我国猪瘟病毒2.1c亚型优势流行株的全基因组序列分析

为了揭示我国猪瘟病毒2.1c流行株的基因组特征,对从1998年和2011—2018年收集的8个2.1c流行株进行全基因组序列测定和比较分析。结果表明：基因2.1c流行株之间的基因组序列同源性为96.3%～99.1%,多聚蛋白的氨基酸同源性为98.2%～99.3%,这些毒株与疫苗C株的基因组和多聚蛋白同源性分别为83.9%～84.7%和91.7%～92.4%。多聚蛋白氨基酸比对发现,2.1c流行株相比于疫苗株至少有260个氨基酸替换位点,其中E^rns蛋白的替换比例最高,其次为NS5A,Core和E2。选择压力分析显示,猪瘟病毒2.1c流行株多聚蛋白的选择压力测度参数ω<1,表明其正承受着纯化选择压力,同时发现14个正向选择位点分布于7个病毒蛋白上。基于E2基因的进化分析显示,2.1c流行株的E2基因平均进化速率为1.862×10^-3个替换/位点/年,高于所有基因型毒株E2基因的进化速率(9.547×10^-4个替换/位点/年)。研究系统地分析了基因2.1c亚型流行株的进化特点及其与C株的遗传差异,结果有助于进一步研究猪...