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使用Codon W软件分析大头金蝇[Chrysomya megacephala(Fabricius,1794)]转录组10 923条全长转录序列的密码子偏好性。结果表明,大头金蝇转录组中的AT含量(61.81%)远大于GC含量(38.19%);PR2(parity rule 2,即密码子偏好性)绘图结果显示,密码子第3位碱基A的使用频率大于碱基T,碱基G的使用频率大于碱基C;中性绘图结果显示,该序列密码子的使用更多地受到选择压力的影响;有效密码子数(effective number of codons,简称ENC)在25.17~61.00个之间,均值为43.16个;密码子适应指数(codon adaptation index,简称CAI)在0.099~0.554之间,均值为0.215 8。结果共筛选出29个同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage,简称RSCU)1的密码子和28个最优密码子。 相似文献
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