表达基因,进行生物信息学分析及EST−SSR分析。通过转录组两两对比筛选得到的根 vs. 茎、根 vs. 叶及茎 vs. 叶差异基因数分别为51937、52711和7193条,进一步对其进行GO及KEGG富集分析。结果表明：差异基因显著富集于代谢过程、催化活性、糖酵解和糖质新生等功能。EST−SSR分析表明,国槐根、茎、叶的SSR序列长度均在10～80 bp间变化,主要以10～22 bp的短序列为主,且主要以单核苷酸重复为主,从30对有效性引物中筛选出9对多态性较高的引物,并构建了11个不同国槐无性系的指纹图谱。