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为了揭示南方根结线虫MiPDCD6蛋白抑制番茄PTI免疫的分子机理，以番茄品种新金丰1号MiPDCD6超表达苗为试验材料，以番茄品种新金丰1号组培苗为对照，通过转录组测序技术分别对番茄MiPDCD6超表达苗和对照苗进行转录组测序。以番茄栽培品种Heinz 1706基因组作为参考基因组进行对比，利用FPKM法计算基因表达量，设定参数(|log2 FC|>1且P<0.05)筛选差异表达基因。利用Gene Ontology(GO)数据库进行差异表达基因GO功能富集分析，统计每个GO term中的差异表达基因数目，计算出基因富集的显著性，找出富集显著的功能条目。利用KEGG数据库对差异表达基因进行Pathway富集分析，超几何分布检验方法计算每个Pathway中差异表达基因富集的显著性。以FDR和基因数量来衡量KEGG的富集程度。结合基因差异表达分析和功能富集分析，研究MiPDCD6蛋白对番茄PTI免疫相关通路基因的影响。结果发现：在超表达MiPDCD6番茄植株中，与野生型番茄相比，MiPDCD6过表达番茄植株中有2 366个差异表达基因(DEGs),其中1 ... 相似文献
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