木薯不同组织内生细菌多样性的比较分析

为研究木薯（Manihot esculenta）内生细菌多样性,挖掘木薯内生细菌资源,采用16S rDNA测序技术对‘SC8’和‘SC9’2个木薯品种的块根、茎和叶等不同组织进行了Alpha和Beta多样性分析,分析细菌群落结构组成并对比Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库进行内生细菌菌群基因功能预测。结果显示,从‘SC8’木薯样品中共聚类得到19,087个细菌OTUs(operational taxonomic units)隶属于48个门、126个纲、438个科和805个属;‘SC9’聚类到20,148个细菌OTUs隶属于46个门、130个纲、390个科和863个属。两品种各组织共有内生菌属171个,占属种类的78.44%,‘SC9’特有菌群118个,‘SC8’为100个,茎（韧皮部）内生菌多样性最为丰富。2品种内生细菌的优势菌群有变形菌门、蓝细菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和酸杆菌门。木薯内生细菌功能中涉及多种萜类、酮类、氨基酸及维生素等次级代谢产物的生物合成。研究结果表明,木薯植物体样品中均含有丰富的内生细菌种类,且...     

3个不同木薯品种的代谢产物解析

本研究以3种木薯品种（‘KU50’‘SC205’和‘SC9’）块根为实验材料,采用色谱-质谱联用非靶向代谢组学技术,对8月龄木薯块茎的代谢物进行差异性分析。通过鉴定共获得77个差异代谢物,主要涉及糖及其衍生物、氨基酸、有机酸等,‘KU50’和‘SC205’两个品种的优势代谢产物（相对含量>15%）均为蔗糖,且二者含量基本相当,‘SC9’的优势代谢产物为蔗糖与果糖;‘SC9’中蔗糖、柠檬酸相对含量显著低于‘KU50’和‘SC205’,但果糖、半乳糖、葡萄糖高于二者。利用主成分分析（PCA）发现,3个木薯品种块根代谢物组成结构差异性显著,获得差异显著的33种代谢物中主要涉及糖类及其衍生物、有机酸及其衍生物、生物碱、核苷酸及其衍生物、氨基酸及其衍生物等5个类别。通过GO、KEGG、通路富集分析共注释到14个差异显著性代谢途径,其中,共有16个代谢物富集于氨酰tRNA生物合成途径,9个富集于精氨酸和脯氨酸代谢途径,3个富集于氰基氨基酸代谢途径。本研究通过对3个木薯品种块根代谢物的种类、相对含量、主要代谢物和显著差异代谢物进行分析,阐明了不同木薯品种淀粉品质形成的物质基础。可为后期更好地进行木薯品种改良、品种选育及木薯食品加工提供参考。     

木薯MeLBD47的生物信息学分析及功能验证

LBD (Iateral organ boundaries domain)/ASL (Asymmetric leaves2-like)是一类具有LOB (Iateral organ boundaries)结构域的转录因子,主要参与植物生物与非生物应答。其中LBD37能够通过抑制PAP1和PAP2参与调控花青素积累。花青素作为一种重要的类黄酮化合物广泛存在于植物体内,花青素的积累能有效地增强植物抗性。MeLBD47作为LBD37同源物,在木薯中发挥的功能尚不清晰。为了更好地研究MeLBD47,采用生物信息学手段分析了MeLBD47的基本理化性质、亲水性、蛋白质二级结构以及磷酸化位点,利用VIGS手段,验证MeLBD47对花青素的积累的影响。结果表明Me LBD47分子质量为27 106.93,等电点为8.61,为亲水性蛋白,不包跨膜结构。MeLBD47蛋白主要有由无规则卷曲、α-螺旋结构和β-转角结构以及延伸链构成。RT-PCR结果显示Me LBD47全长为744 bp,编码247个氨基酸。RT-qPCR结果显示MeLBD47主要在根中表达。VIGS沉默MeLBD47,木薯花青素含量显著...