基于高通量测序技术的怀山药与菜山药内生细菌多样性比较

为分析比较怀山药与菜山药根茎内生细菌谱的差异,采用高通量测序技术分别对怀山药和菜山药根茎中的内生细菌16S rDNA V4区域进行扩增和测序,进而对基因序列进行OTU聚类,在OTU的基础上分别对怀山药和菜山药内生细菌的群落组成进行分析。分别从门、纲、目、科、属、种6个水平上分析比较了怀山药和菜山药根茎中的内生细菌的群落组成。怀山药内生细菌分布在拟杆菌门(Bacteroidetes,31.8%)、厚壁菌门(Firmicutes,24.8%)、变性菌门(Proteobacteria,18.6%)、酸杆菌门(Acidobacteria,7.6%)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes,6.5%)、绿菌门(Chlorobi,3.7%)、绿弯菌门(Chloroflexi,3.4%)、放线菌门(Actinobacteria,2%)、黏胶球形菌门(Lentisphaerae,0.6%)、疣微菌门(Verrucomicrobia,0.6%)、装甲菌门(Armatimonadetes,0.3%)和浮霉菌门(Planctomycetes,0.3%)12个门;菜山药内生细菌分布在厚壁菌门(Firmicutes,38.3%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,24.5%)、变性菌门(Proteobacteria,13.2%)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes,11%)、绿菌门(Chlorobi,7.9%)、酸杆菌门(Acidobacteria,2.5%)、绿弯菌门(Chloroflexi,1.4%)、黏胶球形菌门(Lentisphaerae,0.6%)和浮霉菌门(Planctomycetes,0.6%)9个门。从ChaoⅠ、Simpson和Faith’s PD等生态指数和Rank-Abundance曲线方面分析了2种山药品种内生细菌群落内的物种丰富度和均度。怀山药内生菌多样性要大于菜山药,且菌落组成比菜山药均匀。怀山药和菜山药根茎中的优势菌属均为狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto 1)。     

汤阴北艾内生真菌的分离鉴定与系统发育分析

对取样于河南汤阴县扁鹊庙内的艾草样品进行表面消毒后,进行内生真菌分离、纯化,基于5.8S-ITS区序列对所得菌株进行种属鉴定,并通过MEGA 7.0软件构建系统发育树。结果表明,从汤阴北艾的茎、叶中共分离得到13株内生真菌,隶属于3属(链格孢属Alternaria、耙齿菌属Irpex、球毛壳属Chaetomium)6种(链格孢菌Alternaria sp.、极细链格孢霉Alternaria tenuissima、球毛壳菌Chaetomium globosum、链格孢属链格孢菌Alternaria alternata、白菜黑斑病菌Alternaria brassicae、白囊耙齿菌Irpex lacteu),其中叶中为3属6种,茎中为1属2种,链格孢属真菌为两者共同优势真菌。根据亲缘关系,这些内生真菌可分为3大类。总体来看,汤阴北艾内生真菌群落结构较为单一,种群丰富度较低,优势菌属为链格孢属。     

基于GSS高通量测序技术的怀山药根、茎中内生真菌群落多样性分析

采用GSS高通量测序技术分别测定怀山药根和茎中内生真菌的内转录间隔区ITS序列,将真菌归类到种或亚种水平。用Qiime和Mothur等软件分析样品的序列数目和操作单元数量,进而分析物种的丰度和Alpha多样性。本试验从怀山药根和茎分别获得的有效序列数为64 774条和273 930条;根、茎OTU数分别为268、308。其中根部内生真菌含5门,14纲,36目,65科,92属,109种;茎部内生真菌包含4门,14纲,38目,66科,95属,112种。结果表明,怀山药根、茎中内生真菌非常丰富,且茎中内生真菌多样性程度略高于根。根的优势菌群为葡萄孢盘菌属(Botryotinia),茎的优势菌群为链格孢属(Alternaria)。