生物信息学与重复序列分析

介绍了生物信息学的含义、主要内容和研究方法；阐明研究重复序列的重要意义，并对热球菌的重复序列作了分析。     

利用cvTree方法构建及分析tRNA序列的亲缘关系进化网络

本文利用cvTree和复杂网络理论相结合的方法,构建了3420条tRNA序列亲缘关系进化网络。计算了相关网络的平均度、平均聚类系数和平均最短路径随进化距离Dis变化的关系。同时还分析和讨论了tRNA序列之间的亲缘关系及其进化机制,观察到一个与其它方法不同的结果：随着亲缘距离Dis的增加,网络的度分布先是从power-1aw分布转变为Gussian分布,然后又从Gussian分布转变为反power-1aw分布。本研究结果说明由cvTree方法和复杂网络理论相结合的方法研究tRNA基因序列的进化的结果也许更加符合其进化历程。     

基于cvtree方法和复杂网络理论的癌症进化树分析

进化树是一种能够形象直观地反映出生物进化关系的树型结构图。本文从脑癌、宫颈癌、食道癌、胃癌、胶质瘤、肝细胞癌、肝癌、脑膜瘤、口腔癌、骨肉瘤、胰腺癌、肾癌、眼癌、鳞状细胞癌、甲状腺癌等15种癌症的核酸序列出发,将cvtree方法与复杂网络理论相结合,构建了亲缘关系进化网络,并根据所得网络参数构建进化树。通过分析进化树图形,给出了相关癌症的进化关系,为今后对癌症的进一步研究提供了新的视角。研究结果表明,某些种类的癌症跟其它种类的进化关系较近,而某些种类的癌症则跟其它的进化关系较远;同时,在cvtree方法中取不同的串长值和不同的亲缘距离下,得到的进化树,所反映的进化趋势呈现出一定的规律。