中华猕猴桃蛋白磷酸酶PP2C75基因的生物信息学分析

蛋白磷酸酶PP2C是一类重要的信号分子,广泛参与ABA的信号转导途径,包括ABA调控对干旱等逆境胁迫的响应。为了探究PP2C基因在中华猕猴桃这类不耐旱型果树中的功能,本研究使用同源分析法对转录组中的中华猕猴桃蛋白磷酸酶PP2C75基因序列进行分析,利用网上在线分析工具分析其编码蛋白质的结构并预测其功能。研究结果表明,该核苷酸序列的开放阅读框为1 206 bp,编码401个氨基酸。其编码蛋白质属于亲水性蛋白,无信号肽,未形成跨膜结构域,具有一个完整且保守的PP2C催化结构域。通过三级结构建模和保守元件比较分析,发现PP2C75与其他响应干旱的PP2C基因有相同的保守元件,相似率达57%,与PP2C16的序列一致度最高,达48.66%。初步推测PP2C75参与ABA的信号转导途径且可能与猕猴桃的干旱胁迫相关。该研究结果可为后续的基因功能确证以及中华猕猴桃品种改良提供参考依据。     

中华猕猴桃AcNOD基因的生物信息学分析

结瘤素(nodulin, NOD)是一类主要存在于根瘤细胞中并参与共生固氮作用的植物基因产物,在豆科植物的其他组织细胞中以及非豆科植物体内都有发现。为了探究NOD基因在中华猕猴桃这类非豆科植物中的作用和功能,本研究对其编码序列进行生物信息学分析。结果显示,该基因编码蛋白的分子式为C₄₃₂H₇₁₅N₁₃₁O₁₂₀S₃,含有94个氨基酸残基,等电点pI为10.68,属于疏水蛋白。带正电的残基(Arg+Lys) 11个,带负电的残基(Asp+Glu) 3个,不稳定系数为14.00,脂肪系数为107.23,总平均亲水性系数为0.395;AcNOD蛋白含有一个ENOD93保守结构域;二级结构显示该蛋白主要由59.57%的α-螺旋、17.02%的无规卷曲、15.96%的延伸链和7.45%的β-转角所组成;三级结构的预测结果显示该蛋白扭曲和折叠较多,亚细胞定位于内质网中,存在4个糖基化位点的12个磷酸化位点,不存在信号肽序列,有两个跨膜区域。进化树分析表明该蛋白与豆科植物结瘤素的同源性很高,...