猪抗酶基因1(AZ1)5’调控区单核甘酸多态性与屠宰性状的相关性分析

通过PCR-RFLP方法检测了长白与蓝塘猪F2代群体抗酶基因1(AZ1)5’调控区-792～-433单核苷酸多态性,共获得3个SNP:-731C＞T,-584A＞C和-476G＞A.-713位点处T为优势等位基因,频率为0.777,优势基因型TT频率为0.598;-584位点处A为优势等位基因,频率为0.769,优势基...     

RNAi技术在动物功能基因组研究中的应用

RNAi技术由于其高效性和特异性,已经成为基因功能研究的一种新方法,并展现出广阔的应用前景。简要阐述了RNAi的作用机制,同时综述了RNAi技术在动物功能基因组研究中的应用。     

猪CTSD全长cDNA的克隆和表达分析

以人CTSD mRNA全长序列为基序,在db EST库中搜索同源性大于80%、重叠大于40个碱基的猪EST下载经Seqman软件装配后,利用RT-PCR扩增到猪CTSD基因部分cDNA序列,进一步通过RACE技术获得cDNA全长（GenBank登录号为DQ018727）,猪CTSD基因cDNA全长2032 bp包括93 bp 5′UTR区、706 bp 3′UTR区和1 233bp ORF,编码410个氨基酸残基。其编码区与人、鼠、牛、羊CTSD编码区同源性分别为87.9%、78.2%、86.6%和85.0%,其氨基酸序列与人、鼠、牛、羊氨基酸序列同源性分别为86.6%、80.1%、86.0%和84.7%。疏水性分析和信号肽预测发现猪CTSD氨基酸序列存在至少7个疏水性区域,信号肽位点为第1-20个氨基酸残基。在NCBI进行Blast P搜索结果显示猪CTSD氨基酸结构中含有Asn（Asparagine,天门冬酰胺）结构域,与天冬氨酸蛋白酶3D结构同源性高达99.7%,具有真核生物天冬氨酸蛋白酶的典型结构。以猪多组织RNA池为模板,以1026 bp部分cDNA序列作为杂交探针进行Northern杂交,得到一条2000 bp左右特异条带,从而验证了RACE产物为全长cDNA并揭示该基因只有一个转录本。为了研究猪CTSD基因在体内不同组织内表达的特点,采用半定量RT-PCR对CTSD基因在猪10个组织中的表达进行研究,结果表明在10个组织中均有表达,且表达量与-βactin内参接近。     

蓝塘猪和大白猪消减cDNA文库与差异基因分析

 【目的】寻找肉质性状候选优势表达基因,研究猪肉质优良性状的遗传基础和分子机制。【方法】利用抑制性消减杂交技术构建蓝塘猪和大白猪肌肉组织差异表达的消减cDNA文库,利用实时荧光定量PCR法研究基因的差异表达。【结果】获得61个有效克隆。对整个文库进行测序分析,获得47条有效序列。用BLAST在线软件与GenBank 和GenBank EST等数据库进行同源序列比较,发现其中有2条未知序列。对文库中所包含的MYL1、LDHA、KPNA3、TPM3、HUMMLC2B、GNTN和Oaz等基因进行了实时荧光定量PCR检测,结果显示MYL1、LDHA、KPNA3、TPM3和HUMMLC2B这5个基因在蓝塘猪肌肉组织的表达量显著高于大白猪（P＜0.05）;GNTN和Oaz基因在大白猪肌肉组织中的表达量显著高于蓝塘猪（P＜0.05）。【结论】很多EST与肉质有关的重要基因具有很高的同源性,这些基因在蓝塘猪和大白猪中表达差异显著（P＜0.05）。     

猪骨桥蛋白基因的组织差异表达

为了研究猪骨桥蛋白基因(Osteopontin,OPN)组织特异性的表达规律,采用实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR,qRT-PCR)分析方法,以β-actin基因为内参,对猪OPN基因在心、肝、脾、肺、肾、大脑、小脑、垂体、下丘脑和子宫内膜等10种组织中的mRNA表达水平进行了检测.结果表明,OPN基因在子宫内膜的表达量为最高,其次是在小脑,在心、肝、脾和肺也有不同程度的表达,而在肾、下丘脑和垂体的表达量很少,从而提示OPN基因在子宫内膜中可发挥重要作用.     

