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用小RNA深度测序鉴定广西冬种马铃薯病毒 总被引:3,自引:0,他引:3
【目的】对广西冬种马铃薯病毒进行鉴定,为无病毒种薯选择和大田防治提供依据。【方法】2012年在马铃薯主要产区采集具有明显病毒病症状的样品,在血清学ELISA检测的基础上,进一步用小RNA深度测序对按症状分类的样品进行混合样本的病毒种类鉴定,再用RT-PCR方法对分组混合样本进行验证。【结果】在109个样本中检测到马铃薯卷叶病毒(Potato leafroll virus,PLRV)、马铃薯A病毒(Potato virus A,PVA)、马铃薯H病毒(Potato virus H,PVH)、马铃薯M病毒(Potato virus M,PVM)、马铃薯S病毒(Potato virus S,PVS)、马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)和马铃薯纺锤块茎类病毒(Potato spindle tuber viroid,PSTVd),同时发现PVS有丰富的株系分化。【结论】近年广西冬种马铃薯病毒种类增多,病症多样,亟需加强种薯管理,培育无毒健康种薯。 相似文献
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为为解决番茄连作障碍、构建番茄可持续发展的生态栽培技术体系,设置番茄伴生生菜(A)、苋菜(B)、菜心(C)、葱(D)、薄荷(E)以及番茄单作(F)处理,在相同环境条件下进行同样栽培管理,利用Illumina MiSeq 高通量测序平台,分析不同作物伴生及番茄单作处理下根系内生微生物多样性与群落组成。结果显示:伴生及单作番茄植株根系共有的排名前5的优势细菌属为链霉菌属(Streptomyces)、Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia、德沃斯氏菌属(Devosia)、类诺卡氏菌属(Nocardioides)、马赛菌属(Massilia);番茄伴生生菜(A)特有的优势内生细菌属为新草小螺菌属 (Noviherbaspirillum),番茄伴生苋菜(B)特有的优势内生细菌属为游动放线菌属 (Actinoplanes); 番茄伴生葱(D)特有的优势内生细菌属为爬管菌属(Herpetosiphon),番茄伴生薄荷(E)特有的优势内生细菌属为微杆菌属(Microbacterium),番茄单作(F)特有的优势内生细菌属包括芽孢杆菌属(Bacillus)、栖大理石菌属(Marmoricola)和糖霉菌属 (Glycomyces);伴生及单作处理番茄共有的优势真菌属为油壶菌属(Olpidium)、unclassified_o_Sordariales、unclassified_p_Ascomycota,番茄伴生生菜(A)特有的优势内生真菌属为Immersiella,番茄伴生苋菜(B)特有的优势内生真菌包括念珠菌属(Candida)、unclassified_c_Agaricomycetes和Phialemonium,番茄伴生菜心(C)特有的优势内生真菌包括Rhizophagus、Plectosphaerella、Geminibasidium,番茄伴生葱(D)特有的优势内生真菌包括unclassified_p_Chytridiomycota、unclassified_f_Ceratobasidiaceae、Ceratorhiza、unclassified_o_Boletales、unclassified_p_Basidiomycota,番茄单作(F)特有的优势内生真菌属为赤霉属(Gibberella)。结果表明,与番茄单作相比,番茄伴生不同作物使主栽番茄根系优势内生细菌和内生真菌属组成发生了变化,伴生条件下主栽番茄根系均富集了特异的优势内生细菌和真菌门、属。伴生富集的特异优势内生细菌或真菌门、属组成具有提升主栽番茄植株抵御环境生物或非生物胁迫的潜力。 相似文献
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为探究伴生不同作物对主栽番茄根际土壤肥力与健康影响的作用机制,设置番茄伴生生菜、苋菜、菜心、薄荷和葱的栽培模式,基于高通量测序技术分析伴生不同作物栽培模式下主栽番茄根际土壤肥力及细菌、真菌多样性。结果显示:除菜心外,其他4种伴生作物均显著提高了主栽番茄植株根际土壤中涉及氮、磷循环的土壤酶活性以及微生物生物量碳、氮、磷;伴生栽培虽然没有丰富主栽番茄植株根际土壤中细菌、真菌多样性,但改变了主栽番茄植株根际土壤细菌、真菌优势门属间的丰度占比;门分类水平下,伴生管理均提高了变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、Patescibacteria细菌的丰度占比;属分类水平下,norank f Microscillaceae、 norank f norank o Vicinamibacterales、芽孢杆菌属(Bacillus)、norank f Gemmatimonadaceae、交替赤杆菌属(Altererythrobacter)细菌是番茄伴生不同作物中丰度占比前10的特有优势细菌属。此外,伴生栽培不同程度地改变了主栽番茄植株根际土壤真菌多样性和丰富度,富集了壶菌门、担子菌门和油壶菌门优势真菌门;同时富集了unclassified o Sordariales、油壶菌属(Olpidium)和锥盖伞属(Conocybe)、Phialemonium、unclassified o Pleosporales、 unclassified o Boletales和Sodiomyces属等优势真菌属,亦提高了毛壳菌属(Chaetomium)的丰度占比。研究结果表明,番茄伴生栽培生菜、苋菜、薄荷和葱4种植物均同程度地有助于不提高番茄根际土壤肥力和维护根际微环境土壤健康的作用,其中,伴生栽培生菜和薄荷提升土壤肥力及维护土壤健康的效果优于伴生菜心、苋菜和葱。 相似文献
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病毒病是制约马铃薯生产的重要因素之一。在拟南芥等植物的研究中发现,抑制寄主因子可以显著降低细胞中病毒的累积量,从而缓解病害症状。本研究在获得与拟南芥寄主因子AtTOM1和AtTOM3具有同源性的马铃薯基因StTOM1和StTOM3的基础上,尝试用RNAi方法同时沉默StTOM1和StTOM3。以pUCCRNAi为中间载体,构建同时含StTOM1和StTOM3双基因干扰片段StT1-StT3的质粒pUCStT1-StT3-dRi(±),再将双基因干扰片段StT1-StT3切下并连接到双元载体pBI121上。用农杆菌介导方法,将StT1-StT3片段导入马铃薯中,获得转基因马铃薯小苗,阳性率达到83.6%。RT-PCR检测表明,转StT1-StT3马铃薯中StTOM1基因mRNA的表达水平下调了78%,StTOM3基因下调了81%。StTOM1和StTOM3沉默转基因马铃薯的获得,为将来验证和评价StTOM1和StTOM3是否为马铃薯病毒的寄主因子及在创建抗病毒马铃薯新种质的潜力,奠定了基础。 相似文献
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