冬枣COBRA基因家族全基因组鉴定及表达分析

COBRA作为一类GPI锚定蛋白,主要作用于细胞伸长与纤维素沉积。本研究在冬枣全基因组中成功地鉴定到10个冬枣COBRA相似基因(ZjCOBL),并对该基因家族成员进行生物信息学分析,还研究了各成员在‘冬枣’7个不同组织中的表达模式。所有潜在的COBRA相似蛋白都具有CCVS保守结构域,其中8个相似蛋白具有N端信号肽序列,big-PI程序预测出7个蛋白为潜在的GPI锚定蛋白。根据基因结构和系统演化分析等依据,冬枣中的COBRA相似蛋白可以分为两个亚家族(SFs),其中SFⅠ亚家族氨基酸相似性为43.3%到79.9%,SFⅡ亚家族为58.3%到67.9%。10个ZjCOBL基因分别位于枣树12条染色体中的5条染色体和一段scaffold上。Real-time RT-PCR试验表明,所有ZjCOBL基因在冬枣各个器官和不同生长时期均有表达。其中,ZjCOBL7与番茄上的Sl COBRA-like为直系同源基因,具有相似的表达模式,推测ZjCOBL7可能与枣果实的质地和成熟软化相关。