茄子IRAP分子标记体系的建立与优化

为确保茄子 IRAP 反应结果的稳定性和重复性.进而为茄子遗传多样性分析和品种鉴定提供可靠的新方法,按照已报道的马铃薯和烟草的反转录转座子 LTRs 保守区域设计 IRAP 引物,以茄子品系HL-01 为试材,对影响茄子 IRAP 反应的重要因素进行了初步研究,建立并优化了茄子 IRAP 分子标记技术体系.优化的茄子 IRAP 分子标记体系为20 (1反应液中,10×反应 bufrer (100mmol/L Tris-HCl,100mmol/L KCl,80mmol/L (NH4)2SO4,pH9.0,NP-40)2μl,2mmol/L MgCl2,0.2mmol/L dNTPs,Taq 酶1.0U,0.4μ mol/L 引物,DNA 模板 50ng.PCR 反应程序为94℃预变性 4min,然后按 94℃变性 30s,45℃退火 30s,72℃延伸 2min,进行32个循环,最后72℃延伸 10min.     

用基于反转录转座子的分子标记IRAP分析茄子品种的遗传多样性

IRAP（Inter Retrotransposon Amplified Polymorphism）是一种基于反转录转座子的分子标记技术。本文应用几种Copia类型的反转录转座子进行引物设计,封35份茄子栽培品种进行了基于IRAP的遗传多样性分析。根据Tnt1,Tto1,Tnd-1和Bare-1设计的6个引物共扩增出195条带,多态性带179条,多态性比率平均为91．8％,每个引物检测到多态性带25．33条,平均为29.8条。Nei’s遗传相似系数在0．3540-0．7752之间,平均相似系数为0．5901。多维尺度分析从分子水平将供试品种分为4个类群。     

茄子IRAP分子标记体系的建立与优化

为确保茄子 IRAP 反应结果的稳定性和重复性.进而为茄子遗传多样性分析和品种鉴定提供可靠的新方法,按照已报道的马铃薯和烟草的反转录转座子 LTRs 保守区域设计 IRAP 引物,以茄子品系HL-01 为试材,对影响茄子 IRAP 反应的重要因素进行了初步研究,建立并优化了茄子 IRAP 分子标记技术体系.优化的茄子 IRAP 分子标记体系为20 (1反应液中,10×反应 bufrer (100mmol/L Tris-HCl,100mmol/L KCl,80mmol/L (NH4)2SO4,pH9.0,NP-40)2μl,2mmol/L MgCl2,0.2mmol/L dNTPs,Taq 酶1.0U,0.4μ mol/L 引物,DNA 模板 50ng.PCR 反应程序为94℃预变性 4min,然后按 94℃变性 30s,45℃退火 30s,72℃延伸 2min,进行32个循环,最后72℃延伸 10min.     

IRAP分子标记在茄子种质资源亲缘关系分析中的应用

参考马铃薯和烟草的反转录转座子LTRs保守区域设计引物,对34份茄子材料进行PCR扩增,得到了多态性丰富的指纹图谱。聚类分析将34份茄子材料分为三大类群,表明IRAP分子标记适合于茄子种质资源的亲缘关系分析。     

茄子IRAP和REMAP分子标记的开发

根据烟草和大麦中反转录转座子Bare-1和Tto1的LTR保守区域设计引物,对14份茄子材料进行PCR扩增,分别采用琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测扩增产物,建立了茄子IRAP（inter-retrotransposon amplified polymorphism）和REMAP（retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism）分子标记技术体系。两种方法均得到了多态性丰富的指纹图谱,为茄子品种鉴定和指纹图谱构建提供了新途径。