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以7种睡莲属植物叶绿体基因组为研究对象,分析其叶绿体基因组的密码子使用偏好性,探讨影响其密码子偏好性形成的主要因素。结果表明,7种睡莲叶绿体密码子使用偏好性相似,基因组序列富含A/T碱基,密码子第3位碱基以A/T结尾为主;有效密码子数(ENc)分别为40.14~61.00、40.14~61.00、40.55~57.61、39.77~57.61、39.55~57.30、39.56~61.00和40.10~61.00,均明显大于35,表明其密码子使用偏好性较弱。ENc-plot、PR2-plot和中性绘图分析表明,它们的叶绿体密码子偏好性形成受自然选择、碱基突变等多种因素共同影响,其中自然选择起主导作用。通过同义密码子RSCU值分析,发现以A/T结尾的高频密码子27个,以G/C结尾的低频密码子26个,进一步依据密码子RSCU和△RSCU值,最终确定出4个最优密码子。此外,基于7种睡莲叶绿体基因组密码子使用偏好特征RSCU值、CDS序列及其全基因组序列分别构建系统进化树,分析发现3种方法构建的物种间进化关系相似,均划分为2大分支,其中Nymphaea alba var.rubra、Nymphaea alba、Nymphaea ampla、Nymphaea capensis、Nymphaea jamesoniana和Nymphaea lotus划归第1分支,Nymphaea mexicana单独形成第2分支。研究结果进一步支持了物种内遗传关系与密码子使用偏好性之间存在一定关系。 相似文献
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以一年生秋枫(Bischofia javanica)幼苗为试材,采用可塑性及模糊隶属函数值法综合评价分析方法,研究了不同遮荫程度(100%NS (natural sunshine)、41.3% NS、14.6% NS和3.6%NS)对秋枫幼苗生长的影响,以期得出秋枫的耐荫性,为其苗木生产提供科学依据,结果表明:随着遮荫程度的增大,秋枫幼苗的苗高增长量、地径增长量、叶面积、鲜质量(地下部分、地上部分、整株)、干质量(地下部分、地上部分、整株)均先高后降,均在41.3%NS下达到最大值;而根总体积、根总长度、根总表面积、总根尖数、总根平均直径均呈不断降低的变化趋势.通过生长指标的综合分析得出秋枫幼苗具有中度耐荫性. 相似文献
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以植物PHT1家族蛋白为研究对象,基于中国莲(Nelumbo nucifera)全基因组数据库,利用生物信息学方法发掘中国莲可能存在的PHT1家族成员,并对中国莲PHT1家族成员进行序列比对、系统进化、保守序列、跨膜结构、二级结构和亚细胞定位等分析。结果表明,从中国莲全基因组数据库中筛选获得4个PHT1蛋白,分别命名为:Nn PHT1:1、NnPHT1:2、NnPHT1:3、NnPHT1:4。它们在植物PHT1家族中属于GroupⅠ,均含有保守序列:GGDYPLSATIxSE。该序列具有11~12个跨膜区域,且保守序列位于第4个跨膜区域内,均定位于细胞质膜,且在细胞内侧第6和第7个跨膜区域之间均含有一个较大的细胞胞质内环结构;磷酸化位点和糖基化位点的数量范围分别在33~50个和4~9个;二级结构中α-螺旋和无规卷曲结构的数量总和均高于70%。研究结果展示了中国莲的PHT1家族成员的序列基本信息和结构特点,为深入研究中国莲的该家族成员基因及其编码蛋白的结构功能提供理论依据。 相似文献
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为研究适宜睡莲花粉离体萌发的培养基和低温保存的方法,以睡莲品种‘默笙’和3份原种睡莲的花粉为试验材料,采用单因素、正交试验设计,筛选出最适宜的培养基,观测睡莲花粉在不同温度下保存的萌发率。结果表明,4种澳系睡莲花粉的最适培养基的各组分浓度不同,花粉的生活力存在差异,澳洲原生浅色睡莲与澳洲原生深色睡莲的花粉生活力较高,分别为43.90%和45.63%;‘默笙’睡莲的花粉生活力次之,为31.84%;‘白巨睡莲’的花粉生活力较低,为9.73%;4种澳系睡莲花粉均不耐贮藏,不同温度下保存72 h后萌发率均为0。本研究结果可为睡莲杂交育种的亲本选择、花粉的低温保存研究提供参考。 相似文献
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