中国猪业面临的难点及发展前景（二）—关于猪的品种繁育与种猪饲养

回顾过往,展望未来。在过去的一年,中国的养猪产业历经了市场从极度低迷到大幅回升的起落,更承受了从猪链球菌病到所谓的猪“无名高热”的困扰。面对如此现状,猪产业的从业者们从各个角度进行了对策思考、实践总结,专家、学者等则对此进行了调研、分析研究与反思,获得了许多宝贵的经验及对未来猪产业发展的指导思想。本刊编辑部通过专访的形式将这些文稿汇集成册,归成若干主题陆续发表出来,以飨读者!本期刊发的为对李加琪教授及荆继忠副秘书长的以关于猪品种繁育及种猪饲养方面内容为主题的专访稿。     

猪速激肽3基因启动子活性及其表达调控的初步研究

为了确定猪速激肽3基因(tachykinin3,TAC3)核心启动子区域,探索作用于该区域的转录因子对TAC3的调控作用,以猪耳组织DNA为模板,PCR扩增TAC3基因5'端不同长度缺失片段,并构建至p GL3-basic载体,转染猪卵巢颗粒细胞,通过双荧光素酶活性分析确定核心启动子区域,染色质免疫共沉淀技术(Ch IP)验证转录因子与基因启动子区的作用,构建转录因子超表达载体和小干扰RNA(siRNA)转染至猪卵巢颗粒细胞,qRT-PCR检测TAC3基因mRNA表达变化。结果显示:成功构建了TAC3基因5'端不同长度缺失片段,通过双荧光素酶报告系统分析发现,-1 310/-544区域为TAC3基因的核心启动子区,-2 486/-1 633区域可能存在负向调控元件,-1 310/-544区域可能存在正向调控元件。Ch IP检测发现转录因子C/EBPβ和YY1分别结合在TAC3基因的-653/-639和-873/-856区域;超表达C/EBPβ和YY1后,TAC3基因启动子活性显著升高(P0.05)、mRNA表达水平显著上调(P0.01);干扰C/EBPβ后,TAC3基因mRNA表达水平显著下调(P0.01);干扰YY1后,TAC3基因启动子活性显著降低(P0.05)。结果表明:转录因子C/EBPβ、YY1结合在TAC3基因的核心启动子区域,促进TAC3基因的转录活性。     

杜洛克猪生长性状全基因组关联分析及候选基因鉴定

旨在对杜洛克猪生长性状进行全基因组关联分析及候选基因鉴定。本研究选用361头杜洛克种公猪作为试验群体,对达100 kg体重日龄、达100 kg平均日增重、达100 kg活体背膘厚和达100 kg眼肌面积性状进行测定,基因型信息使用50K单核苷酸多态性阵列进行分型,质控后得到31 618个SNPs。使用GCTA软件利用基因组信息对各生长性状进行遗传参数估计,使用R软件rMVP包FarmCPU模型进行全基因组关联分析,鉴定与生长性状相关的基因组区域和候选基因。结果表明,达100 kg体重日龄、达100 kg平均日增重、达100 kg活体背膘厚和达100 kg眼肌面积性状的遗传力分别为0.27、0.29、0.16和0.11,属于中等遗传力性状,达100 kg体重日龄和达100 kg平均日增重的遗传相关和表型相关值均为-0.99,为强负相关关系。全基因关联分析结果表明,在达100 kg体重日龄和达100 kg平均日增重性状上共检测到3个显著SNPs,均位于10号染色体上。使用最小显著差数检验法对显著SNPs的等位基因型进行多重比较,显著SNPs rs81237156、rs81424502和rs...     

壹号黑猪胴体性能及肉品质分析

试验旨在探索自主培育品种壹号黑猪的肉质特性。在日龄235.83 d、体重125.68 kg时屠宰6头阉割公猪,测定其胴体性能、脂肪酸和氨基酸组成情况。结果表明：壹号黑猪的瘦肉率和肌内脂肪分别为53.01%和3.86%;肌肉中必需脂肪酸（EFA）和多不饱和脂肪酸（PUFA）含量分别为7.83%和10.08%,多不饱和脂肪酸与饱和脂肪酸的比例（P:S）为0.25;采用味道强度值（TAV）评估背最长肌肌肉主要的非挥发性呈味物质及贡献,氨基酸中以Glu的TAV值最高为121.67,是壹号黑猪肌肉鲜味的主要贡献者,其中甜、鲜、酸和苦味氨基酸TAV值分别为228.23、177.98、189.29、200.42,肌肉中以甜味氨基酸TAV值最高。参考FAO/WHO模式进行评价,壹号黑猪背最长肌氨基酸比值系数分（SRC）76.55,是优质的动物蛋白质来源。     

大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的加权一步法全基因组关联分析

旨在使用加权一步法全基因组关联分析方法,充分利用群体的表型、系谱和基因型信息,探索与大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚相关的候选基因。本研究收集21 754头大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的表型记录数据,其中基因型数据个体共1 259头。通过方差分析和加权一步法全基因组关联分析,确定性状显著相关的数量性状基因座(quantitative trait locus, QTL)。并进行基因注释、GO(gene ontology)功能和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析。计算结果表明,大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的遗传力分别为0.450 6±0.017 3、0.496 8±0.017 4和0.475 8±0.017 2。利用加权一步法全基因组关联分析,定位到与眼肌面积显著相关的候选QTL区域10个,与估计瘦肉率显著相关的候选QTL区域8个,与背膘厚显著相关的候选QTL区域12个。后续基因注释、GO功能和KEGG通路富集分析显示,与眼肌面积相关的候选基因36个,共富集到7个条目;与估计瘦肉率相关的候选基因29个,共富集...