基于非洲猪瘟病毒CD2v基因TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

为用于非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV) CD2v基因功能研究及区分ASFV野毒株和CD2v基因缺失毒株,本研究根据ASFV中国流行株(MK333180.1)的CD2v基因序列设计了1对特异性引物和探针,经过条件优化建立了一种以ASFV CD2v基因为靶标的能够鉴别ASFV野毒...     

针对非洲猪瘟病毒MGF360-13L基因的TaqMan荧光定量PCR的建立

【目的】建立一种以MGF360-13L基因为靶标的实时荧光定量PCR检测非洲猪瘟病毒（African swine fever virus, ASFV）的方法,为非洲猪瘟（African swine fever, ASF）的诊断、MGF360-13L基因缺失毒株鉴别、病毒分离鉴定、基因功能研究提供技术支持。【方法】首先,以ASFV中国流行毒株（GenBank: MK333180.1）的MGF360-13L基因序列为靶标设计并筛选了1对特异性引物和探针,建立其荧光定量PCR检测方法。设计引物13L-F/13L-R,扩增MGF360-13L,并将其克隆至pOK12载体,挑取阳性克隆并测序验证,构建重组质粒标准品。将重组质粒标准品连续10倍梯度稀释,以稀释后的各梯度质粒标准品为模板,配制反应体系和设置反应条件后进行荧光定量PCR检测,建立标准曲线,并对其敏感性和重复性进行评价;其次,以连续10倍梯度稀释的重组质粒标准品为模板,利用引物13L-F/13L-R进行常规PCR检测,以比较荧光定量PCR的敏感性。最后,运用本检测方法和本研究组已建立的针对ASFV p72的荧光定量PCR检测方法同时对黑龙江某猪场发生ASF时采集的30份临床样品进行检测,以比较两种检测方法的符合率。另外,应用该方法对感染原代巨噬细胞的ASFV野毒株和MGF基因缺失毒株进行鉴别检测。【结果】利用引物13L-F/13L-R可扩增出一条800 bp左右的特异性目的条带,而阴性对照无条带,成功构建出标准品。本研究建立的实时荧光定量PCR检测方法在质粒标准品为1.56×10¹-1.56×10⁸拷贝/μL时,呈现出良好的线性关系,线性回归方程为：y =-3.295 lg(x) + 45.995,线性相关系数R²为0.997,对ASFV核酸最低检测限为15.6拷贝/μL。在特异性检验中,除ASFV核酸外,猪瘟病毒、伪狂犬病病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪圆环病毒1型、猪圆环病毒2型等病毒核酸均未出现扩增曲线,表明该方法的特异性良好。与最低检测限为1.56×10⁴拷贝/μL病毒核酸的常规PCR检测方法相比,本研究建立的TaqMan荧光定量PCR检测方法高出其约3个数量级,具有较高的敏感性。在临床样品检测中,两种检测方法经过McNemar检验,P = 0.5>0.05,表明两种检测方法的结果无统计学差异;经过Kappa检验,Kappa = 0.867>0.75,P<0.001,提示两种检测方法符合率较好,能够有效区分ASFV野毒株和MGF360-13L基因缺失毒株。【结论】建立的TaqMan荧光定量PCR特异、敏感、重复性好,不仅丰富了ASFV现有检测靶标,也为后续MGF360-13L功能、MGF缺失毒株的鉴定及相应基因缺失疫苗株的鉴别诊断提供技术支持。     

非洲猪瘟病毒MGF300-1L蛋白的生物学特性分析

为了解非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)编码的未知功能蛋白MGF300-1L的基本生物学特性，利用生物信息学手段分析了该蛋白的保守性、理化性质，并对其翻译后修饰、结构与功能进行预测；通过实时荧光定量PCR分析在病毒感染条件下MGF300-1L的表达特性；最后，利用MGF300-1L的真核表达质粒，通过激光共聚焦试验分析其亚细胞定位，并采用间接免疫荧光试验(IFA)分析其免疫原性。结果显示，MGF300-1L蛋白在基因Ⅱ型ASFV中高度保守，为碱性疏水膜蛋白，具有糖基化和磷酸化修饰，与G蛋白偶联受体激酶相互作用蛋白2(GIT2)结构的同源性为21%;MGF300-1L为ASFV的早期基因，其编码蛋白主要定位于细胞质；IFA未检测到ASFV感染猪的阳性血清中存在针对MGF300-1L蛋白的抗体。本研究发现，MGF300-1L为ASFV高度保守的非必需早期基因，其编码蛋白具有跨膜区及糖基化、磷酸化修饰，并定位于细胞质，免疫原性较差，为进一步探究MGF300-1L蛋白在ASFV复制周期中的功能奠定了基础。